More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0137 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 437 aa  850    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  55.74 
 
 		 419 aa  363  5.0000000000000005e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2845  tRNA modification GTPase TrmE  55.56 
 
 		 440 aa  349  6e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598385 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  51.69 
 
 		 437 aa  345  8e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  48.64 
 
 		 431 aa  334  2e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  45.31 
 
 		 451 aa  324  2e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  49.44 
 
 		 434 aa  318  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  46.21 
 
 		 445 aa  315  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  48.45 
 
 		 444 aa  307  3e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  48.89 
 
 		 441 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  42.25 
 
 		 448 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  48.31 
 
 		 444 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  41.78 
 
 		 442 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  41.78 
 
 		 442 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  42.06 
 
 		 456 aa  296  7e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  47.68 
 
 		 444 aa  295  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  41.23 
 
 		 442 aa  294  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  41.78 
 
 		 441 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  43.3 
 
 		 449 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 436 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  45.09 
 
 		 438 aa  284  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  41.67 
 
 		 440 aa  280  3e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  42.17 
 
 		 457 aa  278  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  42.41 
 
 		 442 aa  278  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  40.95 
 
 		 462 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  41.07 
 
 		 429 aa  274  3e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 460 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  43.75 
 
 		 447 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  42 
 
 		 428 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  41.33 
 
 		 428 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  43.47 
 
 		 435 aa  265  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 437 aa  264  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  43.16 
 
 		 455 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  41.85 
 
 		 438 aa  262  8.999999999999999e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  45.11 
 
 		 433 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  41.56 
 
 		 428 aa  259  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  37.33 
 
 		 435 aa  258  2e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  42.37 
 
 		 419 aa  253  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  39.21 
 
 		 437 aa  249  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 454 aa  243  5e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  36.89 
 
 		 454 aa  243  6e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 454 aa  243  6e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  36.89 
 
 		 454 aa  243  6e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 454 aa  243  7e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 454 aa  243  7e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 454 aa  243  7e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 454 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 		 454 aa  242  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  37.02 
 
 		 454 aa  240  4e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  36.67 
 
 		 454 aa  240  5e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  36.91 
 
 		 454 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  36.91 
 
 		 467 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  36.91 
 
 		 467 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  36.91 
 
 		 454 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  36.91 
 
 		 467 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  37.02 
 
 		 454 aa  238  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  36.38 
 
 		 454 aa  238  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  39.52 
 
 		 446 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  35.84 
 
 		 454 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  36.75 
 
 		 428 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  35.84 
 
 		 454 aa  234  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  35.62 
 
 		 454 aa  232  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  39.83 
 
 		 444 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  35.53 
 
 		 454 aa  229  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  37.78 
 
 		 426 aa  228  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  34.05 
 
 		 455 aa  228  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  36.32 
 
 		 453 aa  228  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56161  predicted protein  33.54 
 
 		 478 aa  226  6e-58  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  32.68 
 
 		 441 aa  224  2e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  33.4 
 
 		 464 aa  224  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  32.9 
 
 		 453 aa  223  7e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  34.18 
 
 		 453 aa  222  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  32.97 
 
 		 453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  32.98 
 
 		 455 aa  220  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  33.62 
 
 		 453 aa  220  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  32.69 
 
 		 453 aa  219  6e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  33.62 
 
 		 453 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  36.58 
 
 		 448 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  32.9 
 
 		 453 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  32.35 
 
 		 453 aa  219  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  32.9 
 
 		 457 aa  218  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  36.31 
 
 		 471 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  33.19 
 
 		 439 aa  218  2e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  31.69 
 
 		 458 aa  218  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  32.98 
 
 		 453 aa  218  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  34.05 
 
 		 452 aa  218  2e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  30.39 
 
 		 447 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  34.39 
 
 		 460 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  35.82 
 
 		 486 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02071  tRNA modification GTPase TrmE  31.82 
 
 		 455 aa  216  8e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.828373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  33.33 
 
 		 466 aa  216  8e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0137  tRNA modification GTPase TrmE  31.02 
 
 		 457 aa  216  9e-55  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.210433  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  35.48 
 
 		 458 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  32.35 
 
 		 453 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  35.27 
 
 		 459 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  36.13 
 
 		 456 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  32.63 
 
 		 453 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  35.11 
 
 		 454 aa  214  2.9999999999999995e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  36.79 
 
 		 482 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  36.84 
 
 		 481 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>