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for query gene Strop_0223 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



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Plasmid clonability

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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_0262  EmrB/QacA family drug resistance transporter  90.8 
 
 
500 aa  805    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0858399  decreased coverage  0.0004758 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0223  EmrB/QacA family drug resistance transporter  100 
 
 
500 aa  947    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.677245 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6356  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  53.23 
 
 
492 aa  423  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1554  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  50 
 
 
502 aa  406  1.0000000000000001e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.028716 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0124  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.5 
 
 
471 aa  395  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.55159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3231  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.05 
 
 
479 aa  392  1e-108  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.991608  normal  0.404432 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2252  EmrB/QacA family drug resistance transporter  52.87 
 
 
529 aa  360  2e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  normal  0.0232648 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0603  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  47.93 
 
 
498 aa  357  3.9999999999999996e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2305  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  48.52 
 
 
613 aa  353  4e-96  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  48.25 
 
 
486 aa  343  2.9999999999999997e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1801  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  49.7 
 
 
504 aa  338  9.999999999999999e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0797811  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0301  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50 
 
 
489 aa  338  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.112532 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0031  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51.63 
 
 
483 aa  334  2e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.665432  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2891  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  49.14 
 
 
539 aa  309  9e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17940  arabinose efflux permease family protein  45.48 
 
 
457 aa  294  2e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2370  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.62 
 
 
520 aa  294  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236919  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5418  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  46.88 
 
 
583 aa  294  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.97043  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4689  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  42.99 
 
 
516 aa  289  7e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.200154  hitchhiker  0.00098784 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5313  EmrB/QacA family drug resistance transporter  46.75 
 
 
542 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417718 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4620  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.29 
 
 
470 aa  271  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0976  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  46.81 
 
 
537 aa  268  2e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.13495  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0499  major facilitator superfamily MFS_1  45.45 
 
 
465 aa  263  6e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4177  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.9 
 
 
522 aa  259  1e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0926  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  38.98 
 
 
522 aa  247  3e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0678644  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2240  major facilitator superfamily MFS_1  42.92 
 
 
463 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0215877  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1524  major facilitator superfamily MFS_1  39.18 
 
 
546 aa  242  9e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.565851  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1542  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.59 
 
 
532 aa  239  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.95287  normal  0.532549 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7143  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.33 
 
 
489 aa  238  1e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.235133 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3139  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.11 
 
 
504 aa  238  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3303  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.36 
 
 
498 aa  236  9e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.213054  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2996  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.74 
 
 
478 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.015101  decreased coverage  0.0000683759 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3488  major facilitator transporter  40.84 
 
 
469 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.36718  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0209  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.56 
 
 
524 aa  233  5e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0906  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40 
 
 
510 aa  233  7.000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.431531  normal  0.0779201 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4582  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.91 
 
 
452 aa  232  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6960  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.3 
 
 
528 aa  232  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148929  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6584  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.47 
 
 
502 aa  229  9e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5182  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.6 
 
 
488 aa  229  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4215  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.89 
 
 
529 aa  226  6e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.269985  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4781  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.04 
 
 
487 aa  226  9e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.31571 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5021  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.98 
 
 
478 aa  226  1e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2059  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.62 
 
 
480 aa  224  4e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03124  transmembrane efflux transmembrane protein  34.35 
 
 
467 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4342  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.74 
 
 
520 aa  223  4.9999999999999996e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0731  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.34 
 
 
763 aa  223  7e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.164946  normal  0.060075 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0982  EmrB/QacA family drug resistance transporter  44.34 
 
 
497 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1664  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.29 
 
 
486 aa  222  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1688  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.29 
 
 
486 aa  222  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1637  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.29 
 
 
486 aa  222  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.153031  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1447  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.9 
 
 
478 aa  222  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.497094  normal  0.116148 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4663  major facilitator transporter  38.12 
 
 
523 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.502876  normal  0.696249 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4290  major facilitator transporter  39.9 
 
 
476 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.700844  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4076  major facilitator transporter  39.9 
 
 
476 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5637  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.29 
 
 
486 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.129179  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0523  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.29 
 
 
486 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.296583  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0642  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.29 
 
 
486 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3447  major facilitator transporter  39.9 
 
 
476 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.499469  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0952  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.67 
 
 
540 aa  220  5e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4556  major facilitator superfamily MFS_1  36.58 
 
 
494 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4837  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.61 
 
 
478 aa  217  4e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.179905 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1437  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.56 
 
 
520 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4455  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.85 
 
 
478 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4542  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.85 
 
 
484 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.717772 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2168  major facilitator superfamily MFS_1  38.39 
 
 
483 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.647242 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2724  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.88 
 
 
515 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.701538  normal  0.0103293 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1336  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  36.38 
 
 
469 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7849  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  41.8 
 
 
485 aa  214  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4406  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.76 
 
 
514 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.853367 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1124  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.46 
 
 
489 aa  213  5.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8828  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.95 
 
 
458 aa  212  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00337993  hitchhiker  0.00204639 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7577  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.94 
 
 
487 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1888  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.47 
 
 
505 aa  211  2e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.170605  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2818  major facilitator transporter  36.99 
 
 
463 aa  210  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.561944  decreased coverage  0.0000285964 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1730  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.43 
 
 
478 aa  210  4e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.599699 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0587  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.78 
 
 
469 aa  210  6e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2915  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.61 
 
 
458 aa  209  9e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230559  hitchhiker  0.00656628 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2081  major facilitator transporter  37.28 
 
 
528 aa  209  1e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5562  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.15 
 
 
493 aa  209  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2717  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.73 
 
 
509 aa  208  2e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00105313 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3979  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.46 
 
 
527 aa  207  3e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8987  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.31 
 
 
478 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2687  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  37.47 
 
 
466 aa  205  1e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.594602  normal  0.701968 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0279  major facilitator superfamily MFS_1  37.86 
 
 
463 aa  205  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1215  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.11 
 
 
477 aa  204  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3005  EmrB/QacA family drug resistance transporter  30.63 
 
 
512 aa  204  3e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216237  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2238  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.22 
 
 
525 aa  202  8e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.166861  hitchhiker  0.0000537278 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0465  major facilitator superfamily permease  36.11 
 
 
511 aa  202  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.883476  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1879  major facilitator family transporter  34.94 
 
 
511 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26870  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.87 
 
 
534 aa  202  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.287743  normal  0.830336 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3555  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.54 
 
 
583 aa  202  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2447  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.81 
 
 
488 aa  202  9.999999999999999e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2698  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.36 
 
 
468 aa  202  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73028  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3069  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.14 
 
 
504 aa  202  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1425  putative methylenomycin A resistance protein  34.94 
 
 
511 aa  201  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2263  major facilitator transporter  39.01 
 
 
482 aa  201  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.330414  normal  0.0393067 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2189  putative methylenomycin A resistance protein  34.94 
 
 
511 aa  201  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.969114  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0562  major facilitator superfamily permease  34.73 
 
 
514 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_0921  major facilitator transporter  38.13 
 
 
455 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.224208  normal  0.285654 
 
 
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NC_003909  BCE_2404  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.56 
 
 
480 aa  200  5e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0469285  n/a   
 
 
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NC_008699  Noca_4349  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.54 
 
 
493 aa  199  7e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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