More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2667 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  78.5 
 
 		 428 aa  646    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  78.74 
 
 		 428 aa  652    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 428 aa  825    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  56.51 
 
 		 429 aa  451  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  56.88 
 
 		 428 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  54.31 
 
 		 426 aa  367  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  48.86 
 
 		 451 aa  355  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  52.3 
 
 		 431 aa  349  6e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  50.35 
 
 		 419 aa  341  1e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  46.14 
 
 		 448 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  47.62 
 
 		 438 aa  327  3e-88  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  49.44 
 
 		 438 aa  327  3e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  46.94 
 
 		 442 aa  323  3e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  46.71 
 
 		 442 aa  323  4e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  47.16 
 
 		 455 aa  319  7e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  47.49 
 
 		 434 aa  311  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  43.48 
 
 		 437 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  44.35 
 
 		 456 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  47.85 
 
 		 437 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  46.5 
 
 		 444 aa  306  7e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  43.74 
 
 		 442 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  46.83 
 
 		 444 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  46.44 
 
 		 447 aa  302  7.000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  43.84 
 
 		 460 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  43.25 
 
 		 437 aa  300  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  44.47 
 
 		 441 aa  298  1e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  43.89 
 
 		 457 aa  294  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  43.56 
 
 		 462 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  45.6 
 
 		 444 aa  293  5e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  41.65 
 
 		 436 aa  292  6e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  44.16 
 
 		 435 aa  291  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  42.83 
 
 		 445 aa  290  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 		 442 aa  290  4e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  43.15 
 
 		 440 aa  290  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  42.09 
 
 		 449 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  42.26 
 
 		 441 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  36.83 
 
 		 441 aa  267  2e-70  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  39.73 
 
 		 435 aa  266  5e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  36 
 
 		 439 aa  264  2e-69  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  39.79 
 
 		 489 aa  261  1e-68  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  41.33 
 
 		 437 aa  259  7e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0717  tRNA modification GTPase TrmE  44.37 
 
 		 550 aa  258  2e-67  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  38.8 
 
 		 454 aa  255  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  38.8 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  38.8 
 
 		 454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12578  putative tRNA modification GTPase  35.55 
 
 		 469 aa  254  3e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  42.27 
 
 		 433 aa  250  3e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  37.47 
 
 		 454 aa  249  5e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  37.97 
 
 		 454 aa  249  6e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  37.92 
 
 		 454 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 454 aa  248  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  37.92 
 
 		 454 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 454 aa  247  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 454 aa  247  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 454 aa  247  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 454 aa  247  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 454 aa  247  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  37.69 
 
 		 454 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  38.24 
 
 		 455 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1231  tRNA modification GTPase TrmE  42.92 
 
 		 469 aa  242  1e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.0000000119996  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  37.92 
 
 		 454 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  35.81 
 
 		 453 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  36.03 
 
 		 453 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 467 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 454 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  36.03 
 
 		 479 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 454 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 467 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 467 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  35.92 
 
 		 453 aa  240  4e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  35.81 
 
 		 453 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1336  tRNA modification GTPase TrmE  32.37 
 
 		 441 aa  240  4e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  35.96 
 
 		 457 aa  239  5e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2707  tRNA modification GTPase TrmE  35.48 
 
 		 466 aa  239  5e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.622975  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.11 
 
 		 453 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  35.89 
 
 		 453 aa  239  8e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  34.9 
 
 		 458 aa  239  9e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  37.5 
 
 		 456 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 454 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  34.9 
 
 		 458 aa  239  1e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2845  tRNA modification GTPase TrmE  46.01 
 
 		 440 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598385 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 454 aa  238  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  36.11 
 
 		 453 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  35.89 
 
 		 453 aa  236  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  35.54 
 
 		 455 aa  237  4e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  35.54 
 
 		 454 aa  236  8e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  35.63 
 
 		 475 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  37.03 
 
 		 453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  34.81 
 
 		 453 aa  234  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  35.16 
 
 		 466 aa  233  3e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  35.56 
 
 		 452 aa  233  4.0000000000000004e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  35.03 
 
 		 453 aa  233  5e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  35.03 
 
 		 472 aa  233  6e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  37.87 
 
 		 437 aa  232  9e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  36.88 
 
 		 455 aa  232  9e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2030  tRNA modification GTPase TrmE  35.1 
 
 		 460 aa  232  1e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.312338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  34.51 
 
 		 453 aa  231  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  37.28 
 
 		 456 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0526  tRNA modification GTPase TrmE  33.41 
 
 		 446 aa  231  2e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  35.46 
 
 		 453 aa  231  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>