More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_4062 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  72.73 
 
 
454 aa  676    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  72.95 
 
 
454 aa  677    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  72.95 
 
 
454 aa  677    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  91.61 
 
 
453 aa  847    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  72.95 
 
 
454 aa  677    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  72.06 
 
 
454 aa  676    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  70.86 
 
 
464 aa  671    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  86.31 
 
 
453 aa  811    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  90.51 
 
 
457 aa  840    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  71.4 
 
 
467 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  71.4 
 
 
454 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  70.73 
 
 
453 aa  649    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  71.02 
 
 
454 aa  669    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  72.06 
 
 
454 aa  665    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  73.17 
 
 
454 aa  678    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  88.08 
 
 
453 aa  827    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  69.09 
 
 
455 aa  649    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  70.13 
 
 
454 aa  656    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  72.95 
 
 
454 aa  677    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  91.83 
 
 
453 aa  853    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  87.86 
 
 
453 aa  820    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  71.4 
 
 
467 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  70.8 
 
 
454 aa  667    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  91.61 
 
 
453 aa  846    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  71.4 
 
 
467 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  72.73 
 
 
454 aa  676    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  70.89 
 
 
455 aa  657    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  72.35 
 
 
454 aa  675    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  72.51 
 
 
454 aa  672    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  91.83 
 
 
466 aa  856    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  71.52 
 
 
453 aa  675    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  70.58 
 
 
454 aa  661    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  71.4 
 
 
454 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  91.61 
 
 
453 aa  847    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  86.53 
 
 
453 aa  806    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  67.78 
 
 
460 aa  635    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  72.73 
 
 
454 aa  676    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  87.64 
 
 
453 aa  822    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  91.17 
 
 
453 aa  846    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  90.73 
 
 
453 aa  845    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 
453 aa  920    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  71.74 
 
 
453 aa  674    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  91.39 
 
 
479 aa  845    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  70.8 
 
 
454 aa  667    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  90.73 
 
 
453 aa  844    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  67.77 
 
 
452 aa  614  9.999999999999999e-175  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  64.55 
 
 
462 aa  603  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  65.78 
 
 
459 aa  592  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  63.36 
 
 
456 aa  587  1e-166  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  63.8 
 
 
456 aa  582  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  62.89 
 
 
458 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  63.08 
 
 
471 aa  574  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  62.83 
 
 
455 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  61.06 
 
 
456 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  62.39 
 
 
456 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  61.73 
 
 
475 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  61.2 
 
 
455 aa  560  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  61.5 
 
 
456 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  61.99 
 
 
455 aa  559  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  61.45 
 
 
456 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  62.25 
 
 
455 aa  556  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  61.1 
 
 
456 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  61.1 
 
 
456 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  61.06 
 
 
456 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  56.39 
 
 
446 aa  492  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  56.61 
 
 
446 aa  491  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0137  tRNA modification GTPase TrmE  54.07 
 
 
457 aa  481  1e-135  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.210433  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  52.86 
 
 
452 aa  478  1e-134  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  52.86 
 
 
473 aa  478  1e-133  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  52.33 
 
 
458 aa  464  1e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  54.44 
 
 
446 aa  456  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  52.86 
 
 
448 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  51.37 
 
 
478 aa  449  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  53.15 
 
 
486 aa  451  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  53.03 
 
 
467 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  51.15 
 
 
482 aa  443  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  53.41 
 
 
444 aa  442  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  49.89 
 
 
478 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  51.48 
 
 
473 aa  435  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  52.64 
 
 
448 aa  434  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  50.21 
 
 
471 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  52.31 
 
 
448 aa  428  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  50.64 
 
 
469 aa  428  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  50.75 
 
 
466 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000134747 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  50.76 
 
 
464 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000246642 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  50.11 
 
 
446 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  50.43 
 
 
481 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  50.21 
 
 
464 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  51.5 
 
 
475 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  50.32 
 
 
464 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  50.43 
 
 
481 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1783  tRNA modification GTPase TrmE  48.9 
 
 
454 aa  419  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.028326  normal  0.377376 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  50.32 
 
 
464 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 
481 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2143  tRNA modification GTPase TrmE  54 
 
 
478 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0104732  hitchhiker  0.000152188 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3456  tRNA modification GTPase TrmE  52.14 
 
 
475 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  47.58 
 
 
452 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4469  tRNA modification GTPase TrmE  49.47 
 
 
464 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2472  tRNA modification GTPase TrmE  53.25 
 
 
487 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000689916 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3824  tRNA modification GTPase TrmE  49.04 
 
 
480 aa  412  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>