93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2909 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3127  sugar ABC transporter  62.09 
 
 		 579 aa  717    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  63.04 
 
 		 577 aa  711    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  63.85 
 
 		 577 aa  716    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  63.04 
 
 		 577 aa  712    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1321  extracellular solute-binding protein  77.12 
 
 		 574 aa  922    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00160153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  85.69 
 
 		 574 aa  1047    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  76.83 
 
 		 572 aa  920    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2047  extracellular solute-binding protein  68.36 
 
 		 580 aa  775    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.120072  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  72.5 
 
 		 580 aa  828    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3473  extracellular solute-binding protein  66.43 
 
 		 579 aa  778    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.971584  hitchhiker  0.00076059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2264  extracellular solute-binding protein, family 1  66.43 
 
 		 579 aa  778    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.864304  decreased coverage  0.00109234 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2909  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 574 aa  1189    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.175958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  65.13 
 
 		 574 aa  751    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3982  extracellular solute-binding protein  87.94 
 
 		 573 aa  1071    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.227864  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3051  putative signal peptide protein  64.38 
 
 		 580 aa  695    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0886733 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  63.04 
 
 		 577 aa  720    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1898  extracellular solute-binding protein  66.96 
 
 		 579 aa  785    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.477877  normal  0.0669246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1738  extracellular solute-binding protein  66.78 
 
 		 579 aa  787    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.217891 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  71.92 
 
 		 588 aa  801    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  61.61 
 
 		 580 aa  690    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  60.52 
 
 		 580 aa  692    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3333  conserved hypothetical signal peptide protein  64.19 
 
 		 578 aa  699    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.577812 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  72.15 
 
 		 596 aa  846    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6464  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  86.74 
 
 		 574 aa  1055    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  79.39 
 
 		 558 aa  948    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0100  hypothetical protein  76.4 
 
 		 574 aa  935    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0356789  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  63.67 
 
 		 577 aa  716    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3391  extracellular solute-binding protein  61.71 
 
 		 577 aa  692    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285234  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  64.33 
 
 		 581 aa  700    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  65.06 
 
 		 590 aa  765    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  65.06 
 
 		 590 aa  762    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  64.21 
 
 		 579 aa  724    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3630  extracellular solute-binding protein  65.74 
 
 		 580 aa  775    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  77.47 
 
 		 574 aa  926    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  74.54 
 
 		 598 aa  838    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5939  extracellular solute-binding protein family 1  69.4 
 
 		 610 aa  761    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4098  extracellular solute-binding protein  72.33 
 
 		 569 aa  874    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00991271  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  61.11 
 
 		 577 aa  694    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  71.65 
 
 		 595 aa  842    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  62.57 
 
 		 579 aa  709    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  75.09 
 
 		 599 aa  844    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  55.38 
 
 		 593 aa  654    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2416  extracellular solute-binding protein  61.64 
 
 		 577 aa  716    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000012875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  69.36 
 
 		 573 aa  757    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4387  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  74.27 
 
 		 573 aa  893    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.136814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  64.13 
 
 		 580 aa  714    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1597  extracellular solute-binding protein  88.83 
 
 		 573 aa  1089    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1445  extracellular solute-binding protein family 1  65.92 
 
 		 579 aa  771    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779886  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1918  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  56.96 
 
 		 573 aa  621  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000332483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2095  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  51.99 
 
 		 569 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.105917 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  25.41 
 
 		 484 aa  107  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  25.46 
 
 		 536 aa  97.1  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 		 477 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  23.47 
 
 		 477 aa  89  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0699  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 443 aa  87.4  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  23.01 
 
 		 441 aa  84  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  46.48 
 
 		 513 aa  70.5  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 		 443 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  45.07 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  30.69 
 
 		 419 aa  66.6  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  29.79 
 
 		 419 aa  66.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  33.56 
 
 		 435 aa  66.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  32.43 
 
 		 436 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  22.94 
 
 		 484 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  21.3 
 
 		 424 aa  63.5  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 443 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  23.6 
 
 		 428 aa  60.5  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03340  extracellular solute-binding protein family 1  22.55 
 
 		 439 aa  57.8  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.59 
 
 		 486 aa  57.8  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  31.75 
 
 		 436 aa  56.6  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 		 447 aa  55.5  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 		 439 aa  55.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.4 
 
 		 439 aa  55.1  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  37.33 
 
 		 451 aa  55.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 478 aa  54.7  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  26.11 
 
 		 433 aa  54.3  0.000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.48 
 
 		 439 aa  53.9  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  39.19 
 
 		 326 aa  52.4  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  34.72 
 
 		 439 aa  52  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 498 aa  51.2  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  30.71 
 
 		 449 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 438 aa  49.3  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 440 aa  48.9  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2488  extracellular solute-binding protein family 1  28.97 
 
 		 495 aa  48.1  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.56273  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4037  ABC sugar transporter, periplasmic lignad binding protein  21.28 
 
 		 429 aa  46.6  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0204263  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  21.04 
 
 		 443 aa  45.8  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2090  extracellular solute-binding protein family 1  28.7 
 
 		 480 aa  45.8  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  36.67 
 
 		 408 aa  45.8  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 441 aa  45.1  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2164  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 481 aa  44.3  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1047  extracellular solute-binding protein  21.01 
 
 		 433 aa  44.3  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 444 aa  44.3  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  25.54 
 
 		 479 aa  43.9  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.229304 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>