More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_4008 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 680 aa  1390    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  69.56 
 
 		 678 aa  995    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  38.86 
 
 		 676 aa  451  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  35.99 
 
 		 662 aa  371  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  34.38 
 
 		 715 aa  349  8e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  33.44 
 
 		 642 aa  330  8e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  32.04 
 
 		 615 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0777  TonB-dependent receptor plug  30.57 
 
 		 645 aa  275  3e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 		 710 aa  258  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0769  TonB-dependent receptor, plug  29.56 
 
 		 687 aa  258  3e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  27.25 
 
 		 667 aa  206  9e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  25.78 
 
 		 718 aa  184  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  26.17 
 
 		 670 aa  147  6e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 643 aa  140  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  25.62 
 
 		 653 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  25.22 
 
 		 655 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 698 aa  123  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 698 aa  123  9e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 698 aa  123  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  24.89 
 
 		 665 aa  120  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 713 aa  118  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 649 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 653 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  23.95 
 
 		 663 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  25.26 
 
 		 673 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  23.43 
 
 		 695 aa  112  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 714 aa  112  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  24.27 
 
 		 666 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 702 aa  111  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  23.1 
 
 		 680 aa  111  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  23.9 
 
 		 666 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 635 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  24.05 
 
 		 666 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 679 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2036  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 687 aa  109  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  23.9 
 
 		 666 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  23.9 
 
 		 666 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1839  outer membrane receptor FepA  24.49 
 
 		 703 aa  107  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.228059  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 698 aa  106  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1450  outer membrane receptor FepA  25.3 
 
 		 740 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4209  TonB-dependent receptor  36.31 
 
 		 707 aa  105  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1992  TonB-dependent receptor, plug  25.08 
 
 		 671 aa  105  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43650  hypothetical protein  34.81 
 
 		 705 aa  104  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00638923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  23.51 
 
 		 640 aa  105  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 743 aa  104  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0552  TonB-dependent receptor, plug  24.73 
 
 		 653 aa  104  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  23.98 
 
 		 700 aa  103  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 613 aa  103  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 		 740 aa  102  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3661  hypothetical protein  35.03 
 
 		 702 aa  102  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  23.7 
 
 		 663 aa  102  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1659  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 714 aa  101  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000365717  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  24.33 
 
 		 652 aa  101  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  23.42 
 
 		 732 aa  101  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4171  hypothetical protein  35.03 
 
 		 704 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1697  TonB-dependent receptor, plug  34.81 
 
 		 704 aa  100  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 652 aa  100  9e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 671 aa  99.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3742  TonB-dependent receptor plug  34.25 
 
 		 715 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3494  TonB-dependent receptor plug  37.32 
 
 		 715 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 681 aa  99  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  22.49 
 
 		 739 aa  97.4  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  37.18 
 
 		 641 aa  97.1  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3416  TonB-dependent receptor plug  23.85 
 
 		 684 aa  96.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.717717  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 893 aa  96.3  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0123  TonB-dependent receptor plug  22.85 
 
 		 670 aa  94.7  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0182279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5030  TonB-dependent receptor  38.26 
 
 		 680 aa  94.7  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.602403  normal  0.598022 
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  31.6 
 
 		 652 aa  94  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  25.09 
 
 		 639 aa  93.6  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0993  TonB-dependent receptor plug  36.13 
 
 		 826 aa  93.2  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  23.58 
 
 		 675 aa  93.2  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  31.5 
 
 		 681 aa  92.8  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1261  ferric receptor CfrA  23.95 
 
 		 702 aa  92.4  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  22.19 
 
 		 661 aa  92.8  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  34.68 
 
 		 710 aa  92  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0469  iron-regulated outer membrane virulence protein, TonB receptor CfrA  23.4 
 
 		 698 aa  92  3e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.442515  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  21.56 
 
 		 649 aa  91.7  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0847  ferric receptor CfrA  24.08 
 
 		 696 aa  90.9  7e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  34.64 
 
 		 697 aa  90.5  9e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  35.67 
 
 		 704 aa  89.7  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  36.47 
 
 		 699 aa  89.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  32.16 
 
 		 671 aa  89.4  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  21.9 
 
 		 707 aa  89  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1195  outer membrane receptor FepA  22.6 
 
 		 749 aa  88.6  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0821218  normal  0.246562 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  21.12 
 
 		 662 aa  88.6  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 688 aa  88.2  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0795  thiamine monophosphate synthase  38.1 
 
 		 793 aa  88.2  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651448  normal  0.277241 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  21.82 
 
 		 688 aa  87.8  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  22.77 
 
 		 634 aa  87.8  6e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  21.24 
 
 		 649 aa  87.4  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  20.85 
 
 		 648 aa  87.4  8e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  20.96 
 
 		 680 aa  87.4  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  27.74 
 
 		 647 aa  87  9e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  25.05 
 
 		 760 aa  87  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2900  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  35.37 
 
 		 686 aa  86.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.12655 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 678 aa  86.3  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  22.16 
 
 		 661 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3002  TonB-dependent receptor plug  25.9 
 
 		 668 aa  85.9  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.957092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52230  outer membrane receptor FepA  22.62 
 
 		 742 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.267722 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  22.1 
 
 		 653 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>