272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2640 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2640  4Fe-4S cluster binding  100 
 
 		 675 aa  1391    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.956592  normal  0.352688 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 710 aa  108  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2900  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.21 
 
 		 686 aa  92.4  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.12655 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 705 aa  90.5  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  22.36 
 
 		 649 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 		 681 aa  80.5  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  22.44 
 
 		 663 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  21.76 
 
 		 649 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  33.51 
 
 		 652 aa  74.7  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  23 
 
 		 641 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  22.85 
 
 		 659 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  21.71 
 
 		 662 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  21.57 
 
 		 666 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5030  TonB-dependent receptor  34.53 
 
 		 680 aa  72  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.602403  normal  0.598022 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  22.78 
 
 		 663 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  22.78 
 
 		 663 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  21.55 
 
 		 680 aa  72  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  22.78 
 
 		 663 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  22.78 
 
 		 663 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  22.64 
 
 		 640 aa  71.2  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  21.55 
 
 		 662 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  22.85 
 
 		 634 aa  71.6  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  21.59 
 
 		 653 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  22.39 
 
 		 663 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  22.58 
 
 		 663 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  22.58 
 
 		 663 aa  70.5  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  21.24 
 
 		 662 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  23.2 
 
 		 650 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  21.21 
 
 		 649 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  23 
 
 		 650 aa  68.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  23 
 
 		 650 aa  68.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  23 
 
 		 650 aa  68.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  23 
 
 		 650 aa  68.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  21.03 
 
 		 661 aa  66.6  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5052  TonB-dependent receptor  22.17 
 
 		 726 aa  65.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0923716  normal  0.422268 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0510  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  31.97 
 
 		 680 aa  64.7  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.382474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 671 aa  64.3  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  30.27 
 
 		 728 aa  64.3  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 699 aa  63.9  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  22.06 
 
 		 633 aa  63.9  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  21.4 
 
 		 656 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  22.97 
 
 		 656 aa  62.8  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 649 aa  62.4  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3634  TonB-dependent receptor, plug  21.15 
 
 		 668 aa  62.4  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0385  TonB-dependent receptor, plug  24.01 
 
 		 713 aa  61.2  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1229  TonB-dependent receptor plug  27.51 
 
 		 662 aa  60.8  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1383  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 702 aa  60.5  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00790883  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 697 aa  60.1  0.0000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  29.86 
 
 		 673 aa  59.7  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4088  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 650 aa  59.3  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  23.2 
 
 		 639 aa  58.9  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3790  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  27.18 
 
 		 716 aa  58.9  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.11789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  35.54 
 
 		 611 aa  57.8  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  31.47 
 
 		 859 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  30.95 
 
 		 628 aa  57.4  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  23.06 
 
 		 704 aa  57.4  0.0000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1594  TonB-dependent receptor, plug  29.55 
 
 		 348 aa  57  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  26.42 
 
 		 861 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0901  TonB-dependent receptor  21.68 
 
 		 735 aa  56.2  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3850  TonB-dependent receptor  20.37 
 
 		 671 aa  56.2  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.302325  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  23.86 
 
 		 666 aa  55.5  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 624 aa  55.8  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  24.75 
 
 		 702 aa  55.5  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  24.75 
 
 		 702 aa  55.5  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  23.86 
 
 		 666 aa  55.1  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0993  TonB-dependent receptor plug  26.96 
 
 		 826 aa  55.5  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  22.12 
 
 		 652 aa  55.1  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  23.86 
 
 		 666 aa  55.1  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  23.86 
 
 		 666 aa  55.5  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  29.93 
 
 		 653 aa  54.7  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2952  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 645 aa  54.3  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.771516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  32.96 
 
 		 677 aa  54.3  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 759 aa  54.3  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.14 
 
 		 631 aa  54.3  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1473  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 669 aa  53.9  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220648 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2789  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 675 aa  53.9  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.14 
 
 		 631 aa  53.9  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1362  TonB-dependent receptor, plug  30.43 
 
 		 737 aa  53.5  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0352862  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0645  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.17 
 
 		 750 aa  52.8  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0446508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  21.1 
 
 		 636 aa  53.1  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.69 
 
 		 631 aa  53.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4368  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 799 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1088  TonB-dependent receptor  22.73 
 
 		 679 aa  53.1  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2213  TonB-dependent receptor plug  27.96 
 
 		 621 aa  52.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.604823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4967  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 698 aa  52  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.655024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  22.14 
 
 		 715 aa  52.4  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  21.43 
 
 		 678 aa  52.4  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  28.21 
 
 		 659 aa  52  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3640  TonB-dependent siderophore receptor  24.5 
 
 		 708 aa  52  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168279  normal  0.0985281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  30.21 
 
 		 767 aa  52  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 670 aa  51.6  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  30.37 
 
 		 707 aa  52  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3845  TonB-dependent receptor plug  28.03 
 
 		 696 aa  51.6  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 742 aa  51.6  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  21.34 
 
 		 713 aa  52  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 698 aa  51.6  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 698 aa  51.6  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  31.85 
 
 		 680 aa  51.6  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 698 aa  51.6  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4161  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 799 aa  51.2  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>