More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0358 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0358  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 240 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000667156 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0583  regulatory protein, TetR  34.46 
 
 		 197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0313  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 202 aa  89.7  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121906  hitchhiker  0.00929139 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 195 aa  87.8  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 195 aa  87.8  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 201 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1745  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 195 aa  85.5  7e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0399082  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2883  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 211 aa  85.5  7e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3146  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 203 aa  77.4  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.303801  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0314  transcriptional regulator, TetR family  23.6 
 
 		 195 aa  68.2  0.0000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0646  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0132  TetR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.410533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0503  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10440  transcriptional regulator  27.89 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0189255  normal  0.0235057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 324 aa  55.8  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2592  transcriptional regulator, TetR family  26.56 
 
 		 192 aa  55.8  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0690788 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0172  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5197  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3299  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 201 aa  53.5  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000002111  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10136  transcriptional regulator  29.01 
 
 		 201 aa  53.5  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.984674 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 232 aa  53.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1382  transcriptional regulator, TetR family  37.33 
 
 		 217 aa  53.5  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 198 aa  53.1  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 217 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 205 aa  52.8  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 212 aa  52.4  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 226 aa  52.4  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 201 aa  52  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1359  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 218 aa  52.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0125  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 238 aa  52  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.493759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 		 222 aa  52  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 218 aa  52  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17920  transcriptional regulator, tetR family  29.75 
 
 		 204 aa  51.6  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.330701  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 219 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 241 aa  51.2  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 217 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2366  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 217 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.711286  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1866  transcriptional regulator, TetR family  41.56 
 
 		 207 aa  50.8  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  24.76 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2543  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 217 aa  51.2  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5185  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 212 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0848  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 204 aa  50.8  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000568716  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0118  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 222 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5674  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 212 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166194  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1821  transcriptional regulator, TetR family  44.64 
 
 		 212 aa  50.1  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2583  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3256  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 205 aa  50.1  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04830  transcriptional regulator  31.86 
 
 		 228 aa  50.4  0.00003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.764774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4561  TetR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 212 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.286179  normal  0.0846577 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4111  regulatory protein, TetR  46.15 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 218 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  27.52 
 
 		 191 aa  50.1  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4466  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.575375  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0348  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 198 aa  49.7  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 204 aa  49.7  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 254 aa  49.7  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2214  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 219 aa  49.7  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.411668  normal  0.665917 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1196  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 235 aa  49.7  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270816  normal  0.528782 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 212 aa  49.7  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1910  TetR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 207 aa  49.7  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0010144  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 212 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 212 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  24.58 
 
 		 217 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  23.17 
 
 		 217 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 221 aa  49.7  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0533  TetR family transcriptional regulator  21.47 
 
 		 398 aa  49.7  0.00004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0165878  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 228 aa  49.3  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3540  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 250 aa  49.3  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  27.31 
 
 		 260 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3166  transcriptional regulator, TetR family  46.81 
 
 		 234 aa  49.3  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.335744  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2282  TetR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 217 aa  48.9  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 212 aa  49.3  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 		 231 aa  49.3  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 217 aa  48.9  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0053  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 212 aa  48.9  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1236  TetR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 196 aa  48.9  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0369519 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1840  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 213 aa  48.9  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0700993  normal  0.104485 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 212 aa  48.9  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 218 aa  48.9  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 211 aa  48.9  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2128  transcriptional regulator, TetR family  44.9 
 
 		 202 aa  48.9  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.190242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1892  transcriptional regulator  23.33 
 
 		 205 aa  48.5  0.00008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00216331  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4244  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 212 aa  48.5  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.950938  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  35.64 
 
 		 231 aa  48.9  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3143  transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 		 230 aa  48.5  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5045  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 208 aa  48.5  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.301448 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>