More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4390 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 
436 aa  866    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  54.57 
 
 
437 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  52.94 
 
 
440 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  53.88 
 
 
437 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  52.05 
 
 
442 aa  435  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  51.26 
 
 
442 aa  431  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  51.03 
 
 
442 aa  426  1e-118  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  51.61 
 
 
442 aa  418  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  48.74 
 
 
435 aa  383  1e-105  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  45.19 
 
 
431 aa  353  2.9999999999999997e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  45.01 
 
 
456 aa  350  2e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  44.18 
 
 
462 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  44.83 
 
 
451 aa  345  1e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  45.31 
 
 
448 aa  341  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  44.19 
 
 
441 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  44.37 
 
 
460 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  45.23 
 
 
438 aa  330  3e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  45.6 
 
 
438 aa  329  6e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  43.58 
 
 
457 aa  327  4.0000000000000003e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  43.28 
 
 
435 aa  315  8e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  43.88 
 
 
445 aa  315  8e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  43.75 
 
 
447 aa  311  1e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  41.53 
 
 
449 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  43.31 
 
 
441 aa  299  5e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  42.6 
 
 
444 aa  299  8e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  42.56 
 
 
428 aa  298  9e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  42.56 
 
 
428 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  40.73 
 
 
429 aa  295  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  42.12 
 
 
434 aa  293  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  41.65 
 
 
428 aa  292  6e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  42 
 
 
437 aa  291  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  43.48 
 
 
444 aa  291  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  42.56 
 
 
444 aa  288  9e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  42.07 
 
 
433 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  38.63 
 
 
441 aa  280  5e-74  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 
437 aa  279  9e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  38.26 
 
 
439 aa  277  3e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  40.05 
 
 
428 aa  276  6e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 
452 aa  275  1.0000000000000001e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 
473 aa  274  2.0000000000000002e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  37.04 
 
 
446 aa  273  3e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 
455 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  36.82 
 
 
446 aa  270  4e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  39.33 
 
 
446 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
454 aa  266  4e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
454 aa  267  4e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
454 aa  266  5e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
454 aa  266  5e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
454 aa  266  5e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  37.74 
 
 
454 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  37.74 
 
 
454 aa  265  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  37.74 
 
 
454 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  37.95 
 
 
446 aa  265  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 
454 aa  264  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
467 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
467 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
454 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
467 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 
454 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  37.77 
 
 
481 aa  264  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  41.11 
 
 
419 aa  264  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  37.28 
 
 
456 aa  263  4e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  37.94 
 
 
489 aa  263  4.999999999999999e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  37.72 
 
 
456 aa  263  4.999999999999999e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.7 
 
 
453 aa  263  6e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  38.6 
 
 
455 aa  263  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 
456 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  36.54 
 
 
462 aa  263  6.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  35.68 
 
 
452 aa  262  6.999999999999999e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0981  tRNA modification GTPase TrmE  47.99 
 
 
508 aa  261  1e-68  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 
456 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  37.44 
 
 
455 aa  262  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  37.53 
 
 
454 aa  262  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  37.53 
 
 
454 aa  261  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 
457 aa  261  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 
456 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  37.72 
 
 
456 aa  260  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  36.56 
 
 
453 aa  260  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 
456 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  36.26 
 
 
453 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  38.21 
 
 
453 aa  259  8e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  37.11 
 
 
458 aa  258  1e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  35.63 
 
 
475 aa  258  1e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  36.52 
 
 
454 aa  258  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  36.52 
 
 
454 aa  258  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  36.52 
 
 
454 aa  258  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  37.45 
 
 
453 aa  257  3e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 
453 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  38.21 
 
 
456 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  37.55 
 
 
455 aa  257  3e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 
453 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  37.94 
 
 
456 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 
453 aa  256  5e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 
448 aa  256  7e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 
453 aa  256  8e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  39.95 
 
 
426 aa  255  9e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  36.88 
 
 
453 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  35.78 
 
 
452 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  36.92 
 
 
460 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 
453 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>