115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3333 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3333  transporter, putative  100 
 
 		 481 aa  994    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1212  extracellular solute-binding protein  90 
 
 		 497 aa  886    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1283  extracellular solute-binding protein  89.12 
 
 		 497 aa  886    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1213  extracellular solute-binding protein  89.33 
 
 		 497 aa  895    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3006  extracellular solute-binding protein  82 
 
 		 467 aa  800    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2670  extracellular solute-binding protein  78.38 
 
 		 482 aa  789    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00030492  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3021  extracellular solute-binding protein  79.87 
 
 		 487 aa  803    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3164  extracellular solute-binding protein  82 
 
 		 467 aa  800    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.625995  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1357  extracellular solute-binding protein family 1  82.65 
 
 		 467 aa  802    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000953949 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1420  extracellular solute-binding protein  65.65 
 
 		 478 aa  631  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.30312  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1533  extracellular solute-binding protein  64.11 
 
 		 478 aa  626  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.219593 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2375  transporter, putative  62.36 
 
 		 479 aa  609  1e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.229304 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2456  extracellular solute-binding protein  31.79 
 
 		 451 aa  196  7e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 424 aa  93.6  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  29.09 
 
 		 449 aa  91.7  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 408 aa  89.7  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0258  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 		 477 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 433 aa  82  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1390  extracellular solute-binding protein  24.75 
 
 		 444 aa  80.5  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00129811  normal  0.103249 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0305  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 		 428 aa  77  0.0000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.937006  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1743  extracellular solute-binding protein family 1  25.43 
 
 		 447 aa  76.3  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0287  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 		 477 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.635572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3584  hypothetical protein  25.97 
 
 		 484 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.638591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2459  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 443 aa  73.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.924766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2051  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 		 536 aa  73.2  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2610  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 477 aa  71.2  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2420  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 443 aa  71.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.783182  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2465  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 443 aa  71.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.270585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0547  ABC-type sugar / sn-glycerol 3-phosphate transport protein  27 
 
 		 447 aa  71.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3495  extracellular solute-binding protein, family 1  23.62 
 
 		 487 aa  66.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.413396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  22.6 
 
 		 432 aa  64.7  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 		 438 aa  64.7  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  25.97 
 
 		 419 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 		 419 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  23.98 
 
 		 436 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 498 aa  64.3  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  26.18 
 
 		 435 aa  64.3  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2753  extracellular solute-binding protein family 1  23.72 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3399  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 440 aa  62  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 435 aa  62.4  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  21.45 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0459  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 436 aa  60.1  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.420805  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.94 
 
 		 439 aa  59.7  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0235  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  21.94 
 
 		 439 aa  58.5  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.61248  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  27.44 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  23.25 
 
 		 423 aa  57.4  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2426  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 441 aa  56.6  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.741734 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  23.49 
 
 		 419 aa  54.3  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  19.55 
 
 		 422 aa  54.3  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1658  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 449 aa  54.3  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.521221  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 439 aa  53.5  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0671  extracellular solute-binding protein  22.11 
 
 		 436 aa  53.5  0.000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.687145  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2058  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 		 435 aa  53.5  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.617385 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  22.74 
 
 		 440 aa  53.5  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0333  maltose/mannitol ABC transporter, periplasmic maltose/mannitol-binding protein, putative  22.9 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00410857  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1034  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3005  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 386 aa  52.8  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0509574  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2643  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 441 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0222782  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2624  extracellular solute-binding protein  21.43 
 
 		 444 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0631  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.9 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 		 448 aa  52.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2465  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.9 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0872  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.9 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0876  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.9 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0755942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0079  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, periplasmic sorbitol/mannitol-binding protein  22.9 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4979  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 439 aa  53.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.336131  normal  0.060129 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2511  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 441 aa  53.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0464819  normal  0.359234 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 		 440 aa  52.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5926  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.23 
 
 		 441 aa  51.6  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0695  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  22.9 
 
 		 441 aa  52  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.19 
 
 		 440 aa  52  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  22.3 
 
 		 428 aa  51.6  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1985  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 441 aa  51.2  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0378619  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2595  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 441 aa  51.2  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.13364  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0702  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 440 aa  51.6  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.812706  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2619  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 441 aa  51.2  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.925096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4845  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 434 aa  50.4  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.834917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3775  extracellular solute-binding protein  20.96 
 
 		 441 aa  50.1  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.577316  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0646  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.66 
 
 		 326 aa  50.1  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0353327  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0375  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 574 aa  48.5  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.812044  normal  0.244045 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3348  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 443 aa  49.3  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2144  sugar-binding periplasmic signal peptide protein  24.34 
 
 		 441 aa  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000125903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2064  extracellular solute-binding protein  20.72 
 
 		 449 aa  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2041  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 436 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2902  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 439 aa  47.8  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.489617 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0974  extracellular solute-binding protein family 1  27.97 
 
 		 435 aa  48.1  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.606433  normal  0.163223 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7822  putative ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.35 
 
 		 486 aa  47.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0572  extracellular solute-binding protein family 1  22.67 
 
 		 470 aa  47.4  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2204  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 579 aa  47  0.0007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0158  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 		 435 aa  47  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.317406 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2286  extracellular solute-binding protein family 1  28.08 
 
 		 484 aa  47  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.322369 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0364  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.4 
 
 		 438 aa  47  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2229  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 580 aa  47  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0301867  normal  0.190368 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3854  extracellular solute-binding protein  21.82 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9075  hypothetical protein  25.65 
 
 		 558 aa  46.2  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.979947  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2640  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 436 aa  45.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4357  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 		 455 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.200959  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4443  extracellular solute-binding protein  24.65 
 
 		 455 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0226595 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1181  extracellular solute-binding protein  22.25 
 
 		 490 aa  45.8  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.595766 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5638  extracellular solute-binding protein family 1  23.02 
 
 		 443 aa  44.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>