More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01896 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  100 
 
 		 652 aa  1317    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  74.41 
 
 		 671 aa  987    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  74.41 
 
 		 699 aa  988    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5030  TonB-dependent receptor  50.24 
 
 		 680 aa  618  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.602403  normal  0.598022 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  40.99 
 
 		 681 aa  455  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  40.31 
 
 		 673 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2952  TonB-dependent receptor  37.13 
 
 		 645 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.771516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3845  TonB-dependent receptor plug  36.91 
 
 		 696 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1229  TonB-dependent receptor plug  37.62 
 
 		 662 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3850  TonB-dependent receptor  38.86 
 
 		 671 aa  362  2e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.302325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2789  TonB-dependent receptor  33.28 
 
 		 675 aa  328  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1383  TonB-dependent receptor  33.18 
 
 		 702 aa  324  3e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00790883  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 705 aa  148  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  27.11 
 
 		 633 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 613 aa  126  1e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  26.91 
 
 		 634 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.48 
 
 		 623 aa  112  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  24.67 
 
 		 662 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  24.61 
 
 		 638 aa  108  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0993  TonB-dependent receptor plug  38.2 
 
 		 826 aa  109  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  24.78 
 
 		 639 aa  108  5e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.62 
 
 		 614 aa  107  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.62 
 
 		 614 aa  107  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.73 
 
 		 615 aa  107  8e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.5 
 
 		 614 aa  106  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 709 aa  106  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.46 
 
 		 614 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.46 
 
 		 614 aa  105  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.46 
 
 		 614 aa  105  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  24.32 
 
 		 652 aa  104  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0385  TonB-dependent receptor, plug  25.67 
 
 		 713 aa  103  7e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 715 aa  103  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  25.43 
 
 		 673 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 698 aa  101  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 697 aa  100  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.29 
 
 		 615 aa  100  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  25.6 
 
 		 620 aa  100  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 614 aa  99.8  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 613 aa  100  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  21.53 
 
 		 697 aa  99.4  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3634  TonB-dependent receptor, plug  24.74 
 
 		 668 aa  99.8  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 611 aa  97.8  5e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  26.13 
 
 		 628 aa  97.8  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  24.85 
 
 		 656 aa  98.2  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  24.96 
 
 		 640 aa  97.8  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 710 aa  97.8  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.13 
 
 		 631 aa  97.4  7e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  25.15 
 
 		 676 aa  96.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  25.58 
 
 		 661 aa  96.3  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  26.55 
 
 		 617 aa  96.3  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.7 
 
 		 614 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 658 aa  95.9  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.56 
 
 		 614 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.56 
 
 		 614 aa  95.1  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  36.09 
 
 		 718 aa  95.5  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.56 
 
 		 614 aa  95.1  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.56 
 
 		 614 aa  95.1  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  25.49 
 
 		 678 aa  94.7  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  24.12 
 
 		 676 aa  94  8e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  31.6 
 
 		 680 aa  94  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 621 aa  93.2  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  36.02 
 
 		 670 aa  93.2  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 649 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 643 aa  92.8  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 662 aa  92  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 740 aa  92  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  24.19 
 
 		 627 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 662 aa  91.3  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  35.12 
 
 		 710 aa  91.3  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.46 
 
 		 688 aa  90.9  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 678 aa  90.5  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  23.59 
 
 		 613 aa  89.7  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 662 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 593 aa  89.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 692 aa  89  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  20.73 
 
 		 704 aa  88.6  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 743 aa  89  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2036  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 687 aa  89  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 661 aa  89  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 714 aa  88.2  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 680 aa  88.6  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  25.37 
 
 		 614 aa  87.8  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 653 aa  87.8  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 652 aa  87.4  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 649 aa  87.4  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  31.19 
 
 		 642 aa  87.4  7e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  24.48 
 
 		 659 aa  87  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  36.36 
 
 		 618 aa  86.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 627 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  25.63 
 
 		 695 aa  86.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  26.79 
 
 		 646 aa  85.9  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 680 aa  85.9  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 699 aa  85.9  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 801 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2030  TonB-dependent receptor, plug  24.19 
 
 		 668 aa  86.3  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 653 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  23.22 
 
 		 663 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  23.37 
 
 		 647 aa  85.1  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  31.15 
 
 		 615 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 634 aa  84.7  0.000000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>