More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4073 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  99.56 
 
 
454 aa  904    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  99.78 
 
 
454 aa  905    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  99.34 
 
 
454 aa  902    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  88.99 
 
 
454 aa  818    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  95.15 
 
 
454 aa  871    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  95.15 
 
 
467 aa  872    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  89.21 
 
 
454 aa  819    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  95.15 
 
 
467 aa  872    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  99.78 
 
 
454 aa  905    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  74.06 
 
 
457 aa  687    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  88.55 
 
 
454 aa  816    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  73.39 
 
 
453 aa  687    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  88.77 
 
 
454 aa  815    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  94.49 
 
 
454 aa  863    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  99.56 
 
 
454 aa  904    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  72.73 
 
 
453 aa  675    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  72.28 
 
 
453 aa  678    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 
454 aa  908    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  73.17 
 
 
453 aa  684    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  75.17 
 
 
464 aa  694    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  72.95 
 
 
453 aa  685    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  72.73 
 
 
453 aa  675    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  89.65 
 
 
454 aa  828    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  72.51 
 
 
479 aa  674    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  99.78 
 
 
454 aa  905    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  76.94 
 
 
453 aa  711    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  87.89 
 
 
454 aa  811    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  74.72 
 
 
453 aa  694    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  72.73 
 
 
453 aa  675    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  75.83 
 
 
453 aa  704    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  73.84 
 
 
466 aa  678    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  89.43 
 
 
453 aa  801    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  76.72 
 
 
455 aa  711    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  69.33 
 
 
455 aa  648    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  70.8 
 
 
460 aa  649    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  88.99 
 
 
454 aa  818    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  95.15 
 
 
467 aa  872    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  73.56 
 
 
452 aa  667    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  74.06 
 
 
453 aa  689    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  74.06 
 
 
453 aa  690    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  72.95 
 
 
453 aa  677    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  99.56 
 
 
454 aa  904    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  73.61 
 
 
453 aa  682    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  99.56 
 
 
454 aa  905    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 
453 aa  691    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  95.15 
 
 
454 aa  871    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  67.91 
 
 
462 aa  632  1e-180  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  67.55 
 
 
459 aa  621  1e-176  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  67.33 
 
 
456 aa  617  1e-175  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  68.07 
 
 
458 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  66.15 
 
 
456 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  65.05 
 
 
471 aa  595  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  66.59 
 
 
456 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  67.26 
 
 
455 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  65.93 
 
 
456 aa  590  1e-167  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  66.15 
 
 
456 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  65.63 
 
 
455 aa  588  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  65.93 
 
 
456 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  66.45 
 
 
456 aa  585  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  66.3 
 
 
455 aa  584  1e-166  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  65.93 
 
 
456 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  67.42 
 
 
455 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  65.71 
 
 
456 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  65.2 
 
 
475 aa  581  1e-164  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  57.27 
 
 
452 aa  524  1e-147  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  57.27 
 
 
473 aa  523  1e-147  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0137  tRNA modification GTPase TrmE  57.3 
 
 
457 aa  520  1e-146  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.210433  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  59.87 
 
 
446 aa  515  1.0000000000000001e-145  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  59.87 
 
 
446 aa  513  1e-144  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  59.16 
 
 
446 aa  486  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  57.86 
 
 
482 aa  487  1e-136  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  56.86 
 
 
448 aa  482  1e-135  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  56.09 
 
 
478 aa  479  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  57.7 
 
 
486 aa  479  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  55.97 
 
 
458 aa  476  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  57.78 
 
 
473 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  57.14 
 
 
467 aa  474  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  54.55 
 
 
478 aa  465  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  55.56 
 
 
446 aa  463  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  54.26 
 
 
464 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000246642 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  55.01 
 
 
469 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  54.68 
 
 
464 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  54.68 
 
 
464 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  54.39 
 
 
466 aa  455  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000134747 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  56.38 
 
 
471 aa  456  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  54.68 
 
 
464 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  55.97 
 
 
481 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3456  tRNA modification GTPase TrmE  55.88 
 
 
475 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  56.14 
 
 
481 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6518  tRNA modification GTPase TrmE  54.04 
 
 
464 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  54.19 
 
 
464 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4469  tRNA modification GTPase TrmE  54.78 
 
 
464 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  54.76 
 
 
475 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3097  tRNA modification GTPase TrmE  54.26 
 
 
464 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151562  normal  0.0117151 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3213  tRNA modification GTPase TrmE  54.26 
 
 
489 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  55.7 
 
 
481 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  56.1 
 
 
444 aa  449  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  54.85 
 
 
448 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0096  tRNA modification GTPase TrmE  53.38 
 
 
467 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3395  tRNA modification GTPase TrmE  53.38 
 
 
467 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.408647  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>