More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1658 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  89.19 
 
 
444 aa  703    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  88.74 
 
 
444 aa  741    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 
444 aa  838    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  69.7 
 
 
434 aa  528  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  70.32 
 
 
441 aa  524  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  70 
 
 
437 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  53.64 
 
 
451 aa  395  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  52.75 
 
 
431 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  52.36 
 
 
435 aa  360  3e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  50.68 
 
 
448 aa  358  7e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  54.92 
 
 
455 aa  358  7e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  53.74 
 
 
438 aa  351  2e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  51.03 
 
 
438 aa  347  2e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  48.15 
 
 
456 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  54.34 
 
 
433 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  48.92 
 
 
462 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  45.43 
 
 
442 aa  332  7.000000000000001e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  48.19 
 
 
441 aa  332  8e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  45.43 
 
 
442 aa  332  9e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  49.66 
 
 
445 aa  331  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 
457 aa  330  4e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  47.56 
 
 
449 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  45.23 
 
 
442 aa  322  6e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  46.49 
 
 
428 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  48.05 
 
 
460 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  46.92 
 
 
429 aa  317  3e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  45.96 
 
 
442 aa  312  7.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  42.79 
 
 
436 aa  306  7e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  48.21 
 
 
437 aa  304  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  45.21 
 
 
437 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  47.38 
 
 
428 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  45.64 
 
 
440 aa  299  6e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  49.45 
 
 
447 aa  299  8e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  46.91 
 
 
428 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 
441 aa  295  8e-79  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  36.38 
 
 
439 aa  292  9e-78  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  40.72 
 
 
435 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  41.77 
 
 
454 aa  282  8.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  43.34 
 
 
428 aa  281  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 
454 aa  280  4e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 
454 aa  280  5e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 
454 aa  280  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 
454 aa  280  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  44.52 
 
 
437 aa  280  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 
454 aa  279  6e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  37.98 
 
 
473 aa  279  6e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  37.98 
 
 
452 aa  279  7e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  45.68 
 
 
444 aa  279  8e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  40.26 
 
 
454 aa  278  1e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 
454 aa  278  1e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  40.26 
 
 
454 aa  278  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  40.31 
 
 
454 aa  276  5e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  40.26 
 
 
453 aa  275  8e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  40.65 
 
 
454 aa  275  8e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  40.31 
 
 
467 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  40.31 
 
 
454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 
454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  40.31 
 
 
467 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  40.31 
 
 
454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  40.31 
 
 
467 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  41.07 
 
 
448 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  40.43 
 
 
454 aa  272  7e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  45.75 
 
 
419 aa  271  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  40.79 
 
 
453 aa  271  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 
454 aa  271  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56161  predicted protein  36.48 
 
 
478 aa  270  4e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2845  tRNA modification GTPase TrmE  51.36 
 
 
440 aa  270  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0598385 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 
454 aa  270  5e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 
454 aa  270  5.9999999999999995e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  39.74 
 
 
454 aa  269  8e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  39.21 
 
 
455 aa  268  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  41.56 
 
 
489 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  35.48 
 
 
458 aa  267  2.9999999999999995e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  37.55 
 
 
457 aa  266  4e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  39.3 
 
 
455 aa  266  5e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  38.89 
 
 
475 aa  266  5.999999999999999e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  42.47 
 
 
426 aa  266  5.999999999999999e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  37.93 
 
 
455 aa  265  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  38.26 
 
 
464 aa  265  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  37.88 
 
 
453 aa  264  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  37.66 
 
 
453 aa  264  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  40.12 
 
 
469 aa  264  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  47.31 
 
 
419 aa  264  3e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  37.66 
 
 
453 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  40.45 
 
 
437 aa  263  4.999999999999999e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  37.66 
 
 
453 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  43.93 
 
 
446 aa  263  6e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  37.07 
 
 
479 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  37.88 
 
 
453 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  41.27 
 
 
455 aa  260  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2084  tRNA modification GTPase TrmE  39.27 
 
 
457 aa  259  6e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.103263  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  42.64 
 
 
460 aa  259  6e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  36.96 
 
 
453 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  40.61 
 
 
458 aa  259  7e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  37.9 
 
 
466 aa  259  7e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  37.64 
 
 
453 aa  259  7e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  37.17 
 
 
453 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  39.27 
 
 
461 aa  258  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  36.96 
 
 
453 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  37.06 
 
 
452 aa  258  1e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>