More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0164 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 445 aa  872    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  65.35 
 
 		 456 aa  567  1e-160  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  67.34 
 
 		 441 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  64.86 
 
 		 462 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  64.99 
 
 		 457 aa  533  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  65.71 
 
 		 449 aa  528  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  63.34 
 
 		 460 aa  521  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  52.58 
 
 		 448 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  48.53 
 
 		 442 aa  377  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  50.91 
 
 		 431 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 		 451 aa  369  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  47.42 
 
 		 442 aa  361  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  47.42 
 
 		 442 aa  359  4e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  48.53 
 
 		 440 aa  359  6e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  47.52 
 
 		 437 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  46.19 
 
 		 442 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  48.11 
 
 		 444 aa  336  5e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  50.22 
 
 		 438 aa  334  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  49 
 
 		 444 aa  332  6e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  49.66 
 
 		 444 aa  332  6e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  46.78 
 
 		 438 aa  332  8e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  48.31 
 
 		 437 aa  329  7e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  43.88 
 
 		 436 aa  328  9e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  46.07 
 
 		 437 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  48.19 
 
 		 441 aa  323  4e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  48.08 
 
 		 434 aa  320  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  46.21 
 
 		 437 aa  319  6e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  45.95 
 
 		 428 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  45.72 
 
 		 428 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  42.76 
 
 		 428 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  44.49 
 
 		 429 aa  309  8e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  45.47 
 
 		 447 aa  308  9e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  41.76 
 
 		 435 aa  303  5.000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  45.56 
 
 		 435 aa  301  2e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  42.83 
 
 		 428 aa  300  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  47.61 
 
 		 455 aa  294  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  40.22 
 
 		 441 aa  293  3e-78  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  39.07 
 
 		 439 aa  291  1e-77  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  46.52 
 
 		 419 aa  286  5e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  46.19 
 
 		 433 aa  280  3e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  43.81 
 
 		 419 aa  271  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  37.8 
 
 		 489 aa  260  3e-68  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  40.44 
 
 		 446 aa  258  1e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.04 
 
 		 456 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 473 aa  258  2e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 452 aa  258  2e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  38.38 
 
 		 454 aa  258  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 453 aa  257  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  37.82 
 
 		 457 aa  257  4e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 453 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  41.08 
 
 		 426 aa  256  5e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_002978  WD0981  tRNA modification GTPase TrmE  44.41 
 
 		 508 aa  256  6e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 453 aa  256  6e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2845  tRNA modification GTPase TrmE  45.8 
 
 		 440 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598385 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  37.37 
 
 		 453 aa  254  3e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 467 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 454 aa  253  4.0000000000000004e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 467 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 467 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 454 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 454 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  37.37 
 
 		 453 aa  253  7e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  37.69 
 
 		 454 aa  252  8.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  37.69 
 
 		 454 aa  252  8.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  38.22 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  37.2 
 
 		 453 aa  251  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 479 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 454 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  37.34 
 
 		 454 aa  250  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 454 aa  250  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  37.34 
 
 		 454 aa  250  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 454 aa  250  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 453 aa  251  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  38.23 
 
 		 456 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  37.34 
 
 		 454 aa  250  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  37.18 
 
 		 453 aa  250  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  37.06 
 
 		 454 aa  250  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 454 aa  250  3e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 454 aa  249  5e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 458 aa  249  5e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  38.33 
 
 		 456 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 		 454 aa  247  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  37.37 
 
 		 473 aa  247  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  37.44 
 
 		 454 aa  247  4e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  37.44 
 
 		 454 aa  246  4.9999999999999997e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 486 aa  246  6e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  35.59 
 
 		 453 aa  246  6e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  37.22 
 
 		 454 aa  245  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  37.8 
 
 		 456 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  36.96 
 
 		 452 aa  245  9.999999999999999e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 467 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  36.99 
 
 		 453 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  36.77 
 
 		 456 aa  244  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 455 aa  243  5e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  35.31 
 
 		 453 aa  243  5e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  37.23 
 
 		 455 aa  243  6e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  35.75 
 
 		 453 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  36.08 
 
 		 456 aa  242  7.999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  37.17 
 
 		 466 aa  242  9e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  36.03 
 
 		 453 aa  242  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>