More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1635 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1635  diguanylate cyclase  100 
 
 
451 aa  929    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.28631  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  36.81 
 
 
449 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0279  GGDEF family protein  33.33 
 
 
457 aa  270  5e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000800  GGDEF family protein  34.84 
 
 
423 aa  251  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0410627  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0403  putative membrane associated signaling protein  36.05 
 
 
403 aa  242  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116086  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06699  hypothetical protein  32.51 
 
 
452 aa  238  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0456  GGDEF family protein  32.66 
 
 
464 aa  210  5e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.219727  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1788  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.77 
 
 
760 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0914788  normal  0.266006 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6809  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  27.97 
 
 
747 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  28.96 
 
 
459 aa  172  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1163  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.57 
 
 
731 aa  159  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  34.18 
 
 
878 aa  139  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2934  PAS  30.58 
 
 
955 aa  131  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000914767  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.97 
 
 
1653 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.76 
 
 
780 aa  120  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0342  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.05 
 
 
827 aa  119  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  41.25 
 
 
557 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  43.56 
 
 
703 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  41.83 
 
 
976 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0030  hypothetical protein  42.68 
 
 
976 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  37.93 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3355  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.53 
 
 
685 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0162851  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  31.53 
 
 
882 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  28.23 
 
 
636 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 
568 aa  114  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.96 
 
 
878 aa  113  7.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.373706  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  42.86 
 
 
462 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.13 
 
 
772 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.61 
 
 
1143 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.56 
 
 
464 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.61 
 
 
1143 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.21 
 
 
480 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
363 aa  111  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.5 
 
 
718 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.8 
 
 
659 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 
664 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.56 
 
 
482 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.41 
 
 
806 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.89 
 
 
1499 aa  109  8.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.63 
 
 
1262 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.52 
 
 
637 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.56 
 
 
488 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.66 
 
 
664 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.66 
 
 
664 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.42 
 
 
898 aa  109  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 
757 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.85 
 
 
1471 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.66 
 
 
664 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.74 
 
 
703 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.16 
 
 
556 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.56 
 
 
493 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.2 
 
 
659 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.56 
 
 
498 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 
659 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.56 
 
 
498 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.66 
 
 
1066 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2075  signal transduction protein  35.68 
 
 
988 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.01 
 
 
1101 aa  107  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  39.22 
 
 
231 aa  106  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  36.81 
 
 
923 aa  106  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.89 
 
 
832 aa  106  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.87 
 
 
904 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  38.55 
 
 
594 aa  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0626  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.75 
 
 
856 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.42 
 
 
501 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0330  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.49 
 
 
679 aa  106  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  37.74 
 
 
884 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4847  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.14 
 
 
681 aa  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.33 
 
 
780 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  38.18 
 
 
691 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.79 
 
 
1225 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  38.18 
 
 
699 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.91 
 
 
1069 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00515556 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  38.79 
 
 
703 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.97 
 
 
684 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01021  sensory box/GGDEF/EAL domain protein  35.9 
 
 
1392 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  42.31 
 
 
865 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 
669 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.52 
 
 
683 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.13 
 
 
1039 aa  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2224  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.14 
 
 
820 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.387705 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  38.24 
 
 
937 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0723  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.65 
 
 
1238 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.905647  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  38.24 
 
 
937 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0498  diguanylate cyclase  41.07 
 
 
410 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.195529  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  37.97 
 
 
626 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4696  sensory box/GGDEF family protein  34.76 
 
 
682 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  39.41 
 
 
937 aa  104  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.29 
 
 
761 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0595  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.64 
 
 
730 aa  104  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.24 
 
 
792 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
937 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  40.51 
 
 
905 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  38.18 
 
 
699 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.81 
 
 
718 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  37.28 
 
 
429 aa  104  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  38.18 
 
 
699 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
1050 aa  104  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.14 
 
 
784 aa  104  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  39.75 
 
 
928 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>