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for query gene Vapar_2891 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2891  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  100 
 
 		 539 aa  1030    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2370  EmrB/QacA family drug resistance transporter  53.04 
 
 		 520 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236919  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5418  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  51.16 
 
 		 583 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.97043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5313  EmrB/QacA family drug resistance transporter  49.9 
 
 		 542 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417718 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4689  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  43.37 
 
 		 516 aa  362  9e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.200154  hitchhiker  0.00098784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4620  EmrB/QacA family drug resistance transporter  54.42 
 
 		 470 aa  345  1e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0262  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.12 
 
 		 500 aa  333  5e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0858399  decreased coverage  0.0004758 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  52.94 
 
 		 486 aa  323  5e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0223  EmrB/QacA family drug resistance transporter  49.13 
 
 		 500 aa  323  6e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.677245 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1554  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  47.82 
 
 		 502 aa  321  1.9999999999999998e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.028716 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2252  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.62 
 
 		 529 aa  317  4e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  normal  0.0232648 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0124  EmrB/QacA family drug resistance transporter  47.59 
 
 		 471 aa  312  1e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.55159  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6356  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  47.18 
 
 		 492 aa  308  2.0000000000000002e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0301  EmrB/QacA family drug resistance transporter  50.12 
 
 		 489 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.112532 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17940  arabinose efflux permease family protein  44.34 
 
 		 457 aa  298  2e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2305  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  44.84 
 
 		 613 aa  296  5e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0976  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  46.4 
 
 		 537 aa  293  5e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.13495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4177  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.08 
 
 		 522 aa  287  4e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0603  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  45.61 
 
 		 498 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0499  major facilitator superfamily MFS_1  44.69 
 
 		 465 aa  280  4e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1801  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  47.49 
 
 		 504 aa  279  8e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0797811  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1524  major facilitator superfamily MFS_1  38.25 
 
 		 546 aa  271  2.9999999999999997e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.565851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0031  EmrB/QacA family drug resistance transporter  51 
 
 		 483 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.665432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3231  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.88 
 
 		 479 aa  268  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.991608  normal  0.404432 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2240  major facilitator superfamily MFS_1  44.68 
 
 		 463 aa  266  8.999999999999999e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0215877  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2996  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.82 
 
 		 478 aa  265  2e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.015101  decreased coverage  0.0000683759 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5182  EmrB/QacA family drug resistance transporter  41.12 
 
 		 488 aa  258  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1542  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.35 
 
 		 532 aa  258  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.95287  normal  0.532549 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0209  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.48 
 
 		 524 aa  258  3e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03124  transmembrane efflux transmembrane protein  38.46 
 
 		 467 aa  252  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2059  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.81 
 
 		 480 aa  250  5e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7143  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.34 
 
 		 489 aa  241  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.235133 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3139  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.92 
 
 		 504 aa  240  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1124  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.47 
 
 		 489 aa  234  3e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0926  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  35.63 
 
 		 522 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0678644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1696  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.74 
 
 		 534 aa  233  6e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.218803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4582  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.27 
 
 		 452 aa  233  9e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6584  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.25 
 
 		 502 aa  231  2e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1664  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35 
 
 		 486 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5637  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35 
 
 		 486 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.129179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1688  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35 
 
 		 486 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0523  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35 
 
 		 486 aa  231  3e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.296583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1637  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35 
 
 		 486 aa  231  3e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.153031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0642  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35 
 
 		 486 aa  231  3e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1336  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  38.9 
 
 		 469 aa  230  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4342  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.1 
 
 		 520 aa  230  5e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4781  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.23 
 
 		 487 aa  229  1e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.31571 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0906  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.04 
 
 		 510 aa  229  1e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.431531  normal  0.0779201 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3545  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.5 
 
 		 490 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.482074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5021  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.63 
 
 		 478 aa  228  3e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796578 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4837  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35 
 
 		 478 aa  226  6e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.179905 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0982  EmrB/QacA family drug resistance transporter  45.23 
 
 		 497 aa  226  9e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4542  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35 
 
 		 484 aa  226  1e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.717772 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1476  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.65 
 
 		 472 aa  225  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.76254  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4455  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35 
 
 		 478 aa  225  2e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3488  major facilitator transporter  39.46 
 
 		 469 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.36718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3177  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.28 
 
 		 519 aa  225  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.706315  hitchhiker  0.000232213 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3303  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.8 
 
 		 498 aa  225  2e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.213054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0587  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.14 
 
 		 469 aa  224  4e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3997  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.74 
 
 		 626 aa  222  9.999999999999999e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00240753  normal  0.239181 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1447  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  38.33 
 
 		 478 aa  221  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.497094  normal  0.116148 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8987  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.47 
 
 		 478 aa  221  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0731  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.24 
 
 		 763 aa  220  6e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.164946  normal  0.060075 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2592  major facilitator superfamily MFS_1  34.17 
 
 		 520 aa  219  7e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.166853 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3979  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.94 
 
 		 527 aa  219  1e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1215  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.24 
 
 		 477 aa  219  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.842605 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6960  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.71 
 
 		 528 aa  218  2.9999999999999998e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148929  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1730  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.76 
 
 		 478 aa  218  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.599699 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2597  major facilitator transporter  34.91 
 
 		 509 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0332017  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2717  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.58 
 
 		 509 aa  216  7e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00105313 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1829  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.45 
 
 		 522 aa  216  8e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0790  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.36 
 
 		 541 aa  216  9e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.004165  hitchhiker  0.00652278 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4290  major facilitator transporter  40.69 
 
 		 476 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.700844  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4076  major facilitator transporter  40.69 
 
 		 476 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8045  major facilitator superfamily MFS_1  37.02 
 
 		 507 aa  214  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3005  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.81 
 
 		 512 aa  214  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216237  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0279  major facilitator superfamily MFS_1  36.78 
 
 		 463 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2441  major facilitator transporter  35.19 
 
 		 519 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0616003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4349  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.17 
 
 		 493 aa  214  3.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0952  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36 
 
 		 540 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.05909  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3447  major facilitator transporter  40.45 
 
 		 476 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.499469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1946  putative MFS transporter  35.85 
 
 		 502 aa  213  7e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261804  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_2698  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.33 
 
 		 468 aa  213  9e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1437  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.87 
 
 		 520 aa  212  1e-53  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2027  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.92 
 
 		 505 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.585594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12357  integral membrane transport protein  33.87 
 
 		 537 aa  211  3e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2915  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.18 
 
 		 458 aa  209  7e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230559  hitchhiker  0.00656628 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2956  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.47 
 
 		 521 aa  209  7e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.210467 
 
 
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NC_010623  Bphy_4663  major facilitator transporter  37.53 
 
 		 523 aa  209  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.502876  normal  0.696249 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4607  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.27 
 
 		 522 aa  209  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014165  Tbis_1251  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  33.93 
 
 		 503 aa  209  1e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.157132  normal  0.20495 
 
 
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NC_009832  Spro_2818  major facilitator transporter  35.56 
 
 		 463 aa  207  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.561944  decreased coverage  0.0000285964 
 
 
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NC_012856  Rpic12D_2168  major facilitator superfamily MFS_1  35.48 
 
 		 483 aa  207  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.647242 
 
 
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NC_013739  Cwoe_0255  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.33 
 
 		 487 aa  207  4e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
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NC_014210  Ndas_4215  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.73 
 
 		 529 aa  207  5e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.269985  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_8828  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.47 
 
 		 458 aa  207  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00337993  hitchhiker  0.00204639 
 
 
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NC_013131  Caci_7577  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.61 
 
 		 487 aa  206  6e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009727  CBUD_1372  multidrug resistance protein B  31.91 
 
 		 534 aa  206  7e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.964869  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_1633  major facilitator superfamily MFS_1  32.4 
 
 		 503 aa  206  8e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0865478  normal  0.084905 
 
 
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NC_013131  Caci_8894  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.15 
 
 		 519 aa  206  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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