More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2036 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2036  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 687 aa  1388    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0552  TonB-dependent receptor, plug  33.9 
 
 		 653 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  33.62 
 
 		 714 aa  311  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  31.94 
 
 		 679 aa  290  8e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  33.23 
 
 		 670 aa  272  1e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  33.71 
 
 		 643 aa  259  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3416  TonB-dependent receptor plug  29.6 
 
 		 684 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.717717  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0104  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 		 678 aa  220  6e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.479806  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3494  TonB-dependent receptor plug  30.42 
 
 		 715 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4209  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 707 aa  208  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3661  hypothetical protein  30 
 
 		 702 aa  203  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.809054  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43650  hypothetical protein  29.97 
 
 		 705 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00638923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1362  TonB-dependent receptor, plug  28.42 
 
 		 737 aa  163  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0352862  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4171  hypothetical protein  46.99 
 
 		 704 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3742  TonB-dependent receptor plug  45.9 
 
 		 715 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1697  TonB-dependent receptor, plug  46.7 
 
 		 704 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3002  TonB-dependent receptor plug  24.53 
 
 		 668 aa  147  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.957092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  26.12 
 
 		 676 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  37.71 
 
 		 642 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  37.43 
 
 		 710 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  26.65 
 
 		 680 aa  109  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  26.89 
 
 		 615 aa  107  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  41.67 
 
 		 678 aa  106  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  27.15 
 
 		 641 aa  104  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  26.63 
 
 		 662 aa  102  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 699 aa  96.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 671 aa  96.3  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  24.74 
 
 		 665 aa  95.5  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05847  hypothetical protein  32.99 
 
 		 718 aa  93.2  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  25.94 
 
 		 655 aa  92.8  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  23.9 
 
 		 659 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  23.9 
 
 		 663 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  23.9 
 
 		 663 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  23.69 
 
 		 663 aa  89  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  23.69 
 
 		 663 aa  89  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  23.69 
 
 		 663 aa  89  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  27.39 
 
 		 652 aa  89  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  25.9 
 
 		 665 aa  86.7  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  25.9 
 
 		 665 aa  87  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  23.48 
 
 		 663 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  25.9 
 
 		 665 aa  86.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 705 aa  87  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  34.72 
 
 		 615 aa  85.9  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  23.48 
 
 		 641 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  24.08 
 
 		 656 aa  85.1  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.6 
 
 		 695 aa  84.3  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1648  ferric receptor CfrA  23.41 
 
 		 696 aa  83.6  0.00000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1522  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 681 aa  83.2  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  25.08 
 
 		 666 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  24.65 
 
 		 653 aa  82.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  25.16 
 
 		 663 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  32.55 
 
 		 613 aa  82.4  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2952  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 645 aa  82.4  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.771516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5030  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 680 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.602403  normal  0.598022 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 715 aa  81.6  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3815  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 658 aa  81.6  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  24.16 
 
 		 680 aa  81.6  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0769  TonB-dependent receptor, plug  32.17 
 
 		 687 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2789  TonB-dependent receptor  34.41 
 
 		 675 aa  80.1  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3845  TonB-dependent receptor plug  25.11 
 
 		 696 aa  80.5  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  24.74 
 
 		 663 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  31.11 
 
 		 681 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  25.24 
 
 		 732 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  35.59 
 
 		 637 aa  78.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  36.3 
 
 		 667 aa  77.8  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  31.4 
 
 		 720 aa  77.4  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  32.97 
 
 		 659 aa  76.6  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 710 aa  77  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  30.92 
 
 		 717 aa  77  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  35.19 
 
 		 1128 aa  76.6  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  40.44 
 
 		 891 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0777  TonB-dependent receptor plug  35.29 
 
 		 645 aa  75.9  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  33.33 
 
 		 617 aa  76.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3634  TonB-dependent receptor, plug  32.24 
 
 		 668 aa  75.5  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  33.15 
 
 		 593 aa  75.1  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  22.58 
 
 		 650 aa  75.1  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  22.58 
 
 		 650 aa  75.1  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 614 aa  74.7  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  22.58 
 
 		 650 aa  74.7  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  38.46 
 
 		 884 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  22.58 
 
 		 650 aa  74.3  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  22.37 
 
 		 650 aa  73.9  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 883 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 883 aa  73.9  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2576  TonB-dependent receptor  34.67 
 
 		 783 aa  73.2  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138902 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3790  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  23.6 
 
 		 716 aa  73.2  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.11789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 883 aa  73.9  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  24.96 
 
 		 666 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 		 723 aa  72.8  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 670 aa  72.4  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  34.44 
 
 		 616 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  24.96 
 
 		 666 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 626 aa  72  0.00000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 626 aa  71.6  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  27.78 
 
 		 618 aa  71.6  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  30.18 
 
 		 650 aa  71.6  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  23.29 
 
 		 652 aa  71.6  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 713 aa  71.6  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  30.32 
 
 		 614 aa  70.9  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  30.49 
 
 		 661 aa  70.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>