More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1989 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
722 aa  1444    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  51.94 
 
 
713 aa  622  1e-177  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  43.04 
 
 
594 aa  371  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  36.03 
 
 
855 aa  304  4.0000000000000003e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  34.57 
 
 
817 aa  301  2e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.44 
 
 
1045 aa  280  9e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  36.46 
 
 
1039 aa  266  8e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.51 
 
 
616 aa  266  1e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  35.16 
 
 
591 aa  265  2e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  35.34 
 
 
697 aa  265  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.53 
 
 
579 aa  256  8e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.25 
 
 
952 aa  251  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  48.81 
 
 
643 aa  250  7e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.51 
 
 
573 aa  248  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  31.16 
 
 
754 aa  243  7e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.33 
 
 
743 aa  237  6e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  30.8 
 
 
744 aa  235  3e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  30.66 
 
 
765 aa  231  5e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  30.46 
 
 
753 aa  230  6e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  34.97 
 
 
1432 aa  216  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  35.77 
 
 
776 aa  213  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  35.06 
 
 
1225 aa  206  2e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  28.5 
 
 
688 aa  186  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8305  putative PAS/PAC sensor protein  37.1 
 
 
528 aa  184  6e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.817018 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.18 
 
 
738 aa  175  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  31.84 
 
 
723 aa  166  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  32.34 
 
 
828 aa  164  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  30.55 
 
 
716 aa  161  3e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  30.71 
 
 
670 aa  160  7e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  34.44 
 
 
745 aa  156  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  31.18 
 
 
760 aa  156  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  31.62 
 
 
570 aa  154  4e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  38.35 
 
 
713 aa  154  5e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  35.92 
 
 
453 aa  153  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  28.91 
 
 
721 aa  152  3e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.85 
 
 
1390 aa  151  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.85 
 
 
1390 aa  151  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.85 
 
 
1390 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  32.06 
 
 
851 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.06 
 
 
549 aa  148  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 
1370 aa  147  6e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  31.74 
 
 
771 aa  147  9e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  30.22 
 
 
574 aa  144  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.01 
 
 
697 aa  144  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.06 
 
 
1248 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  30.75 
 
 
607 aa  142  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  36.33 
 
 
709 aa  142  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  30.82 
 
 
685 aa  140  8.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.34 
 
 
583 aa  139  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.22 
 
 
750 aa  140  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
1385 aa  139  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  34.23 
 
 
757 aa  139  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  30.45 
 
 
537 aa  139  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.56 
 
 
560 aa  139  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.46 
 
 
702 aa  138  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  28.31 
 
 
865 aa  137  6.0000000000000005e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  29.98 
 
 
700 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  33.58 
 
 
693 aa  136  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  28.62 
 
 
562 aa  136  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  27.59 
 
 
607 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 
1361 aa  136  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  28.99 
 
 
693 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  29.52 
 
 
692 aa  135  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  28.72 
 
 
866 aa  134  6e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  36.11 
 
 
692 aa  134  9e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  31.87 
 
 
746 aa  132  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  29.43 
 
 
730 aa  130  7.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.3 
 
 
585 aa  130  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  34.84 
 
 
688 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  35.44 
 
 
544 aa  128  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
1711 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  30.88 
 
 
580 aa  125  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.93 
 
 
1051 aa  125  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  32.62 
 
 
618 aa  125  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0665  protein serine/threonine phosphatase  31.25 
 
 
800 aa  125  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.77 
 
 
775 aa  124  5e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
1383 aa  124  7e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.33 
 
 
450 aa  124  7e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  30.77 
 
 
583 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3606  protein serine/threonine phosphatase  37.99 
 
 
395 aa  123  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4122  Stage II sporulation E family protein  31.26 
 
 
805 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.530219  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.22 
 
 
688 aa  121  4.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.51 
 
 
613 aa  120  6e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  32.02 
 
 
1017 aa  120  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  29.15 
 
 
627 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  29.61 
 
 
693 aa  118  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  36.77 
 
 
652 aa  118  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2798  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.69 
 
 
538 aa  118  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
546 aa  117  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  31.21 
 
 
572 aa  117  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.46 
 
 
523 aa  115  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4104  stage II sporulation E family protein  29.75 
 
 
694 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.89 
 
 
553 aa  115  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  27.39 
 
 
932 aa  115  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.28 
 
 
576 aa  113  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2264  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  32.99 
 
 
525 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
581 aa  111  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.66 
 
 
529 aa  110  8.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  34.41 
 
 
772 aa  110  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  34.88 
 
 
585 aa  109  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>