More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_5023 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 447 aa  866    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  50.99 
 
 		 438 aa  390  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  51.11 
 
 		 438 aa  361  1e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  48.37 
 
 		 456 aa  347  2e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  50.54 
 
 		 431 aa  347  3e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  47.79 
 
 		 441 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  47.9 
 
 		 449 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  47.16 
 
 		 435 aa  340  4e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  47.41 
 
 		 462 aa  336  5e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  47.12 
 
 		 451 aa  335  7e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  46.92 
 
 		 460 aa  335  9e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  43.75 
 
 		 436 aa  334  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  50.32 
 
 		 455 aa  334  2e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  44.44 
 
 		 437 aa  333  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  47.38 
 
 		 448 aa  330  3e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  48.61 
 
 		 444 aa  327  3e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  46.44 
 
 		 428 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  44.67 
 
 		 440 aa  320  3.9999999999999996e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  45.47 
 
 		 445 aa  319  5e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  46.85 
 
 		 457 aa  318  1e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  42.07 
 
 		 442 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  46.7 
 
 		 437 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  45.56 
 
 		 428 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  48.19 
 
 		 444 aa  312  7.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  42.12 
 
 		 429 aa  311  1e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  48.91 
 
 		 444 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  42.32 
 
 		 442 aa  307  3e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  46.79 
 
 		 434 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  47.61 
 
 		 441 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  42.32 
 
 		 442 aa  305  8.000000000000001e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  45.11 
 
 		 428 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  48.55 
 
 		 433 aa  302  8.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  43.58 
 
 		 437 aa  299  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  41.63 
 
 		 435 aa  298  1e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  42.67 
 
 		 442 aa  293  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  42.6 
 
 		 428 aa  293  6e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  38.02 
 
 		 441 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  43.75 
 
 		 437 aa  278  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  43.24 
 
 		 446 aa  278  2e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 473 aa  276  7e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  35.76 
 
 		 439 aa  276  7e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 452 aa  275  9e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 453 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  38.07 
 
 		 453 aa  273  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  35.34 
 
 		 458 aa  273  6e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  37.86 
 
 		 453 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  37.86 
 
 		 453 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  35.45 
 
 		 455 aa  271  2e-71  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.74 
 
 		 455 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 453 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  35.36 
 
 		 459 aa  268  1e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56161  predicted protein  37.29 
 
 		 478 aa  267  2.9999999999999995e-70  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  37.53 
 
 		 455 aa  266  4e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 467 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 467 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 467 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 454 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1336  tRNA modification GTPase TrmE  34.66 
 
 		 441 aa  266  5.999999999999999e-70  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  38.88 
 
 		 454 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1231  tRNA modification GTPase TrmE  47.07 
 
 		 469 aa  265  1e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.0000000119996  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  37.98 
 
 		 459 aa  265  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  36.84 
 
 		 456 aa  265  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  37.28 
 
 		 453 aa  265  1e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0717  tRNA modification GTPase TrmE  43.12 
 
 		 550 aa  265  2e-69  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  41.09 
 
 		 426 aa  264  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.1 
 
 		 454 aa  265  2e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  38.66 
 
 		 454 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3622  tRNA modification GTPase TrmE  41.65 
 
 		 456 aa  263  4.999999999999999e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  38.66 
 
 		 454 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  38.66 
 
 		 454 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  36.01 
 
 		 458 aa  263  6e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 454 aa  262  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  41.05 
 
 		 448 aa  262  1e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  36.32 
 
 		 453 aa  261  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  36.01 
 
 		 458 aa  261  1e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  36.98 
 
 		 453 aa  262  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  36.82 
 
 		 453 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  38.1 
 
 		 454 aa  261  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  38.23 
 
 		 454 aa  260  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  36.98 
 
 		 453 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  38.44 
 
 		 454 aa  260  4e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  36.98 
 
 		 453 aa  260  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 466 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  36.98 
 
 		 453 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  39.26 
 
 		 464 aa  259  6e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1201  hypothetical protein  37.31 
 
 		 455 aa  259  8e-68  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00128445 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  37.79 
 
 		 461 aa  259  8e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  38.16 
 
 		 475 aa  258  1e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  39.56 
 
 		 455 aa  258  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  36.76 
 
 		 479 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 		 437 aa  258  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  34.75 
 
 		 461 aa  257  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  36.8 
 
 		 462 aa  257  3e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 456 aa  257  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 456 aa  256  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>