16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4374 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4374  O-antigen polymerase  100 
 
 
410 aa  811    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4372  O-antigen polymerase  35.11 
 
 
427 aa  216  7e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0083  O-antigen polymerase  32.83 
 
 
419 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0973021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4049  O-antigen polymerase  30.52 
 
 
417 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0576542  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3833  O-antigen polymerase  30.27 
 
 
417 aa  153  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000244631  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0087  O-antigen polymerase  30.27 
 
 
417 aa  153  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0556509  normal  0.17743 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4125  O-antigen polymerase  30.27 
 
 
417 aa  152  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.314741  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03479  Lipid A-core, surface polymer ligase  30.27 
 
 
417 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3959  O-antigen polymerase  30.23 
 
 
417 aa  152  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0194478  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03430  hypothetical protein  30.27 
 
 
417 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0910551  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0160  O-antigen ligase WaaL  32.09 
 
 
408 aa  77.4  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0263  O-antigen ligase WaaL  32.09 
 
 
408 aa  77.4  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  27.75 
 
 
413 aa  61.6  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1241  hypothetical protein  29.12 
 
 
396 aa  45.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0759  O-antigen polymerase  24.1 
 
 
430 aa  44.3  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.402812  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2006  O-antigen polymerase  20.83 
 
 
426 aa  43.5  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.188841  normal  0.439827 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>