167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2375 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  100 
 
 		 479 aa  994    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  63.19 
 
 		 497 aa  622  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3333  transporter, putative  62.36 
 
 		 481 aa  609  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1357  extracellular solute-binding protein family 1  60.78 
 
 		 467 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000953949 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1212  extracellular solute-binding protein  61.91 
 
 		 497 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3006  extracellular solute-binding protein  60.35 
 
 		 467 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  61.7 
 
 		 497 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3164  extracellular solute-binding protein  60.13 
 
 		 467 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.625995  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3021  extracellular solute-binding protein  60.13 
 
 		 487 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2670  extracellular solute-binding protein  59.92 
 
 		 482 aa  592  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00030492  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1420  extracellular solute-binding protein  60.61 
 
 		 478 aa  588  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.30312  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  57.99 
 
 		 478 aa  565  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  30.48 
 
 		 451 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 428 aa  100  5e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 424 aa  94  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  24.42 
 
 		 477 aa  84  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 477 aa  83.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 		 408 aa  81.3  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  23.14 
 
 		 433 aa  75.9  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 		 449 aa  75.1  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  27.98 
 
 		 419 aa  73.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  29.94 
 
 		 419 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 439 aa  70.9  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  23.1 
 
 		 536 aa  67.4  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 441 aa  67.8  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  23.34 
 
 		 436 aa  67  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  23.68 
 
 		 410 aa  67  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  23.1 
 
 		 484 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  23.05 
 
 		 440 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6724  extracellular solute-binding protein family 1  23.57 
 
 		 580 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 455 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 455 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 		 443 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 		 443 aa  61.2  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  24.05 
 
 		 436 aa  60.5  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5372  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 580 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.737373 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 432 aa  59.3  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 		 431 aa  59.7  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 		 425 aa  59.3  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1742  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.7 
 
 		 590 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.284147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3735  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.7 
 
 		 590 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.217509  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 441 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 441 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 441 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  23.35 
 
 		 454 aa  57.8  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4737  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 455 aa  57.4  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  24.29 
 
 		 447 aa  57.4  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.94 
 
 		 441 aa  57  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  23.58 
 
 		 441 aa  56.6  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  22.32 
 
 		 442 aa  57  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 		 442 aa  57  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  23.03 
 
 		 440 aa  57  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.32 
 
 		 442 aa  57  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.32 
 
 		 442 aa  57  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.32 
 
 		 442 aa  57  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.32 
 
 		 442 aa  57  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.32 
 
 		 442 aa  57  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 		 435 aa  57  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 439 aa  57  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  23.63 
 
 		 484 aa  56.6  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.16 
 
 		 440 aa  56.6  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 		 428 aa  56.2  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 		 419 aa  56.2  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0915  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  23.84 
 
 		 443 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.89 
 
 		 486 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  22.16 
 
 		 441 aa  55.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1367  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 595 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 580 aa  55.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1030  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 577 aa  55.5  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  20 
 
 		 428 aa  55.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  23.42 
 
 		 438 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2089  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 593 aa  55.1  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115344  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0381  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 577 aa  54.7  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000205955  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2227  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  24.84 
 
 		 580 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272484  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0389  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 577 aa  54.7  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.83487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2317  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 577 aa  54.7  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000660046  normal  0.503814 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0483  twin-arginine translocation pathway signal  24.67 
 
 		 579 aa  53.9  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00131469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 579 aa  53.9  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0609  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 		 577 aa  53.9  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.348028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 436 aa  53.5  0.000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3391  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 577 aa  53.5  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.285234  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1969  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 588 aa  53.5  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.386461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2986  putative signal peptide protein  25.74 
 
 		 581 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3671  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 577 aa  53.1  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00462233  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4063  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 599 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.159076  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4889  putative periplasmic binding ABC transporter protein, putative sugar binding precursor  24.51 
 
 		 596 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4211  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 598 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.64235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  24.15 
 
 		 431 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  34.88 
 
 		 326 aa  52.4  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.54 
 
 		 439 aa  51.6  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5977  putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein  23.75 
 
 		 574 aa  52  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0889  extracellular solute-binding protein  21.63 
 
 		 435 aa  51.2  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>