More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3865 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  73.17 
 
 		 454 aa  686    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  73.39 
 
 		 454 aa  687    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 453 aa  918    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  72.35 
 
 		 454 aa  684    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  73.23 
 
 		 454 aa  692    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  73.39 
 
 		 454 aa  687    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  73.39 
 
 		 454 aa  687    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  88.08 
 
 		 457 aa  822    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 		 467 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  72.06 
 
 		 453 aa  662    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  73.39 
 
 		 454 aa  687    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  73.17 
 
 		 454 aa  675    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  72.95 
 
 		 454 aa  682    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  71.52 
 
 		 464 aa  668    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  89.62 
 
 		 453 aa  833    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  72.57 
 
 		 454 aa  684    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  89.62 
 
 		 453 aa  833    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  71.08 
 
 		 455 aa  664    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  72.12 
 
 		 454 aa  680    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  90.07 
 
 		 453 aa  844    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  89.4 
 
 		 453 aa  832    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  86.75 
 
 		 453 aa  800    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  73.61 
 
 		 454 aa  688    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  72.57 
 
 		 454 aa  686    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3774  tRNA modification GTPase TrmE  88.52 
 
 		 466 aa  817    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0161001  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 		 467 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  90.29 
 
 		 453 aa  842    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  89.18 
 
 		 453 aa  834    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 		 454 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  70 
 
 		 455 aa  654    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  68.22 
 
 		 460 aa  637    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  73.84 
 
 		 454 aa  692    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 		 454 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  74.28 
 
 		 467 aa  693    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  72.63 
 
 		 453 aa  682    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  88.74 
 
 		 453 aa  826    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  88.74 
 
 		 453 aa  827    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  87.64 
 
 		 453 aa  822    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  72.79 
 
 		 454 aa  682    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  73.17 
 
 		 454 aa  686    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  88.96 
 
 		 479 aa  827    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  88.74 
 
 		 453 aa  827    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  72.63 
 
 		 453 aa  683    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  88.3 
 
 		 453 aa  825    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  73.17 
 
 		 454 aa  686    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  66.74 
 
 		 462 aa  616  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  68.43 
 
 		 452 aa  617  1e-175  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  66 
 
 		 459 aa  594  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  64.24 
 
 		 456 aa  591  1e-168  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  64.68 
 
 		 456 aa  591  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  64.4 
 
 		 471 aa  586  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  63.11 
 
 		 458 aa  568  1e-161  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  63.27 
 
 		 455 aa  571  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  62.83 
 
 		 475 aa  567  1e-160  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  62.47 
 
 		 456 aa  559  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  61.5 
 
 		 456 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  61.42 
 
 		 455 aa  557  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6368  tRNA modification GTPase TrmE  62.44 
 
 		 455 aa  554  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  61.81 
 
 		 456 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  61.37 
 
 		 456 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  61.28 
 
 		 456 aa  548  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  61.37 
 
 		 456 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  61.37 
 
 		 456 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  60.93 
 
 		 455 aa  542  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  56.83 
 
 		 446 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  56.83 
 
 		 446 aa  498  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  53.56 
 
 		 473 aa  488  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  53.56 
 
 		 452 aa  489  1e-137  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0137  tRNA modification GTPase TrmE  52.97 
 
 		 457 aa  478  1e-133  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.210433  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  52.77 
 
 		 458 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  55.11 
 
 		 446 aa  457  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  53.32 
 
 		 448 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  51.37 
 
 		 478 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  53.15 
 
 		 486 aa  448  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  53.52 
 
 		 448 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  53.03 
 
 		 467 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3152  tRNA modification GTPase TrmE  53.78 
 
 		 464 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000246642 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  52.99 
 
 		 448 aa  444  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  54.29 
 
 		 444 aa  441  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  49.89 
 
 		 478 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  51.57 
 
 		 482 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  51.91 
 
 		 473 aa  439  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3096  tRNA modification GTPase TrmE  51.83 
 
 		 466 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000134747 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2547  tRNA modification GTPase TrmE  52.48 
 
 		 464 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0461446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3161  tRNA modification GTPase TrmE  52.48 
 
 		 464 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399046  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3179  tRNA modification GTPase TrmE  52.48 
 
 		 464 aa  438  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0373252  hitchhiker  0.000409063 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4241  tRNA modification GTPase TrmE  51.91 
 
 		 469 aa  435  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.207719  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  51.83 
 
 		 464 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  52.38 
 
 		 481 aa  432  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3097  tRNA modification GTPase TrmE  51.83 
 
 		 464 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151562  normal  0.0117151 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6518  tRNA modification GTPase TrmE  52.05 
 
 		 464 aa  434  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4469  tRNA modification GTPase TrmE  52.04 
 
 		 464 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5298  tRNA modification GTPase TrmE  50.85 
 
 		 471 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3213  tRNA modification GTPase TrmE  52.04 
 
 		 489 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  49.78 
 
 		 446 aa  430  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3456  tRNA modification GTPase TrmE  51.95 
 
 		 481 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3456  tRNA modification GTPase TrmE  52.62 
 
 		 475 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2824  tRNA modification GTPase TrmE  53.78 
 
 		 446 aa  427  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3755  tRNA modification GTPase TrmE  52.38 
 
 		 481 aa  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3610  tRNA modification GTPase TrmE  51.91 
 
 		 475 aa  427  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>