More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0769 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0769  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 687 aa  1405    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  30.01 
 
 		 678 aa  265  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  29.62 
 
 		 680 aa  261  2e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  28.91 
 
 		 676 aa  261  3e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 715 aa  229  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  29.06 
 
 		 615 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  28.21 
 
 		 662 aa  214  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  26.55 
 
 		 642 aa  210  8e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 710 aa  184  5.0000000000000004e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0777  TonB-dependent receptor plug  25.19 
 
 		 645 aa  169  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  27.41 
 
 		 718 aa  159  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.5 
 
 		 667 aa  156  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0552  TonB-dependent receptor, plug  27.34 
 
 		 653 aa  121  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  36.08 
 
 		 670 aa  118  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 714 aa  110  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3661  hypothetical protein  39.58 
 
 		 702 aa  108  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43650  hypothetical protein  38.19 
 
 		 705 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00638923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 643 aa  105  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4209  TonB-dependent receptor  35.42 
 
 		 707 aa  100  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  35.76 
 
 		 679 aa  99.4  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3494  TonB-dependent receptor plug  34.68 
 
 		 715 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3742  TonB-dependent receptor plug  34.46 
 
 		 715 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1697  TonB-dependent receptor, plug  35.21 
 
 		 704 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4171  hypothetical protein  34.51 
 
 		 704 aa  93.2  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3416  TonB-dependent receptor plug  25.87 
 
 		 684 aa  90.9  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.717717  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  34.3 
 
 		 641 aa  87.8  6e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  22 
 
 		 893 aa  87.8  6e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  33.91 
 
 		 671 aa  87.4  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 		 705 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  33.91 
 
 		 699 aa  87  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5117  TonB-dependent receptor  22.88 
 
 		 801 aa  85.9  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.820743 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  23.31 
 
 		 650 aa  84.3  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1362  TonB-dependent receptor, plug  30.72 
 
 		 737 aa  84.3  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0352862  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  23.7 
 
 		 650 aa  84  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  23.7 
 
 		 650 aa  84  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  23.59 
 
 		 656 aa  83.2  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2576  TonB-dependent receptor  36 
 
 		 783 aa  83.6  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138902 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  31.75 
 
 		 697 aa  82.8  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  24.41 
 
 		 650 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  23.98 
 
 		 659 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  23.98 
 
 		 663 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1992  TonB-dependent receptor, plug  27.19 
 
 		 671 aa  82.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643758  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  23.98 
 
 		 663 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  23.98 
 
 		 663 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  23.98 
 
 		 663 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 688 aa  82.4  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  23.98 
 
 		 663 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  23.98 
 
 		 663 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  24.41 
 
 		 650 aa  81.6  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  24 
 
 		 641 aa  81.3  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2036  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 		 687 aa  81.3  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3845  TonB-dependent receptor plug  24.94 
 
 		 696 aa  81.3  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0924  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 795 aa  80.9  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  30.37 
 
 		 704 aa  80.5  0.00000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  33.33 
 
 		 652 aa  80.1  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  26.55 
 
 		 668 aa  79  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  34.29 
 
 		 638 aa  78.6  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3634  TonB-dependent receptor, plug  26.11 
 
 		 668 aa  78.2  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  35.33 
 
 		 1023 aa  78.2  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 657 aa  77.8  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 681 aa  77.8  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3243  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 785 aa  77.4  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.738407 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  29.13 
 
 		 618 aa  77.4  0.0000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  38.06 
 
 		 614 aa  77  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0993  TonB-dependent receptor plug  27.65 
 
 		 826 aa  77  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  37.5 
 
 		 634 aa  77  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  32.88 
 
 		 617 aa  75.9  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  24.12 
 
 		 673 aa  75.9  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  35.43 
 
 		 682 aa  76.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 613 aa  76.6  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  31.55 
 
 		 715 aa  75.5  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  22.75 
 
 		 739 aa  75.5  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  26.1 
 
 		 695 aa  75.1  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  21.79 
 
 		 640 aa  75.1  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  34.18 
 
 		 732 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  31.53 
 
 		 621 aa  74.7  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  38.13 
 
 		 681 aa  74.7  0.000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  36.6 
 
 		 656 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  36.97 
 
 		 646 aa  74.3  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 		 611 aa  73.6  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  29.9 
 
 		 713 aa  73.6  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 713 aa  73.6  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  21.1 
 
 		 680 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  33.57 
 
 		 747 aa  72.8  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 744 aa  72.8  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 751 aa  73.2  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  33.95 
 
 		 634 aa  72.4  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0123  TonB-dependent receptor plug  34.13 
 
 		 670 aa  72.4  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  31.61 
 
 		 659 aa  72  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  28.38 
 
 		 665 aa  72  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 653 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1229  TonB-dependent receptor plug  33.53 
 
 		 662 aa  72  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2900  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  28.95 
 
 		 686 aa  71.6  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.12655 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  28.36 
 
 		 653 aa  71.6  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 		 678 aa  71.2  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  32.76 
 
 		 616 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  32.22 
 
 		 710 aa  71.2  0.00000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1357  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25 
 
 		 696 aa  71.2  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0456407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0899  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25 
 
 		 696 aa  71.2  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  21.79 
 
 		 686 aa  70.9  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>