More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1230 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 428 aa  817    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  78.74 
 
 		 428 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  98.83 
 
 		 428 aa  803    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  57.21 
 
 		 429 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  57.11 
 
 		 428 aa  441  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  54.55 
 
 		 426 aa  375  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  49.32 
 
 		 451 aa  353  2.9999999999999997e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  50.58 
 
 		 419 aa  349  5e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  51.02 
 
 		 431 aa  338  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  50.23 
 
 		 438 aa  333  3e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  47.5 
 
 		 448 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  49.89 
 
 		 434 aa  329  6e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  46.29 
 
 		 456 aa  327  3e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  47.42 
 
 		 442 aa  322  7e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  47.19 
 
 		 442 aa  321  9.999999999999999e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  46.14 
 
 		 438 aa  318  1e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  49.22 
 
 		 437 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  44.72 
 
 		 442 aa  309  5e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  44.16 
 
 		 437 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  45.72 
 
 		 445 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  46.22 
 
 		 457 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  43.71 
 
 		 437 aa  302  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  44.21 
 
 		 462 aa  299  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  42.56 
 
 		 436 aa  298  9e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  44.62 
 
 		 435 aa  297  2e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  45.5 
 
 		 441 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  47.15 
 
 		 444 aa  296  4e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  46.72 
 
 		 455 aa  296  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  43.7 
 
 		 460 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  46.7 
 
 		 444 aa  295  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  43.97 
 
 		 449 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  46.31 
 
 		 444 aa  293  3e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 		 442 aa  293  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  44.62 
 
 		 440 aa  292  7e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  45.56 
 
 		 447 aa  292  9e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  44.62 
 
 		 441 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  40.18 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  40.87 
 
 		 435 aa  264  2e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  35.49 
 
 		 441 aa  263  4.999999999999999e-69  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 467 aa  262  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0717  tRNA modification GTPase TrmE  45.7 
 
 		 550 aa  262  6.999999999999999e-69  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 467 aa  262  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 467 aa  262  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 454 aa  262  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 454 aa  262  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  39.39 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  39.39 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  39.39 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  39.39 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  39.39 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  42 
 
 		 437 aa  261  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  39.39 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  39.39 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  39.17 
 
 		 454 aa  260  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  39.43 
 
 		 454 aa  258  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  39.17 
 
 		 454 aa  258  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  38.58 
 
 		 454 aa  256  6e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  39.43 
 
 		 454 aa  256  7e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  38.58 
 
 		 454 aa  256  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  39.43 
 
 		 454 aa  255  9e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  35.54 
 
 		 439 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  37.37 
 
 		 453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  37.31 
 
 		 453 aa  254  3e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  38.76 
 
 		 489 aa  253  6e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  37.01 
 
 		 464 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  37.75 
 
 		 454 aa  249  8e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  36.82 
 
 		 453 aa  248  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  36.61 
 
 		 455 aa  246  8e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  36.98 
 
 		 457 aa  245  9e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  36.74 
 
 		 453 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  36.74 
 
 		 453 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  39.33 
 
 		 437 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  36.42 
 
 		 455 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  36.7 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1231  tRNA modification GTPase TrmE  42.48 
 
 		 469 aa  244  3e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.0000000119996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  36.7 
 
 		 479 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  36.62 
 
 		 453 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 453 aa  242  9e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  35.95 
 
 		 453 aa  241  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  34.93 
 
 		 458 aa  242  1e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  36.62 
 
 		 453 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  36.17 
 
 		 453 aa  241  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  35.21 
 
 		 458 aa  241  2e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  37.69 
 
 		 453 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  38.95 
 
 		 455 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 455 aa  240  2.9999999999999997e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  37.09 
 
 		 456 aa  241  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12578  putative tRNA modification GTPase  34.11 
 
 		 469 aa  240  4e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  35.21 
 
 		 458 aa  240  4e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.07 
 
 		 456 aa  239  5e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  36.29 
 
 		 455 aa  240  5e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  35.9 
 
 		 473 aa  239  9e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 		 456 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  35.68 
 
 		 452 aa  238  1e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 455 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 448 aa  238  2e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  36.38 
 
 		 453 aa  238  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1336  tRNA modification GTPase TrmE  32.07 
 
 		 441 aa  237  3e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  36.24 
 
 		 466 aa  237  3e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>