More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2900 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2900  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  100 
 
 
686 aa  1415    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.12655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0510  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  33.24 
 
 
680 aa  341  2e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.382474  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 
705 aa  140  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5030  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 
680 aa  134  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.602403  normal  0.598022 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 
710 aa  130  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3790  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.21 
 
 
716 aa  127  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.11789  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3845  TonB-dependent receptor plug  26.37 
 
 
696 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 
737 aa  112  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  25.19 
 
 
639 aa  110  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  25.18 
 
 
634 aa  109  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  24.22 
 
 
638 aa  106  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  26.54 
 
 
641 aa  104  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 
715 aa  105  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 
634 aa  103  8e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  21.52 
 
 
647 aa  99.4  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  23.88 
 
 
695 aa  98.2  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  25.05 
 
 
650 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  25 
 
 
646 aa  96.7  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  25.05 
 
 
650 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  25.05 
 
 
650 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  25.05 
 
 
650 aa  96.3  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  34.81 
 
 
615 aa  94  8e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  26.03 
 
 
646 aa  93.2  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2640  4Fe-4S cluster binding  24.21 
 
 
675 aa  92.8  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.956592  normal  0.352688 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  24.64 
 
 
618 aa  90.9  8e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  23.34 
 
 
630 aa  89  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 
611 aa  87.8  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 
640 aa  87  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 
681 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  35.37 
 
 
680 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2213  TonB-dependent receptor plug  24.43 
 
 
621 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.604823  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  34.69 
 
 
678 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  32.95 
 
 
676 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  23.14 
 
 
659 aa  85.1  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  24.57 
 
 
628 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  35.03 
 
 
615 aa  85.1  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  24.24 
 
 
628 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.38 
 
 
614 aa  84.7  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  24.14 
 
 
627 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  24.39 
 
 
616 aa  84  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  36.47 
 
 
673 aa  83.2  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.95 
 
 
614 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
641 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.23 
 
 
1023 aa  81.6  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1229  TonB-dependent receptor plug  38.33 
 
 
662 aa  81.6  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  34.01 
 
 
642 aa  81.6  0.00000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  32.56 
 
 
662 aa  81.3  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 
710 aa  80.9  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  24.57 
 
 
617 aa  80.9  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  37.41 
 
 
637 aa  80.1  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  36.05 
 
 
671 aa  79.7  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  23.15 
 
 
692 aa  79  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  37.42 
 
 
699 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 
678 aa  79.7  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 
641 aa  79.7  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  23.22 
 
 
671 aa  78.6  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  35.9 
 
 
614 aa  78.6  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  22.22 
 
 
611 aa  79  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  31.85 
 
 
614 aa  78.2  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.72 
 
 
623 aa  78.6  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.85 
 
 
614 aa  78.2  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 
627 aa  78.6  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.85 
 
 
614 aa  78.2  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  24.17 
 
 
617 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  35.37 
 
 
652 aa  78.2  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  24.23 
 
 
663 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.85 
 
 
614 aa  78.2  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0028  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 
641 aa  77.8  0.0000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  33.87 
 
 
614 aa  77.8  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1594  TonB-dependent receptor, plug  30.1 
 
 
348 aa  77.4  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  22.86 
 
 
629 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1928  TonB-dependent receptor  33.08 
 
 
676 aa  76.6  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00435524  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.75 
 
 
666 aa  77  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  36.84 
 
 
732 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  23.55 
 
 
663 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.97 
 
 
615 aa  76.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  23.88 
 
 
622 aa  75.9  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  28.09 
 
 
718 aa  75.9  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  41.33 
 
 
612 aa  75.5  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  22.55 
 
 
655 aa  75.1  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1486  TonB-dependent receptor, plug  36.43 
 
 
677 aa  75.1  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243313  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 
602 aa  75.1  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  24.57 
 
 
666 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  24.57 
 
 
666 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  24.57 
 
 
666 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  24.57 
 
 
666 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  23.25 
 
 
623 aa  74.7  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 
643 aa  74.7  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  36.5 
 
 
709 aa  74.3  0.000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  36.69 
 
 
742 aa  74.3  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  31.31 
 
 
747 aa  74.3  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.7 
 
 
859 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.1 
 
 
614 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.1 
 
 
614 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 
688 aa  73.6  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.1 
 
 
614 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  23.15 
 
 
685 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  33.1 
 
 
614 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  35.94 
 
 
631 aa  73.6  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  23.15 
 
 
685 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>