More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0583 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0583  regulatory protein, TetR  100 
 
 		 197 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0358  regulatory protein, TetR  34.46 
 
 		 240 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000667156 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 212 aa  85.1  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1745  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0399082  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2883  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0314  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0313  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121906  hitchhiker  0.00929139 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0503  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 376 aa  65.1  0.0000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3146  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 203 aa  62  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.303801  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0646  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  28.89 
 
 		 194 aa  58.2  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0444  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.275459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0955  TetR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 218 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  28.89 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2312  transcriptional regulator, TetR family  21.5 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000153851  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 324 aa  54.7  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2004  TetR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 196 aa  54.3  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00390576  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2014  TetR family transcriptional regulator  21.5 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0449612  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1968  TetR family transcriptional regulator  21.5 
 
 		 196 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0105465  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2169  TetR family transcriptional regulator  21.5 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000817381  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 219 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2229  TetR family transcriptional regulator  23 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00028806  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1986  TetR family transcriptional regulator  21.5 
 
 		 196 aa  52.4  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000218655  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3782  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 225 aa  52.8  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.608196 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0348  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 198 aa  52  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 190 aa  51.6  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2128  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 202 aa  51.6  0.000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.190242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0132  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.410533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 228 aa  50.8  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1848  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 190 aa  50.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246548 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  22.97 
 
 		 194 aa  50.4  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3938  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00284915  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3500  TetR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 191 aa  50.1  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00541119  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0743  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  49.7  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.019038  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2214  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 201 aa  50.1  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000301704  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  20.29 
 
 		 335 aa  50.4  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0889  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 192 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.760524  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3431  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 189 aa  50.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 		 210 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0794  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0156861  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2371  transcriptional regulator, TetR family  55 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0834  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 191 aa  49.3  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00423826  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  25.47 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4533  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 197 aa  49.3  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0585795  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0929  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 192 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1215099999999997e-45 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3095  transcriptional regulator, TetR family  47.73 
 
 		 192 aa  49.3  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000942813  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0730  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.110462  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0808  TetR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 191 aa  48.9  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2214  transcriptional regulator, TetR family  23.2 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.411668  normal  0.665917 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 229 aa  49.3  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0927  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 191 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.165233  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 220 aa  48.9  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0746  TetR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 190 aa  48.9  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4242  transcriptional regulator, TetR family  40.32 
 
 		 200 aa  48.9  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 199 aa  48.9  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0998  transcriptional regulator, TetR family  28.74 
 
 		 191 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000315127  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4445  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 191 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal  0.471705 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2667  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 192 aa  48.5  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000274018  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0533  TetR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 398 aa  48.5  0.00006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0165878  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 254 aa  48.5  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0091  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 		 199 aa  48.1  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3436  transcriptional regulator, TetR family  46 
 
 		 194 aa  48.1  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.262135  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2626  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 188 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  22.09 
 
 		 194 aa  47.8  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4191  TetR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 236 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.513173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1420  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 212 aa  47.4  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 190 aa  47.4  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1039  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 190 aa  47.4  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0414  TetR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0332  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 192 aa  47.4  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00337125  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2698  TetR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22630  transcriptional regulator  26 
 
 		 202 aa  46.6  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 212 aa  47  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 257 aa  47  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4522  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.828993  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3148  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 310 aa  46.6  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2085  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  23.86 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1059  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 188 aa  46.2  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3101  TetR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 230 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359837  normal  0.83525 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5792  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 216 aa  46.2  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3517  transcriptional regulator protein  26.77 
 
 		 208 aa  46.6  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.873146  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  44.68 
 
 		 191 aa  46.2  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 212 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 210 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5054  transcriptional regulator, TetR family  24.42 
 
 		 230 aa  46.2  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.699739 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2644  putative transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  44.9 
 
 		 222 aa  45.8  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0032  transcriptional regulator, TetR family  25.64 
 
 		 210 aa  45.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 213 aa  45.8  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>