110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1420 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1420  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 478 aa  998    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.30312  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  73.61 
 
 		 478 aa  732    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3006  extracellular solute-binding protein  64.71 
 
 		 467 aa  631  1e-180  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3021  extracellular solute-binding protein  62.55 
 
 		 487 aa  631  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3333  transporter, putative  65.65 
 
 		 481 aa  630  1e-179  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3164  extracellular solute-binding protein  64.71 
 
 		 467 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.625995  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1357  extracellular solute-binding protein family 1  64.49 
 
 		 467 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000953949 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  64.99 
 
 		 497 aa  625  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1212  extracellular solute-binding protein  64.11 
 
 		 497 aa  621  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  61.75 
 
 		 497 aa  615  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2670  extracellular solute-binding protein  61.64 
 
 		 482 aa  609  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00030492  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  60.61 
 
 		 479 aa  588  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 451 aa  181  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 424 aa  103  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  30.85 
 
 		 419 aa  86.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 408 aa  84.3  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  29.26 
 
 		 419 aa  83.6  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 428 aa  82  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 536 aa  78.6  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  23.5 
 
 		 433 aa  76.6  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 435 aa  75.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 		 449 aa  71.6  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 		 447 aa  70.1  0.00000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  24.74 
 
 		 484 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 439 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 		 477 aa  66.6  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  29.17 
 
 		 425 aa  66.2  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.53 
 
 		 486 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  23.36 
 
 		 447 aa  64.7  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  24.3 
 
 		 477 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  25.6 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 513 aa  63.9  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 432 aa  63.5  0.000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 436 aa  62.8  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 440 aa  58.9  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  23.17 
 
 		 484 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  22.4 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3495  extracellular solute-binding protein, family 1  21.85 
 
 		 487 aa  57  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413396  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 		 435 aa  57  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  21.9 
 
 		 477 aa  55.5  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  21.67 
 
 		 439 aa  55.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 443 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 443 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 443 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2624  extracellular solute-binding protein  20.86 
 
 		 444 aa  53.9  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  20.59 
 
 		 441 aa  53.1  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  23.31 
 
 		 558 aa  53.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  21.66 
 
 		 438 aa  52.4  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 		 419 aa  52.4  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  19.77 
 
 		 428 aa  51.6  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  21.25 
 
 		 422 aa  51.2  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.53 
 
 		 439 aa  50.8  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.48 
 
 		 439 aa  50.4  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  20.85 
 
 		 434 aa  49.7  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 435 aa  49.3  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  21.08 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  24.17 
 
 		 431 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6371  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 		 443 aa  49.3  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.970426 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 		 454 aa  48.5  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  22.01 
 
 		 484 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 		 443 aa  48.1  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3999  extracellular solute-binding protein family 1  22.4 
 
 		 452 aa  47.8  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.220113  normal  0.250177 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  21.79 
 
 		 498 aa  47.8  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 577 aa  47.4  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  25.63 
 
 		 441 aa  47  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 		 435 aa  47  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2925  putative maltose/mannitol ABC transporter binding protein subunit  25.19 
 
 		 436 aa  46.6  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.732093  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 577 aa  46.2  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 436 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.36 
 
 		 438 aa  45.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 444 aa  45.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.61 
 
 		 440 aa  45.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2064  extracellular solute-binding protein  21.8 
 
 		 449 aa  45.8  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  22.61 
 
 		 440 aa  45.8  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 577 aa  45.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 577 aa  45.1  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 441 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 441 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 		 455 aa  45.1  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 436 aa  45.1  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 441 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  24.26 
 
 		 431 aa  45.1  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.93 
 
 		 441 aa  44.7  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34420  putative binding protein component of ABC maltose/mannitol transporter  25.19 
 
 		 436 aa  44.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000870468  normal  0.425479 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 577 aa  44.7  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 436 aa  44.3  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 441 aa  44.3  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 441 aa  44.3  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  25.99 
 
 		 443 aa  44.3  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  23 
 
 		 574 aa  44.3  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2663  ABC sugar (glycerol) transporter, periplasmic binding protein  22.84 
 
 		 574 aa  43.9  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.716249  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  27.55 
 
 		 579 aa  43.9  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  21.6 
 
 		 419 aa  43.9  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1201  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 572 aa  43.9  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.487559  normal  0.842714 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4812  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 438 aa  43.5  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  22.98 
 
 		 441 aa  43.5  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3169  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  22.96 
 
 		 573 aa  43.5  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000122164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 577 aa  43.5  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>