More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0403 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0403  putative membrane associated signaling protein  100 
 
 
403 aa  812    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116086  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0279  GGDEF family protein  43.7 
 
 
457 aa  333  4e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000800  GGDEF family protein  45.45 
 
 
423 aa  323  3e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0410627  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06699  hypothetical protein  44.35 
 
 
452 aa  318  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  38.74 
 
 
449 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1635  diguanylate cyclase  36.05 
 
 
451 aa  242  9e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.28631  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  32.64 
 
 
459 aa  197  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6809  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  34 
 
 
747 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1788  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.81 
 
 
760 aa  189  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0914788  normal  0.266006 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0456  GGDEF family protein  34.02 
 
 
464 aa  181  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.219727  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3355  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 
685 aa  155  8e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0162851  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1163  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.29 
 
 
731 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2934  PAS  31.51 
 
 
955 aa  145  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000914767  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.16 
 
 
1653 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.14 
 
 
718 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  32.55 
 
 
636 aa  124  3e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  34.47 
 
 
882 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  30.11 
 
 
878 aa  116  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0342  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 
827 aa  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  50 
 
 
554 aa  100  6e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  52.22 
 
 
884 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.14 
 
 
475 aa  98.6  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.94 
 
 
1499 aa  97.8  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.52 
 
 
626 aa  97.4  4e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.207218  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  29.8 
 
 
858 aa  97.1  5e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.19 
 
 
694 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.24 
 
 
681 aa  95.5  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  41.88 
 
 
604 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.16 
 
 
840 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.65 
 
 
758 aa  94  4e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.86 
 
 
498 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  27.04 
 
 
523 aa  94.4  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.86 
 
 
498 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  43.44 
 
 
814 aa  94  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  48.84 
 
 
808 aa  94  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.67 
 
 
902 aa  93.6  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.95 
 
 
568 aa  94  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1055  diguanylate cyclase  50.57 
 
 
598 aa  93.6  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.67 
 
 
887 aa  93.6  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.61 
 
 
765 aa  93.6  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.96 
 
 
1158 aa  93.6  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.86 
 
 
312 aa  93.2  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  42.24 
 
 
892 aa  93.2  7e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  42.62 
 
 
735 aa  93.2  7e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  48.86 
 
 
462 aa  93.2  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.26 
 
 
883 aa  93.2  8e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  41.03 
 
 
735 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3334  diguanylate cyclase  35.23 
 
 
321 aa  92.8  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798372  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3743  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46 
 
 
722 aa  92.8  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.265049 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.73 
 
 
493 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.73 
 
 
488 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  45.92 
 
 
560 aa  92.8  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  42.99 
 
 
398 aa  92.8  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  48.91 
 
 
949 aa  92.4  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.62 
 
 
373 aa  92.8  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  51.76 
 
 
829 aa  92.8  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 
1508 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  41.38 
 
 
892 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  41.38 
 
 
892 aa  91.7  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  45.65 
 
 
1003 aa  92  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  42.24 
 
 
892 aa  92  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.04 
 
 
1508 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  51.14 
 
 
748 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  43.75 
 
 
368 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  45.19 
 
 
758 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2168  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.27 
 
 
831 aa  92  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.273298  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  48.86 
 
 
1141 aa  92  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.73 
 
 
480 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  41.38 
 
 
892 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 
1508 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0606  GGDEF family protein  43.48 
 
 
385 aa  91.7  2e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.369805  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.98 
 
 
571 aa  92  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 
1508 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.1 
 
 
892 aa  92  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.65 
 
 
1003 aa  92  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.87 
 
 
685 aa  91.3  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.98 
 
 
1118 aa  91.3  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.604832  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.73 
 
 
464 aa  91.3  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.2 
 
 
1052 aa  90.9  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3532  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.35 
 
 
744 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.543005 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.33 
 
 
789 aa  90.9  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.12 
 
 
1486 aa  90.5  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.73 
 
 
482 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  51.16 
 
 
862 aa  90.1  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4345  diguanylate cyclase  43.82 
 
 
613 aa  90.5  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.609147  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.59 
 
 
326 aa  90.1  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.59 
 
 
324 aa  90.1  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5036  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.39 
 
 
296 aa  90.1  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.65 
 
 
816 aa  89.7  7e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.419682 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 
642 aa  89.7  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  50.57 
 
 
873 aa  89.7  7e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.51 
 
 
971 aa  89.7  8e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.31 
 
 
681 aa  89.7  8e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.8 
 
 
1504 aa  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3822  diguanylate cyclase  40.95 
 
 
403 aa  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  35.8 
 
 
1515 aa  89.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.8 
 
 
1505 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0220  diguanylate cyclase  40.52 
 
 
495 aa  89  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  46.74 
 
 
1494 aa  89.4  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.13 
 
 
1059 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.730556  normal  0.0496906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>