100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9075 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  66.54 
 
 
579 aa  749    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  61.9 
 
 
577 aa  692    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  61.94 
 
 
577 aa  691    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  61.36 
 
 
577 aa  686    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1321  extracellular solute-binding protein  71.99 
 
 
574 aa  846    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00160153  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  72.71 
 
 
572 aa  851    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  66.12 
 
 
580 aa  741    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  70.47 
 
 
580 aa  792    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  65.81 
 
 
579 aa  742    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  79.39 
 
 
574 aa  948    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  64.96 
 
 
574 aa  734    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3982  extracellular solute-binding protein  80.58 
 
 
573 aa  950    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.227864  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3127  sugar ABC transporter  62.13 
 
 
579 aa  693    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  61.61 
 
 
577 aa  694    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  66.18 
 
 
579 aa  748    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3051  putative signal peptide protein  62.41 
 
 
580 aa  683    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0886733 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  66.67 
 
 
588 aa  759    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  61.68 
 
 
580 aa  693    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  60.61 
 
 
580 aa  685    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3333  conserved hypothetical signal peptide protein  62 
 
 
578 aa  690    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.577812 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  71.21 
 
 
596 aa  808    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6464  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  78.49 
 
 
574 aa  945    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  100 
 
 
558 aa  1160    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  72.94 
 
 
574 aa  874    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  61.76 
 
 
577 aa  690    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3391  extracellular solute-binding protein  61.85 
 
 
577 aa  680    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285234  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  79.39 
 
 
574 aa  952    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  62.14 
 
 
581 aa  693    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  64.18 
 
 
579 aa  726    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  62.69 
 
 
610 aa  696    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  66.54 
 
 
573 aa  736    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  72.53 
 
 
574 aa  850    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  71.21 
 
 
598 aa  806    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  69.26 
 
 
569 aa  814    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  60.11 
 
 
577 aa  678    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  69.91 
 
 
595 aa  800    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  61.84 
 
 
579 aa  687    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  70.28 
 
 
599 aa  796    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  56.88 
 
 
593 aa  647    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  62.78 
 
 
580 aa  694    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  64.78 
 
 
580 aa  743    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  61.69 
 
 
579 aa  698    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  65.28 
 
 
590 aa  734    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  61.39 
 
 
577 aa  698    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000012875  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  65.81 
 
 
579 aa  742    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  82.79 
 
 
573 aa  974    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4387  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  71.71 
 
 
573 aa  851    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  64.68 
 
 
590 aa  731    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1918  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  54.84 
 
 
573 aa  618  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000332483  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  52.04 
 
 
569 aa  570  1e-161  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  26.67 
 
 
484 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  25.67 
 
 
477 aa  107  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  25.21 
 
 
477 aa  107  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  25.85 
 
 
536 aa  103  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  24.04 
 
 
441 aa  84.3  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 
443 aa  80.9  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 
513 aa  77.4  0.0000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 
484 aa  74.7  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.68 
 
 
486 aa  74.3  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  32.05 
 
 
425 aa  72.8  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  30.94 
 
 
419 aa  72  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  31.46 
 
 
419 aa  71.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
435 aa  68.2  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
443 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  32.88 
 
 
436 aa  65.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 
443 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
428 aa  63.9  0.000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  22.52 
 
 
424 aa  63.2  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  22.85 
 
 
433 aa  63.5  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 
436 aa  60.8  0.00000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 
478 aa  60.1  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  22.27 
 
 
439 aa  59.3  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  40.3 
 
 
451 aa  57  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 
439 aa  55.1  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  34.17 
 
 
440 aa  53.9  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  23.16 
 
 
447 aa  53.9  0.000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  28.38 
 
 
442 aa  53.5  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  22.48 
 
 
449 aa  53.5  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  25.6 
 
 
442 aa  53.5  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1420  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 
478 aa  53.1  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.30312  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
439 aa  53.5  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  39.19 
 
 
326 aa  51.2  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  32.11 
 
 
495 aa  51.2  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  22.09 
 
 
429 aa  50.4  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  23.08 
 
 
479 aa  49.7  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 
497 aa  49.7  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
497 aa  49.7  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1212  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 
497 aa  49.3  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 
438 aa  47.4  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.18 
 
 
439 aa  45.4  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  36.67 
 
 
408 aa  45.8  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3333  transporter, putative  25.65 
 
 
481 aa  46.2  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.63 
 
 
439 aa  45.4  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2090  extracellular solute-binding protein family 1  30.43 
 
 
480 aa  45.1  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3021  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 
487 aa  44.7  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3006  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 
467 aa  44.7  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3164  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 
467 aa  44.7  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.625995  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2164  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
481 aa  44.3  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 
449 aa  43.9  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1357  extracellular solute-binding protein family 1  23.68 
 
 
467 aa  43.9  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000953949 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>