More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2407 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 433 aa  809    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  53.23 
 
 		 435 aa  381  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  54.92 
 
 		 444 aa  361  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  52.7 
 
 		 441 aa  346  5e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  53.55 
 
 		 444 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  54.34 
 
 		 444 aa  339  5e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  45.41 
 
 		 442 aa  337  3.9999999999999995e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  46.22 
 
 		 440 aa  328  8e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  45.06 
 
 		 442 aa  328  1.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  45.06 
 
 		 442 aa  328  1.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  49.32 
 
 		 431 aa  326  4.0000000000000003e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  51.14 
 
 		 434 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  51.58 
 
 		 437 aa  324  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  46.44 
 
 		 462 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  47.34 
 
 		 451 aa  320  1.9999999999999998e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  46.71 
 
 		 438 aa  316  5e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  47.94 
 
 		 455 aa  311  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  45.75 
 
 		 442 aa  311  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  47.26 
 
 		 448 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  45.56 
 
 		 437 aa  306  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  49.21 
 
 		 438 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  45.36 
 
 		 460 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  46.65 
 
 		 441 aa  300  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  42.07 
 
 		 436 aa  296  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  45.96 
 
 		 445 aa  296  6e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  43.71 
 
 		 456 aa  295  1e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  48.84 
 
 		 447 aa  293  4e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  45.1 
 
 		 437 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  42.12 
 
 		 429 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  39.91 
 
 		 435 aa  277  3e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  38.75 
 
 		 452 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  46.07 
 
 		 437 aa  275  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  45.01 
 
 		 419 aa  271  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  43.35 
 
 		 428 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  41.89 
 
 		 448 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  42.79 
 
 		 457 aa  269  5.9999999999999995e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  43.97 
 
 		 449 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 428 aa  264  3e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  39.57 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  39.47 
 
 		 458 aa  260  3e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  39.13 
 
 		 454 aa  260  4e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  41.23 
 
 		 446 aa  259  4e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  42.86 
 
 		 428 aa  259  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 454 aa  258  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  42.73 
 
 		 428 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  38.34 
 
 		 454 aa  256  5e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  38.13 
 
 		 454 aa  256  5e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  38.34 
 
 		 454 aa  256  5e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 454 aa  256  5e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  39.52 
 
 		 453 aa  256  5e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  45.81 
 
 		 419 aa  256  5e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 454 aa  256  7e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 454 aa  256  7e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  38.13 
 
 		 454 aa  256  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 454 aa  256  7e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  38.13 
 
 		 454 aa  256  7e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  38.34 
 
 		 454 aa  256  7e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  38.13 
 
 		 454 aa  256  7e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  36.18 
 
 		 452 aa  256  8e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  36.18 
 
 		 473 aa  256  8e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  37.58 
 
 		 454 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  38.13 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  35.21 
 
 		 441 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  38.13 
 
 		 454 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.87 
 
 		 453 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  36.42 
 
 		 453 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 		 467 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 		 467 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 		 467 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  36.64 
 
 		 453 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  35.98 
 
 		 457 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  36.84 
 
 		 478 aa  252  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  37.8 
 
 		 454 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  37.8 
 
 		 454 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  33.11 
 
 		 439 aa  250  3e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  35.53 
 
 		 453 aa  249  6e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  35.84 
 
 		 453 aa  249  8e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  41.11 
 
 		 426 aa  249  9e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  35.18 
 
 		 453 aa  248  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  36.4 
 
 		 453 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  39.15 
 
 		 471 aa  248  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 473 aa  247  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 		 455 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4041  tRNA modification GTPase TrmE  42.44 
 
 		 449 aa  246  6e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.934487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 481 aa  246  6.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  39.28 
 
 		 455 aa  246  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  41.11 
 
 		 444 aa  245  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  34.29 
 
 		 475 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  35.1 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  38.09 
 
 		 469 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 481 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 		 481 aa  244  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  36.34 
 
 		 446 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  35.1 
 
 		 453 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  35.24 
 
 		 453 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  35.24 
 
 		 479 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  36.28 
 
 		 446 aa  243  7e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  38.96 
 
 		 448 aa  242  7.999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  35.7 
 
 		 459 aa  242  9e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2312  tRNA modification GTPase TrmE  39.49 
 
 		 451 aa  241  1e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00480658  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>