12 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0257 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0257  O-antigen polymerase  100 
 
 		 419 aa  822    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0319  O-antigen polymerase  29.13 
 
 		 422 aa  52.8  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2053  O-antigen polymerase  32.85 
 
 		 405 aa  51.2  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1980  O-antigen polymerase  25.89 
 
 		 396 aa  48.9  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.638067 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002359  lipid A core-O-antigen ligase  27.18 
 
 		 561 aa  49.3  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2501  O-antigen polymerase  26.32 
 
 		 784 aa  45.8  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0423  O-antigen polymerase  27.78 
 
 		 557 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.955955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  24.2 
 
 		 413 aa  44.3  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03709  hypothetical protein  25.71 
 
 		 594 aa  43.9  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0408  O-antigen polymerase  25.58 
 
 		 407 aa  43.5  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264178 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0232  O-antigen polymerase family protein  25.58 
 
 		 417 aa  43.5  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0581783  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2750  O-antigen polymerase  25.57 
 
 		 489 aa  43.5  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205692 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>