203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6371 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  93.45 
 
 
443 aa  864    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
443 aa  914    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  73.08 
 
 
441 aa  667    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  69.66 
 
 
443 aa  627  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  43.05 
 
 
436 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  42.82 
 
 
435 aa  374  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  27.42 
 
 
433 aa  100  7e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 
449 aa  95.9  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  24.59 
 
 
484 aa  90.1  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
428 aa  84.7  0.000000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.16 
 
 
407 aa  84.3  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1756  ABC transporter substrate-binding protein  24.71 
 
 
439 aa  79.7  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.887651  normal  0.574192 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 
423 aa  79  0.0000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  27.96 
 
 
610 aa  77.4  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  22.05 
 
 
451 aa  75.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  25.46 
 
 
421 aa  72.8  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 
447 aa  72.4  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  23.78 
 
 
536 aa  72  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  23.57 
 
 
428 aa  71.6  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0854  extracellular solute-binding protein family 1  26.4 
 
 
398 aa  71.2  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.124504  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 
436 aa  71.2  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 
423 aa  70.1  0.00000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 
574 aa  69.7  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  22.17 
 
 
425 aa  69.7  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 
580 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  24.91 
 
 
581 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
588 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 
579 aa  67.8  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  23.19 
 
 
569 aa  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3333  conserved hypothetical signal peptide protein  24.82 
 
 
578 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.577812 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  23.85 
 
 
437 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  25.26 
 
 
558 aa  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  26.01 
 
 
579 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3051  putative signal peptide protein  24.82 
 
 
580 aa  65.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0886733 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
579 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
579 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3982  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
573 aa  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.227864  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 
579 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 
577 aa  64.7  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000012875  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0698  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 
428 aa  65.1  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0317884  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  27.81 
 
 
446 aa  64.3  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 
453 aa  64.3  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  24.91 
 
 
580 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 
439 aa  64.3  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.21 
 
 
590 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  23.37 
 
 
477 aa  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  25.52 
 
 
580 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  23.82 
 
 
423 aa  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
598 aa  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  22.45 
 
 
477 aa  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  25.27 
 
 
484 aa  63.5  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  32.67 
 
 
419 aa  63.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
580 aa  63.5  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.86 
 
 
590 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
573 aa  63.2  0.000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  24.3 
 
 
596 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  23.58 
 
 
433 aa  62.4  0.00000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1438  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 
400 aa  62.8  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000172655  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  28.31 
 
 
439 aa  63.2  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1614  extracellular solute-binding protein  24.37 
 
 
391 aa  62.8  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000159886  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 
391 aa  62.8  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 
574 aa  62.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  23.13 
 
 
574 aa  62.4  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
580 aa  62  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 
595 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  29.17 
 
 
410 aa  62.4  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.44 
 
 
569 aa  62  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 
580 aa  62.4  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 
577 aa  62  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.07 
 
 
326 aa  62  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 
593 aa  61.6  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 
415 aa  61.6  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 
577 aa  61.6  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 
599 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  20.89 
 
 
422 aa  60.8  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.32 
 
 
439 aa  60.8  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.65 
 
 
422 aa  60.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 
579 aa  60.5  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 
416 aa  60.5  0.00000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
577 aa  60.5  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 
424 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  24.91 
 
 
573 aa  60.1  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.32 
 
 
439 aa  60.1  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 
577 aa  59.7  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
414 aa  60.1  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
395 aa  59.7  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 
577 aa  59.7  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.5 
 
 
422 aa  59.7  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1047  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 
433 aa  59.7  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 
439 aa  59.7  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 
419 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 
421 aa  58.9  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  23.32 
 
 
574 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 
436 aa  58.9  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 
422 aa  58.9  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  22.83 
 
 
408 aa  58.9  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 
422 aa  58.9  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
438 aa  58.9  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0984  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 
392 aa  57.4  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000118485  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  27.31 
 
 
411 aa  57  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>