More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5298 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  73.63 
 
 		 467 aa  660    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 471 aa  925    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  73.21 
 
 		 486 aa  663    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  72.82 
 
 		 482 aa  678    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  71.28 
 
 		 469 aa  649    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  69.23 
 
 		 478 aa  637    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  75.58 
 
 		 473 aa  671    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  69.25 
 
 		 478 aa  627  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5011  tRNA modification GTPase TrmE  68.3 
 
 		 490 aa  602  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.323736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3824  tRNA modification GTPase TrmE  68 
 
 		 480 aa  578  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  63.28 
 
 		 464 aa  566  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000246642 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  63.9 
 
 		 464 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  63.9 
 
 		 464 aa  565  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  63.69 
 
 		 464 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6518  tRNA modification GTPase TrmE  62.86 
 
 		 464 aa  559  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3213  tRNA modification GTPase TrmE  62.86 
 
 		 489 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3097  tRNA modification GTPase TrmE  62.66 
 
 		 464 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151562  normal  0.0117151 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4384  tRNA modification GTPase TrmE  65.29 
 
 		 479 aa  550  1e-155  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000178893 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4469  tRNA modification GTPase TrmE  60.58 
 
 		 464 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  61 
 
 		 464 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  60.33 
 
 		 466 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000134747 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2243  tRNA modification GTPase TrmE  62.47 
 
 		 488 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3395  tRNA modification GTPase TrmE  62.47 
 
 		 467 aa  536  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.408647  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3547  tRNA modification GTPase TrmE  62.47 
 
 		 488 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0096  tRNA modification GTPase TrmE  62.47 
 
 		 467 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2842  tRNA modification GTPase TrmE  62.47 
 
 		 488 aa  537  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00155334  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0111  tRNA modification GTPase TrmE  62.47 
 
 		 467 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3233  tRNA modification GTPase TrmE  61.86 
 
 		 467 aa  534  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  61.62 
 
 		 481 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0307  tRNA modification GTPase TrmE  62.27 
 
 		 467 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  58.25 
 
 		 475 aa  511  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  62.45 
 
 		 481 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  62.37 
 
 		 481 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3456  tRNA modification GTPase TrmE  59.38 
 
 		 475 aa  501  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  58.17 
 
 		 454 aa  483  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  57.2 
 
 		 454 aa  478  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  57.2 
 
 		 454 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  57.2 
 
 		 454 aa  478  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  57.11 
 
 		 448 aa  473  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  56.63 
 
 		 454 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  56.63 
 
 		 454 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  56.63 
 
 		 454 aa  469  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  56.63 
 
 		 454 aa  468  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  56.42 
 
 		 454 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  56.42 
 
 		 454 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  56.09 
 
 		 454 aa  466  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  55.74 
 
 		 454 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  56.42 
 
 		 454 aa  468  9.999999999999999e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  56.42 
 
 		 454 aa  466  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  56.42 
 
 		 454 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  55.53 
 
 		 454 aa  464  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  55.86 
 
 		 454 aa  463  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  55.98 
 
 		 453 aa  464  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  53.83 
 
 		 464 aa  461  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  54.83 
 
 		 467 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  53.15 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  54.83 
 
 		 454 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  54.83 
 
 		 454 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  54.83 
 
 		 467 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  52.02 
 
 		 453 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  54.83 
 
 		 467 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  52.87 
 
 		 455 aa  456  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  52.02 
 
 		 453 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  52.02 
 
 		 453 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  51.27 
 
 		 457 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  51.49 
 
 		 453 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  52.98 
 
 		 460 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  52.34 
 
 		 452 aa  453  1.0000000000000001e-126  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  52.52 
 
 		 453 aa  453  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  51.17 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  50.85 
 
 		 453 aa  449  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  52.83 
 
 		 462 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  50.96 
 
 		 453 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  52.23 
 
 		 453 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2084  tRNA modification GTPase TrmE  51.27 
 
 		 457 aa  445  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.103263  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  51.91 
 
 		 453 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  51.8 
 
 		 453 aa  445  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  50.96 
 
 		 453 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  51.67 
 
 		 456 aa  444  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  50.96 
 
 		 453 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  51.06 
 
 		 453 aa  442  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  50.63 
 
 		 479 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  52.83 
 
 		 475 aa  439  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  50.64 
 
 		 466 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  54.91 
 
 		 448 aa  439  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  54.87 
 
 		 455 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  52.55 
 
 		 446 aa  436  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  54.68 
 
 		 455 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2824  tRNA modification GTPase TrmE  56.99 
 
 		 446 aa  427  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  51.68 
 
 		 456 aa  427  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  50.85 
 
 		 452 aa  424  1e-117  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1783  tRNA modification GTPase TrmE  49.04 
 
 		 454 aa  423  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.028326  normal  0.377376 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  51.98 
 
 		 458 aa  422  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  50.85 
 
 		 473 aa  423  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  49.15 
 
 		 459 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  52.01 
 
 		 452 aa  421  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  49.16 
 
 		 455 aa  419  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  53.76 
 
 		 455 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  47.79 
 
 		 446 aa  415  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  52.64 
 
 		 456 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>