More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3205 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 440 aa  875    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  58.68 
 
 		 437 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  57.5 
 
 		 437 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  52.94 
 
 		 436 aa  442  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  52.36 
 
 		 442 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  51.69 
 
 		 442 aa  420  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  54.42 
 
 		 442 aa  419  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  51.69 
 
 		 442 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  47.86 
 
 		 435 aa  380  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  48.53 
 
 		 445 aa  344  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  44.62 
 
 		 456 aa  344  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  47.87 
 
 		 431 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  45.75 
 
 		 462 aa  340  4e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  46.1 
 
 		 448 aa  330  4e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  45.02 
 
 		 435 aa  326  4.0000000000000003e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  45.99 
 
 		 460 aa  319  7.999999999999999e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  45.02 
 
 		 441 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  45.54 
 
 		 449 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  45.98 
 
 		 451 aa  316  4e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  45.7 
 
 		 438 aa  311  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  47.2 
 
 		 438 aa  310  5e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  43.24 
 
 		 457 aa  308  9e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  46.22 
 
 		 433 aa  305  9.000000000000001e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  46.93 
 
 		 455 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  44.67 
 
 		 447 aa  295  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  44.62 
 
 		 428 aa  292  8e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  45.39 
 
 		 444 aa  291  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  44.62 
 
 		 428 aa  290  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  43.15 
 
 		 428 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  44.37 
 
 		 434 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  45.41 
 
 		 444 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  45.33 
 
 		 444 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  40.94 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  45.84 
 
 		 441 aa  280  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  41.55 
 
 		 429 aa  280  3e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  40.94 
 
 		 454 aa  280  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  40.82 
 
 		 428 aa  280  5e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  41.41 
 
 		 446 aa  279  9e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  40.72 
 
 		 454 aa  279  9e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  46.14 
 
 		 419 aa  278  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  41.19 
 
 		 446 aa  276  4e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  41.51 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  40.74 
 
 		 453 aa  274  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  41.67 
 
 		 437 aa  274  3e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  40.6 
 
 		 454 aa  273  5.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  39.69 
 
 		 453 aa  273  6e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  39.91 
 
 		 453 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  40.52 
 
 		 456 aa  272  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  43.62 
 
 		 437 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 		 454 aa  271  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 454 aa  271  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  40.35 
 
 		 453 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 458 aa  270  4e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 456 aa  270  4e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  41.1 
 
 		 448 aa  269  8e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 454 aa  269  8.999999999999999e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 454 aa  269  8.999999999999999e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 454 aa  269  8.999999999999999e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 454 aa  269  8.999999999999999e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 473 aa  267  2e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 457 aa  268  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 454 aa  268  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 453 aa  268  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 453 aa  268  2e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 452 aa  268  2e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  40.22 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  43.4 
 
 		 446 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  40.22 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  39.61 
 
 		 453 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 467 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 467 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 467 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  39.26 
 
 		 453 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  39.39 
 
 		 453 aa  266  7e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 453 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  39.39 
 
 		 453 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  38.96 
 
 		 453 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 454 aa  264  3e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  43.24 
 
 		 444 aa  263  3e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  39.18 
 
 		 453 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  38.74 
 
 		 479 aa  262  8e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  38.96 
 
 		 453 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  39.39 
 
 		 462 aa  262  8.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  39.17 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 456 aa  261  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  39.26 
 
 		 466 aa  260  3e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  37.8 
 
 		 453 aa  258  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  37.89 
 
 		 453 aa  258  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  40.59 
 
 		 473 aa  257  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  39.79 
 
 		 489 aa  257  4e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 455 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  38.18 
 
 		 455 aa  255  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.86 
 
 		 456 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  39.43 
 
 		 456 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  39.61 
 
 		 481 aa  254  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>