More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1266 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  100 
 
 		 673 aa  1356    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3845  TonB-dependent receptor plug  46.58 
 
 		 696 aa  569  1e-161  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  40.31 
 
 		 652 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  38.71 
 
 		 671 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  38.4 
 
 		 699 aa  398  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5030  TonB-dependent receptor  38.84 
 
 		 680 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.602403  normal  0.598022 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  35.16 
 
 		 681 aa  332  9e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2789  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 675 aa  301  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2952  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 645 aa  299  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.771516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3850  TonB-dependent receptor  32.88 
 
 		 671 aa  298  2e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.302325  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1383  TonB-dependent receptor  32.81 
 
 		 702 aa  283  1e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00790883  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1229  TonB-dependent receptor plug  33.94 
 
 		 662 aa  272  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 705 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  24.09 
 
 		 666 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  24.09 
 
 		 666 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  24.53 
 
 		 666 aa  127  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  24.31 
 
 		 666 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  24.35 
 
 		 663 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  23.95 
 
 		 666 aa  127  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  24.63 
 
 		 663 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  24.62 
 
 		 641 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4010  TonB-dependent receptor, plug  26.61 
 
 		 678 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481444  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4008  TonB-dependent receptor, plug  25.15 
 
 		 680 aa  114  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 743 aa  108  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 661 aa  107  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 662 aa  107  8e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  39.58 
 
 		 715 aa  106  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 680 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  26.96 
 
 		 680 aa  106  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  24.17 
 
 		 650 aa  106  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  24.17 
 
 		 650 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  24.17 
 
 		 650 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  24.17 
 
 		 650 aa  105  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 653 aa  105  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1357  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.22 
 
 		 696 aa  105  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0456407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0899  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  25.23 
 
 		 696 aa  104  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 662 aa  104  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  24.12 
 
 		 650 aa  103  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  28.07 
 
 		 676 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 662 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  25 
 
 		 653 aa  101  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  25.61 
 
 		 700 aa  101  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 698 aa  101  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 649 aa  101  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 649 aa  100  6e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0666  TonB-dependent receptor, plug  36 
 
 		 615 aa  100  9e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  24.36 
 
 		 659 aa  100  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  24.05 
 
 		 663 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  24.05 
 
 		 663 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  24.05 
 
 		 663 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  24.05 
 
 		 663 aa  98.2  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  24.05 
 
 		 663 aa  97.8  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  24.05 
 
 		 663 aa  97.8  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  24.59 
 
 		 652 aa  97.4  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 710 aa  97.4  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  23.06 
 
 		 641 aa  97.1  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1669  TonB-dependent receptor, plug  34.69 
 
 		 676 aa  96.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.164954  normal  0.124245 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 634 aa  97.1  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  22.76 
 
 		 656 aa  97.1  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5070  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.64 
 
 		 762 aa  95.5  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565094  normal  0.157746 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  26.52 
 
 		 739 aa  93.6  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 613 aa  90.5  8e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 710 aa  89.7  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  33.33 
 
 		 642 aa  89  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 613 aa  88.6  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1691  TonB-dependent receptor, plug  27.74 
 
 		 732 aa  88.2  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524758  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0993  TonB-dependent receptor plug  32.73 
 
 		 826 aa  87.8  6e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2751  TonB-dependent receptor plug  22.36 
 
 		 722 aa  87.8  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.930878  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 611 aa  87.8  7e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  27.45 
 
 		 639 aa  87.4  8e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 740 aa  87  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3634  TonB-dependent receptor, plug  36.71 
 
 		 668 aa  86.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.36 
 
 		 615 aa  85.9  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 649 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2576  TonB-dependent receptor  38.03 
 
 		 783 aa  85.5  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138902 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.72 
 
 		 696 aa  84  0.000000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  24.37 
 
 		 646 aa  83.2  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2900  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  36 
 
 		 686 aa  83.2  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.12655 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.49 
 
 		 695 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2686  TonB-dependent receptor plug  30.6 
 
 		 650 aa  82.4  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.262602  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0132  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 679 aa  82.4  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.691558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.11 
 
 		 653 aa  82.4  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  23.99 
 
 		 627 aa  82.4  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1518  TonB-dependent receptor plug  22.34 
 
 		 727 aa  82  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3833  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25.8 
 
 		 667 aa  81.6  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.25 
 
 		 681 aa  81.6  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  26.03 
 
 		 634 aa  81.3  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2461  TonB-dependent receptor, plug  29.95 
 
 		 662 aa  81.3  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.160214  normal  0.0971358 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01120  iron-regulated outer membrane virulence protein  21.81 
 
 		 572 aa  81.3  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  34.27 
 
 		 697 aa  80.9  0.00000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24 
 
 		 696 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0028  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 641 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 681 aa  80.1  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  25.05 
 
 		 614 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  33.57 
 
 		 704 aa  79  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1099  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 643 aa  79.7  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.05 
 
 		 614 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.05 
 
 		 614 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0439  hypothetical protein  33.57 
 
 		 670 aa  78.6  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.447441 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.05 
 
 		 614 aa  78.6  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>