More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1284 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 451 aa  887    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  58.99 
 
 		 448 aa  487  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  51.39 
 
 		 462 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  52.73 
 
 		 444 aa  388  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  53.9 
 
 		 444 aa  386  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  53.86 
 
 		 437 aa  385  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  50.91 
 
 		 441 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  50.11 
 
 		 449 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  53.27 
 
 		 434 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  48.23 
 
 		 456 aa  368  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  50.43 
 
 		 460 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  51.83 
 
 		 444 aa  364  1e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  51.15 
 
 		 431 aa  363  3e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 		 445 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  46.05 
 
 		 442 aa  357  2.9999999999999997e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  48.86 
 
 		 428 aa  355  1e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  49.32 
 
 		 428 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  50.34 
 
 		 441 aa  353  4e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  49.32 
 
 		 428 aa  352  8e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  48.05 
 
 		 429 aa  352  1e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  47.47 
 
 		 457 aa  351  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  45.98 
 
 		 442 aa  348  1e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  45.75 
 
 		 442 aa  347  2e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  44.83 
 
 		 436 aa  345  1e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  48.74 
 
 		 438 aa  343  2.9999999999999997e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  45.52 
 
 		 437 aa  333  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  47.32 
 
 		 438 aa  332  8e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  46.68 
 
 		 437 aa  332  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  46.05 
 
 		 442 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  46.24 
 
 		 428 aa  322  6e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  48.28 
 
 		 455 aa  319  5e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  45.31 
 
 		 437 aa  319  7.999999999999999e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  45.98 
 
 		 440 aa  316  4e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  47.12 
 
 		 447 aa  310  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  44.85 
 
 		 435 aa  308  1.0000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  41.86 
 
 		 435 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  47.34 
 
 		 433 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  40.36 
 
 		 441 aa  298  2e-79  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  45.52 
 
 		 419 aa  297  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  37.89 
 
 		 439 aa  296  4e-79  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  41.09 
 
 		 454 aa  295  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  39.32 
 
 		 454 aa  293  4e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  40 
 
 		 454 aa  291  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 454 aa  292  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  40.42 
 
 		 467 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  39.57 
 
 		 457 aa  287  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  40.42 
 
 		 467 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  40.42 
 
 		 467 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  40.88 
 
 		 454 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  40.88 
 
 		 454 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  49.53 
 
 		 419 aa  286  7e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  39.35 
 
 		 464 aa  285  8e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  39.3 
 
 		 453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  39.43 
 
 		 454 aa  283  3.0000000000000004e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 453 aa  282  9e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  38.86 
 
 		 453 aa  282  9e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  40.04 
 
 		 454 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 454 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  40.04 
 
 		 454 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  38.95 
 
 		 453 aa  281  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 		 453 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 		 453 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  38.44 
 
 		 462 aa  279  7e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  39.83 
 
 		 454 aa  278  1e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 		 453 aa  278  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 456 aa  277  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 		 456 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  37.9 
 
 		 459 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  37.64 
 
 		 453 aa  276  4e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  37.69 
 
 		 453 aa  276  7e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  38.66 
 
 		 454 aa  275  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 475 aa  276  8e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  38.66 
 
 		 454 aa  275  9e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 453 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  38.26 
 
 		 479 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 		 458 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 453 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 453 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  38.66 
 
 		 454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  37.69 
 
 		 455 aa  275  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  36.92 
 
 		 455 aa  275  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  41.96 
 
 		 455 aa  275  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  39.02 
 
 		 452 aa  274  3e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  38.13 
 
 		 466 aa  273  6e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  41.69 
 
 		 426 aa  272  9e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  38.29 
 
 		 453 aa  271  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  40.52 
 
 		 455 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 456 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  40.34 
 
 		 455 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  38.29 
 
 		 460 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 453 aa  270  5e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 		 469 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2845  tRNA modification GTPase TrmE  47.12 
 
 		 440 aa  269  8.999999999999999e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>