91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3127 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  63.13 
 
 		 588 aa  716    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  59.82 
 
 		 577 aa  694    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1321  extracellular solute-binding protein  63.97 
 
 		 574 aa  751    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00160153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  64.01 
 
 		 572 aa  741    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  64.63 
 
 		 580 aa  750    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  63.79 
 
 		 580 aa  751    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  64.83 
 
 		 579 aa  755    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  62.09 
 
 		 574 aa  723    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  63.88 
 
 		 574 aa  730    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3982  extracellular solute-binding protein  62.95 
 
 		 573 aa  736    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.227864  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3127  sugar ABC transporter  100 
 
 		 579 aa  1196    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  60.39 
 
 		 577 aa  695    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  64.83 
 
 		 579 aa  758    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  64.14 
 
 		 579 aa  763    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3051  putative signal peptide protein  59.6 
 
 		 580 aa  689    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0886733 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  58.65 
 
 		 580 aa  694    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  57.14 
 
 		 580 aa  695    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3333  conserved hypothetical signal peptide protein  60.22 
 
 		 578 aa  695    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.577812 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  63.08 
 
 		 596 aa  763    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6464  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  62.22 
 
 		 574 aa  735    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  62.13 
 
 		 558 aa  693    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  61.23 
 
 		 574 aa  713    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  60.25 
 
 		 577 aa  698    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3391  extracellular solute-binding protein  58.88 
 
 		 577 aa  686    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285234  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  62.05 
 
 		 574 aa  734    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  59.75 
 
 		 581 aa  695    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  66.32 
 
 		 579 aa  810    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  63.24 
 
 		 610 aa  721    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  88.24 
 
 		 577 aa  1036    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000012875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  59.24 
 
 		 577 aa  695    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  63.24 
 
 		 569 aa  743    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  64.14 
 
 		 598 aa  748    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  62.61 
 
 		 595 aa  763    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  61.29 
 
 		 579 aa  709    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  65.59 
 
 		 599 aa  758    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  58.93 
 
 		 593 aa  701    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  63.79 
 
 		 574 aa  750    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  60.04 
 
 		 580 aa  707    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  63.53 
 
 		 580 aa  764    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  60.25 
 
 		 579 aa  702    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  63.29 
 
 		 573 aa  741    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  60.43 
 
 		 577 aa  699    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  60.42 
 
 		 577 aa  705    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  62.37 
 
 		 573 aa  734    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  60.5 
 
 		 590 aa  707    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  60.5 
 
 		 590 aa  707    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  64.83 
 
 		 579 aa  755    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4387  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  62.13 
 
 		 573 aa  730    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1918  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  55.43 
 
 		 573 aa  630  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000332483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  52.87 
 
 		 569 aa  587  1e-166  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  26.64 
 
 		 484 aa  120  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 		 477 aa  99.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  23.26 
 
 		 477 aa  97.4  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  25.47 
 
 		 536 aa  97.4  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 443 aa  79.3  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 428 aa  77  0.0000000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  23.64 
 
 		 484 aa  73.9  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  23.09 
 
 		 433 aa  71.6  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  50.85 
 
 		 513 aa  68.9  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 		 435 aa  67.8  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  24.07 
 
 		 436 aa  67  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  22.7 
 
 		 449 aa  66.6  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  47.46 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 		 424 aa  63.9  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  22.5 
 
 		 441 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.73 
 
 		 486 aa  61.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  29.41 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  40.3 
 
 		 451 aa  58.5  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 		 436 aa  57.8  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  49.12 
 
 		 326 aa  57.8  0.0000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  29.48 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 439 aa  57.4  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  21.62 
 
 		 439 aa  56.6  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  23.67 
 
 		 443 aa  54.7  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2090  extracellular solute-binding protein family 1  22.12 
 
 		 480 aa  53.5  0.000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  45.61 
 
 		 439 aa  52.4  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  44.07 
 
 		 439 aa  51.6  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  44.07 
 
 		 439 aa  51.6  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 408 aa  50.8  0.00007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 498 aa  50.8  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5738  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.18 
 
 		 452 aa  50.4  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.599702  normal  0.0824986 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 		 443 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 438 aa  50.4  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  22.48 
 
 		 447 aa  46.6  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 477 aa  45.8  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  35.09 
 
 		 448 aa  45.1  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 497 aa  44.7  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  23.21 
 
 		 435 aa  44.7  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3495  extracellular solute-binding protein, family 1  21.4 
 
 		 487 aa  44.3  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  22.99 
 
 		 429 aa  43.5  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  20.62 
 
 		 410 aa  43.5  0.01  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>