More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06531 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06531  hypothetical protein  100 
 
 		 338 aa  696    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 664 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 664 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 664 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 664 aa  122  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 659 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.18 
 
 		 1260 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 659 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 		 659 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.4 
 
 		 568 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  38.99 
 
 		 429 aa  112  9e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 614 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4205  sensor diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 642 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.952942 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5045  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 400 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.41 
 
 		 689 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  36.02 
 
 		 951 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.34 
 
 		 1299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.36 
 
 		 1050 aa  109  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.21 
 
 		 1107 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.22 
 
 		 881 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.144033  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 466 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 314 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 466 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 466 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.34 
 
 		 1294 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.64 
 
 		 577 aa  108  9.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 466 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 466 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0184  PAS/GGDEF domain-containing protein  37.09 
 
 		 684 aa  108  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0498  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.195529  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.22 
 
 		 878 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0864607  normal  0.185142 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  36.94 
 
 		 449 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 466 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1356  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.96 
 
 		 399 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305567 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 495 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1891  GGDEF family protein  41.46 
 
 		 435 aa  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0989332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 466 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002619  C-di-GMP phosphodiesterase A-related protein  35.95 
 
 		 679 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1028  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 421 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.59 
 
 		 689 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 554 aa  106  5e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 362 aa  105  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2189  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.15 
 
 		 729 aa  105  8e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1048  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.93 
 
 		 666 aa  105  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.22 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 577 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  36.77 
 
 		 1245 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02671  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  35.15 
 
 		 531 aa  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1618  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.78 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.465864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.65 
 
 		 1289 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.97 
 
 		 781 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.22 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  38.22 
 
 		 781 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28640  cyclic di-GMP signal transduction protein  34.34 
 
 		 834 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.13 
 
 		 407 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.44 
 
 		 449 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0197  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 507 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.75 
 
 		 667 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.973751  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  37.2 
 
 		 1057 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 757 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.67 
 
 		 1072 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1138  GGDEF/EAL domain-containing protein  32.34 
 
 		 637 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 1003 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03387  hypothetical protein  36.3 
 
 		 679 aa  104  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.93 
 
 		 1003 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.61 
 
 		 800 aa  104  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.98 
 
 		 1665 aa  104  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.84 
 
 		 714 aa  104  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.12 
 
 		 774 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.449187  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3486  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 449 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3250  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.27 
 
 		 768 aa  103  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  37.8 
 
 		 815 aa  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1290  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.64 
 
 		 414 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0190271 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01021  sensory box/GGDEF/EAL domain protein  34.94 
 
 		 1392 aa  103  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2067  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.11 
 
 		 705 aa  102  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  35.48 
 
 		 1245 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.04 
 
 		 584 aa  102  8e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.684851  normal  0.148917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0236  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 429 aa  102  8e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 		 461 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  35.19 
 
 		 284 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  33.56 
 
 		 976 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  39.07 
 
 		 703 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0298  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.76 
 
 		 709 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 506 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4523  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 399 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114375  normal  0.753522 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.91 
 
 		 1423 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.66 
 
 		 710 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.405196  hitchhiker  0.000791154 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.71 
 
 		 721 aa  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616361 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.8 
 
 		 729 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150667 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 565 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.41 
 
 		 713 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 		 713 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430006  normal  0.473788 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 905 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.65 
 
 		 568 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 		 557 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  38.93 
 
 		 882 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3334  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798372  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  32.3 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.39 
 
 		 607 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  37.33 
 
 		 523 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>