293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5858 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  90.57 
 
 		 436 aa  832    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 435 aa  896    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  42.82 
 
 		 443 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  43.51 
 
 		 443 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  42.47 
 
 		 441 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  41.59 
 
 		 443 aa  361  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  27.03 
 
 		 433 aa  114  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.21 
 
 		 486 aa  113  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 428 aa  110  4.0000000000000004e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 		 408 aa  107  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 		 428 aa  106  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 451 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  23.87 
 
 		 449 aa  100  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 		 484 aa  100  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 424 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 439 aa  96.3  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.25 
 
 		 439 aa  89.4  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  28.41 
 
 		 477 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.52 
 
 		 439 aa  88.6  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  23.15 
 
 		 536 aa  88.2  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  31.25 
 
 		 419 aa  86.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 		 421 aa  85.1  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 		 447 aa  85.5  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  25.95 
 
 		 477 aa  85.5  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 421 aa  84.7  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  28.34 
 
 		 419 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 425 aa  81.6  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 436 aa  80.1  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.6 
 
 		 590 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 		 484 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  22.28 
 
 		 431 aa  79  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.38 
 
 		 590 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 439 aa  77  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 438 aa  76.3  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1420  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 478 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.30312  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  30.34 
 
 		 410 aa  75.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 439 aa  76.3  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 		 513 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  25.77 
 
 		 430 aa  75.9  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  22.95 
 
 		 425 aa  76.3  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.38 
 
 		 422 aa  75.5  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  24.55 
 
 		 610 aa  74.7  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.14 
 
 		 422 aa  74.3  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.82 
 
 		 407 aa  74.3  0.000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  22.25 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 		 423 aa  72.8  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  23.95 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  24.39 
 
 		 484 aa  70.1  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.69 
 
 		 326 aa  70.1  0.00000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 		 579 aa  70.1  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 423 aa  69.3  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 414 aa  69.3  0.0000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 420 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 478 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  22.97 
 
 		 419 aa  68.9  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.1 
 
 		 421 aa  68.2  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3021  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 487 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3127  sugar ABC transporter  23.99 
 
 		 579 aa  68.2  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1357  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 		 467 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000953949 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  33.33 
 
 		 558 aa  68.2  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.59 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  24.22 
 
 		 439 aa  67.8  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2670  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 482 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00030492  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3164  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 467 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.625995  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 580 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3006  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 467 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.4 
 
 		 411 aa  67  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5703  extracellular solute-binding protein family 1  22.07 
 
 		 455 aa  67  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  29.51 
 
 		 580 aa  67  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 		 437 aa  67  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 397 aa  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  33.56 
 
 		 574 aa  66.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 411 aa  66.2  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1212  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 497 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 497 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  33.81 
 
 		 574 aa  64.7  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 579 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 477 aa  65.1  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  23.1 
 
 		 439 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 579 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  22.78 
 
 		 579 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 588 aa  63.5  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2756  extracellular solute-binding protein family 1  22.47 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.196216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 579 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  23.04 
 
 		 440 aa  63.2  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  22.1 
 
 		 424 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  23.89 
 
 		 446 aa  63.2  0.000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 595 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  22.51 
 
 		 399 aa  62.8  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  23.54 
 
 		 577 aa  63.2  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000012875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  28.42 
 
 		 596 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 455 aa  62  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>