35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5667 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5667  putative O-antigen ligase  100 
 
 
427 aa  849    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304337  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2801  O-antigen polymerase  58.94 
 
 
434 aa  473  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7045  putative O-antigen polymerase  47.59 
 
 
448 aa  332  9e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2410  O-antigen polymerase  43.88 
 
 
426 aa  311  2e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.231968 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1698  O-antigen polymerase  29.36 
 
 
426 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2310  O-antigen polymerase  29.36 
 
 
426 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2333  O-antigen polymerase  29.09 
 
 
426 aa  93.2  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0425881 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5652  O-antigen polymerase  29.77 
 
 
426 aa  87.8  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2349  O-antigen polymerase  28.49 
 
 
426 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2229  O-antigen polymerase  28.2 
 
 
426 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.541391  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0338  O-antigen ligase  22.53 
 
 
436 aa  72.4  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1851  hypothetical protein  22.53 
 
 
429 aa  72.4  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1774  O-antigen polymerase  25.77 
 
 
418 aa  68.6  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00226394  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1804  hypothetical protein  27.81 
 
 
410 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0307014 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0853  hypothetical protein  24.37 
 
 
416 aa  60.5  0.00000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2075  O-antigen polymerase  24.05 
 
 
432 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.123759  normal  0.0828112 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0392  O-antigen polymerase  24.56 
 
 
398 aa  57.8  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000178586  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0884  hypothetical protein  23.32 
 
 
416 aa  57.8  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4092  O-antigen polymerase  23.75 
 
 
415 aa  57.4  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3515  O-antigen polymerase domain-containing protein  24.81 
 
 
410 aa  57  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0851  O-antigen polymerase domain-containing protein  24.81 
 
 
410 aa  57  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.852584 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3646  O-antigen polymerase  24.81 
 
 
410 aa  57  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2006  O-antigen polymerase  27.74 
 
 
426 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.188841  normal  0.439827 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0418  O-antigen polymerase  23.14 
 
 
431 aa  51.6  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  23.45 
 
 
413 aa  50.1  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1811  O-antigen polymerase  26.14 
 
 
417 aa  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2617  hypothetical protein  23.95 
 
 
399 aa  45.1  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0614  hypothetical protein  24.85 
 
 
759 aa  45.1  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.865604  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0160  O-antigen ligase WaaL  27.83 
 
 
408 aa  45.1  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0263  O-antigen ligase WaaL  27.83 
 
 
408 aa  45.1  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0615  hypothetical protein  24.77 
 
 
703 aa  44.3  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.370403  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0634  O-antigen polymerase  30.43 
 
 
415 aa  44.3  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.60095 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1429  O-antigen polymerase  27 
 
 
405 aa  43.9  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2638  O-antigen polymerase  21.52 
 
 
428 aa  43.9  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1980  O-antigen polymerase  31.25 
 
 
396 aa  43.1  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.638067 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>