More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_3472 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 
442 aa  879    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  54.36 
 
 
442 aa  448  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  53.54 
 
 
442 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  54.13 
 
 
442 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  52.63 
 
 
437 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  53.76 
 
 
437 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  54.42 
 
 
440 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  51.61 
 
 
436 aa  418  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  48.28 
 
 
435 aa  398  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  47.6 
 
 
431 aa  337  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  46.05 
 
 
451 aa  329  5.0000000000000004e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  48.33 
 
 
438 aa  327  2.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  45.21 
 
 
448 aa  327  3e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  46.19 
 
 
445 aa  325  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  45.89 
 
 
460 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  46.4 
 
 
434 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  44.22 
 
 
441 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  45.89 
 
 
438 aa  314  1.9999999999999998e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  43.91 
 
 
462 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  43.98 
 
 
456 aa  311  1e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  45.31 
 
 
449 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  46.12 
 
 
444 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  45.29 
 
 
444 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  46.22 
 
 
444 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  43.96 
 
 
457 aa  302  9e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  42.21 
 
 
429 aa  302  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  44 
 
 
435 aa  299  7e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  46.24 
 
 
441 aa  298  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  44.88 
 
 
455 aa  296  5e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  46.36 
 
 
437 aa  296  7e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 
428 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  44.06 
 
 
428 aa  293  5e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  45.29 
 
 
433 aa  290  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 
428 aa  290  4e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  42.67 
 
 
447 aa  276  7e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 
454 aa  274  3e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  42.41 
 
 
437 aa  274  3e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 
454 aa  271  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  36.36 
 
 
489 aa  271  2e-71  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.242987 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 
454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 
454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 
454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 
454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  39.1 
 
 
439 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  38.19 
 
 
457 aa  269  7e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  37.5 
 
 
462 aa  269  8e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  39.51 
 
 
454 aa  268  1e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  39.51 
 
 
454 aa  268  1e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  39.51 
 
 
454 aa  268  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  39.43 
 
 
454 aa  267  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 
454 aa  266  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 
467 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  39.29 
 
 
454 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 
467 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 
467 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 
454 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  38.78 
 
 
454 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  37.97 
 
 
453 aa  264  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  37.97 
 
 
453 aa  264  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  42.09 
 
 
444 aa  264  3e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 
453 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 
453 aa  263  6e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 
453 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 
453 aa  262  8e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 
446 aa  262  8.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  38.55 
 
 
453 aa  262  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  38.24 
 
 
452 aa  261  1e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  39.11 
 
 
441 aa  261  2e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 
479 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  39.26 
 
 
454 aa  261  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  37.28 
 
 
475 aa  261  2e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 
453 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 
428 aa  261  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  39.7 
 
 
454 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  38.25 
 
 
471 aa  260  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  41.59 
 
 
419 aa  260  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  36.92 
 
 
460 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 
453 aa  259  9e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  39.05 
 
 
454 aa  259  9e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  38.31 
 
 
446 aa  257  2e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  39.47 
 
 
456 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 
453 aa  257  3e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  45.07 
 
 
419 aa  257  4e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  39.29 
 
 
455 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 
453 aa  256  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  36.68 
 
 
456 aa  256  8e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  36.42 
 
 
453 aa  254  3e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  37.17 
 
 
454 aa  254  3e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 
466 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  37.99 
 
 
456 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56161  predicted protein  35.36 
 
 
478 aa  253  5.000000000000001e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0981  tRNA modification GTPase TrmE  44.03 
 
 
508 aa  252  7e-66  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 
456 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  38.9 
 
 
455 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  37.77 
 
 
454 aa  251  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  36.2 
 
 
471 aa  251  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  37.89 
 
 
458 aa  250  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  36.28 
 
 
455 aa  250  4e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 
453 aa  250  4e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  38.35 
 
 
469 aa  250  5e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>