92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2712 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  100 
 
 		 413 aa  827    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04059  O-Antigen Polymerase family  32.44 
 
 		 425 aa  155  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0980  hypothetical protein  29.57 
 
 		 409 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0861  O-antigen polymerase  29.57 
 
 		 409 aa  127  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2006  O-antigen polymerase  27.78 
 
 		 426 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.188841  normal  0.439827 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2401  O-antigen polymerase  34.52 
 
 		 426 aa  94.4  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0523174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3774  O-antigen polymerase  29.39 
 
 		 439 aa  82.4  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0160  O-antigen ligase WaaL  26.14 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0263  O-antigen ligase WaaL  26.14 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  29.81 
 
 		 754 aa  74.3  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2617  hypothetical protein  24.32 
 
 		 399 aa  73.2  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2478  O-antigen polymerase  25.38 
 
 		 415 aa  73.2  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0969  O-antigen polymerase  29.31 
 
 		 446 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.948168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3959  O-antigen polymerase  26.07 
 
 		 417 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0194478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2204  hypothetical protein  24.62 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.556953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18850  O-antigen polymerase  25.16 
 
 		 393 aa  66.2  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4049  O-antigen polymerase  27.04 
 
 		 417 aa  65.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0576542  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3833  O-antigen polymerase  26.5 
 
 		 417 aa  64.3  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000244631  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0087  O-antigen polymerase  26.5 
 
 		 417 aa  64.3  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0556509  normal  0.17743 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4125  O-antigen polymerase  26.5 
 
 		 417 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.314741  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1699  O-antigen polymerase  27.44 
 
 		 401 aa  63.5  0.000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03479  Lipid A-core, surface polymer ligase  26.07 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4372  O-antigen polymerase  28.12 
 
 		 427 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03430  hypothetical protein  26.07 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0910551  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4374  O-antigen polymerase  27.75 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0319  O-antigen polymerase  25.23 
 
 		 422 aa  61.2  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0267  O-antigen polymerase  27.87 
 
 		 430 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1511  O-antigen polymerase  28.16 
 
 		 436 aa  60.8  0.00000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.995807  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0083  O-antigen polymerase  25.61 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0973021  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5652  O-antigen polymerase  28.3 
 
 		 426 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1698  O-antigen polymerase  27.62 
 
 		 426 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2310  O-antigen polymerase  27.62 
 
 		 426 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0418  O-antigen polymerase  26.06 
 
 		 431 aa  59.3  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2333  O-antigen polymerase  27.3 
 
 		 426 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0425881 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0759  O-antigen polymerase  27.73 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.402812  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1429  O-antigen polymerase  26.75 
 
 		 405 aa  57  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2801  O-antigen polymerase  28.57 
 
 		 434 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1811  O-antigen polymerase  27.92 
 
 		 417 aa  53.1  0.000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0184  O-antigen polymerase  25.87 
 
 		 435 aa  52.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.146439  normal  0.684402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0232  O-antigen polymerase family protein  24.53 
 
 		 417 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0581783  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0408  O-antigen polymerase  24.53 
 
 		 407 aa  52.4  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264178 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0108  exopolysaccharide production protein, putative  26.8 
 
 		 441 aa  52.4  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0609  O-antigen polymerase  25.77 
 
 		 419 aa  52.4  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5389  O-antigen polymerase (wzy)  24.86 
 
 		 405 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.933006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5667  putative O-antigen ligase  23.45 
 
 		 427 aa  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4808  O-antigen polymerase  27.78 
 
 		 391 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3078  O-antigen polymerase  25 
 
 		 500 aa  48.5  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  30.53 
 
 		 512 aa  48.9  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4936  O-antigen polymerase  25.89 
 
 		 391 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1374  O-antigen polymerase  30.1 
 
 		 426 aa  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.247054  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0333  O-antigen polymerase  21.65 
 
 		 416 aa  47.8  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3581  O-antigen polymerase  27.85 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4985  O-antigen polymerase  24.37 
 
 		 391 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0650  O-antigen polymerase family protein  30.58 
 
 		 595 aa  47.4  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1258  hypothetical protein  29.38 
 
 		 448 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.627245  normal  0.383211 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1804  hypothetical protein  30.22 
 
 		 410 aa  47.4  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0307014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0780  O-antigen polymerase  26.96 
 
 		 415 aa  47.4  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.292399  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0884  hypothetical protein  37.04 
 
 		 416 aa  47.4  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2229  O-antigen polymerase  26.47 
 
 		 426 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.541391  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0853  hypothetical protein  37.04 
 
 		 416 aa  47  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2349  O-antigen polymerase  26.47 
 
 		 426 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0206  O-antigen polymerase  25 
 
 		 444 aa  46.6  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1694  O-antigen polymerase  25.26 
 
 		 446 aa  47  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000414796  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2009  O-antigen polymerase  24.53 
 
 		 459 aa  46.2  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1980  O-antigen polymerase  25.55 
 
 		 396 aa  45.8  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.638067 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0980  O-antigen polymerase family protein  29.75 
 
 		 661 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0279  O-antigen polymerase family protein  29.75 
 
 		 595 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.297863  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0010  O-antigen polymerase family protein  29.75 
 
 		 595 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2679  O-antigen polymerase family protein  29.75 
 
 		 595 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2397  O-antigen polymerase family protein  29.75 
 
 		 595 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233574  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0817  O-antigen polymerase family protein  29.75 
 
 		 595 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0392  O-antigen polymerase  30.09 
 
 		 398 aa  45.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000178586  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2053  O-antigen polymerase  28.33 
 
 		 405 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0821  O-antigen polymerase family protein  29.75 
 
 		 595 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  30.59 
 
 		 531 aa  45.1  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0489  O-antigen polymerase  28.95 
 
 		 605 aa  45.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2125  O-antigen polymerase  26.67 
 
 		 425 aa  44.7  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2212  O-antigen polymerase  25.32 
 
 		 415 aa  44.7  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0880149  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3287  hypothetical protein  27.43 
 
 		 448 aa  44.3  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0988  putative lipoprotein  25.84 
 
 		 466 aa  44.3  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2638  O-antigen polymerase  31.25 
 
 		 428 aa  44.3  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0257  O-antigen polymerase  24.2 
 
 		 419 aa  44.3  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2737  O-antigen polymerase  32.87 
 
 		 542 aa  43.9  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2436  O-antigen polymerase  32.47 
 
 		 894 aa  43.9  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1351  O-antigen polymerase  27.37 
 
 		 448 aa  43.9  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0665  O-antigen polymerase  32.86 
 
 		 436 aa  43.9  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.658587 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1851  hypothetical protein  26.19 
 
 		 429 aa  43.5  0.007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3401  polysaccharide deacetylase  28.32 
 
 		 464 aa  43.5  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.264275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2455  O-antigen polymerase  27.1 
 
 		 435 aa  43.5  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0818595  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3570  O-antigen polymerase  35.79 
 
 		 472 aa  43.1  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.808041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2461  O-antigen polymerase  25 
 
 		 580 aa  43.1  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.913597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0338  O-antigen ligase  26.19 
 
 		 436 aa  43.1  0.009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>