More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_4158 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  88.77 
 
 		 454 aa  816    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  88.99 
 
 		 454 aa  818    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  73.89 
 
 		 464 aa  687    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  72.35 
 
 		 453 aa  684    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  88.77 
 
 		 454 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  71.02 
 
 		 453 aa  670    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  88.77 
 
 		 467 aa  817    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  71.9 
 
 		 457 aa  678    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  88.11 
 
 		 454 aa  808    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  88.77 
 
 		 467 aa  817    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  75.66 
 
 		 453 aa  706    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  71.24 
 
 		 453 aa  671    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  90.75 
 
 		 454 aa  835    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  75.61 
 
 		 455 aa  704    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  92.51 
 
 		 454 aa  852    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  88.77 
 
 		 467 aa  817    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  75 
 
 		 453 aa  701    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  88.77 
 
 		 454 aa  816    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  88.77 
 
 		 454 aa  816    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  88.77 
 
 		 454 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  71.68 
 
 		 453 aa  677    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  71.9 
 
 		 453 aa  684    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 454 aa  910    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  88.55 
 
 		 454 aa  813    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  90.53 
 
 		 454 aa  835    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  88.99 
 
 		 453 aa  801    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  88.99 
 
 		 454 aa  818    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  88.99 
 
 		 454 aa  818    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  71.68 
 
 		 453 aa  679    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  88.77 
 
 		 454 aa  816    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  71.46 
 
 		 466 aa  670    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  99.78 
 
 		 454 aa  909    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  71.9 
 
 		 453 aa  679    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  72.12 
 
 		 453 aa  681    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  70 
 
 		 460 aa  644    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  99.56 
 
 		 454 aa  907    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  88.99 
 
 		 454 aa  818    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  72.35 
 
 		 452 aa  659    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  90.09 
 
 		 454 aa  827    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  72.12 
 
 		 453 aa  682    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  72.35 
 
 		 453 aa  684    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  70.8 
 
 		 453 aa  667    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  71.02 
 
 		 479 aa  669    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  67.62 
 
 		 455 aa  644    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  72.12 
 
 		 453 aa  684    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  71.24 
 
 		 453 aa  672    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  66.67 
 
 		 462 aa  621  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  67.56 
 
 		 459 aa  622  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  67.77 
 
 		 456 aa  619  1e-176  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  66.96 
 
 		 455 aa  598  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  64.4 
 
 		 471 aa  595  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  66.81 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  66.96 
 
 		 455 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  66.81 
 
 		 456 aa  589  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  67.04 
 
 		 456 aa  588  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  66.22 
 
 		 458 aa  585  1e-166  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  67.65 
 
 		 455 aa  585  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  65.27 
 
 		 456 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  65.05 
 
 		 456 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  65.05 
 
 		 456 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  65.12 
 
 		 456 aa  582  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  65.05 
 
 		 456 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  64.32 
 
 		 475 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  65.42 
 
 		 455 aa  574  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0137  tRNA modification GTPase TrmE  58.15 
 
 		 457 aa  526  1e-148  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.210433  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  56.86 
 
 		 473 aa  518  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  56.86 
 
 		 452 aa  517  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  58.72 
 
 		 446 aa  513  1e-144  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  59.16 
 
 		 446 aa  513  1e-144  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  58.49 
 
 		 482 aa  501  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  59 
 
 		 486 aa  496  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  58 
 
 		 448 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  58.44 
 
 		 467 aa  491  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  58.94 
 
 		 446 aa  488  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  58.64 
 
 		 473 aa  485  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  56.62 
 
 		 469 aa  479  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  56 
 
 		 478 aa  481  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  55.65 
 
 		 458 aa  472  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  54.76 
 
 		 478 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  56.57 
 
 		 471 aa  471  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  56.13 
 
 		 464 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000246642 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  55.67 
 
 		 466 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000134747 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  55.95 
 
 		 446 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  56.2 
 
 		 464 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4469  tRNA modification GTPase TrmE  56.41 
 
 		 464 aa  463  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  55.84 
 
 		 464 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  55.84 
 
 		 464 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  55.84 
 
 		 464 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6518  tRNA modification GTPase TrmE  55.7 
 
 		 464 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3097  tRNA modification GTPase TrmE  55.63 
 
 		 464 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151562  normal  0.0117151 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3213  tRNA modification GTPase TrmE  55.63 
 
 		 489 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3456  tRNA modification GTPase TrmE  57.48 
 
 		 475 aa  456  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  56.21 
 
 		 481 aa  457  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  56.43 
 
 		 481 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  56.17 
 
 		 475 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  55.77 
 
 		 481 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  56.79 
 
 		 444 aa  452  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  55.07 
 
 		 448 aa  451  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  52.74 
 
 		 452 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0096  tRNA modification GTPase TrmE  55.13 
 
 		 467 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>