More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2753 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
410 aa  851    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  55.97 
 
 
408 aa  501  1e-141  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
438 aa  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
439 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 
428 aa  106  6e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.84 
 
 
439 aa  104  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  28.8 
 
 
431 aa  104  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 
411 aa  103  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 
411 aa  103  6e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.84 
 
 
439 aa  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  29.11 
 
 
419 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  29.5 
 
 
419 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 
424 aa  96.7  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  25.21 
 
 
447 aa  96.7  8e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  27.05 
 
 
433 aa  95.5  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  23.48 
 
 
449 aa  93.2  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 
428 aa  90.5  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
419 aa  90.5  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
363 aa  89.7  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
439 aa  88.6  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 
513 aa  85.9  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
439 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
439 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
412 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  26.45 
 
 
419 aa  84.7  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.3 
 
 
496 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 
414 aa  84.3  0.000000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  28.19 
 
 
418 aa  84  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 
440 aa  83.6  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
421 aa  84  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 
428 aa  83.6  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
419 aa  83.2  0.000000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
446 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.88 
 
 
422 aa  81.6  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  31.62 
 
 
436 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 
436 aa  82  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.88 
 
 
422 aa  81.3  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
422 aa  81.3  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 
436 aa  80.9  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 
448 aa  80.5  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 
412 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  22.84 
 
 
421 aa  80.1  0.00000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 
439 aa  80.1  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3144  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  21.03 
 
 
460 aa  79  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 
425 aa  79  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.85 
 
 
486 aa  79  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
399 aa  78.6  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  26.38 
 
 
437 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 
428 aa  77.4  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 
477 aa  75.9  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  26.32 
 
 
413 aa  75.9  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 
435 aa  75.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.5 
 
 
326 aa  75.1  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 
451 aa  75.5  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  24.79 
 
 
484 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  26.86 
 
 
439 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  23.97 
 
 
434 aa  74.7  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
411 aa  73.6  0.000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.08 
 
 
418 aa  72.8  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 
428 aa  72.8  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 
411 aa  72.4  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.51 
 
 
421 aa  72  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 
430 aa  71.2  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 
421 aa  70.9  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  23.64 
 
 
423 aa  70.9  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 
425 aa  70.5  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 
455 aa  70.5  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4090  twin-arginine translocation pathway signal  19.4 
 
 
440 aa  70.1  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.25614 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 
455 aa  70.1  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 
419 aa  70.5  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 
444 aa  69.3  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  22.38 
 
 
411 aa  69.3  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  25.88 
 
 
458 aa  69.3  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  22.63 
 
 
447 aa  69.3  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3771  extracellular solute-binding protein  22.57 
 
 
421 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
444 aa  68.6  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  25.87 
 
 
426 aa  67.8  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  22.38 
 
 
432 aa  67.8  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 
424 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 
466 aa  67.4  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 
410 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  23.56 
 
 
439 aa  67.8  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  23.51 
 
 
411 aa  67.4  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.31 
 
 
399 aa  67  0.0000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
422 aa  67.4  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  23.68 
 
 
479 aa  67  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.43 
 
 
426 aa  67  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.43 
 
 
426 aa  67  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.43 
 
 
426 aa  67  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.43 
 
 
426 aa  67  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  27.43 
 
 
426 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.57 
 
 
366 aa  66.6  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  21.86 
 
 
424 aa  66.6  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27 
 
 
426 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 
442 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  27 
 
 
423 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 
442 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 
420 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  24.13 
 
 
452 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  22.95 
 
 
453 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>