69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0489 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0489  O-antigen polymerase  100 
 
 		 605 aa  1189    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  45.79 
 
 		 531 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4672  O-antigen polymerase  30.6 
 
 		 503 aa  123  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5178  O-antigen polymerase  29.96 
 
 		 565 aa  117  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3942  O-antigen polymerase  28.64 
 
 		 506 aa  113  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00471657 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0844  O-antigen polymerase  29.57 
 
 		 556 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153781 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3650  O-antigen polymerase  37.45 
 
 		 517 aa  104  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.320613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2194  O-antigen polymerase  36.18 
 
 		 582 aa  101  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0534  O-antigen polymerase  31.13 
 
 		 607 aa  100  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.462274  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2960  O-antigen polymerase  37.09 
 
 		 517 aa  99.8  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00194737  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0466  O-antigen polymerase  28.47 
 
 		 589 aa  92  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.285163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4673  O-antigen polymerase  28.83 
 
 		 560 aa  89.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0559  hypothetical protein  28.51 
 
 		 569 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.261302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4780  O-antigen polymerase  29.11 
 
 		 594 aa  85.5  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793749  normal  0.179192 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4036  O-antigen polymerase  31.71 
 
 		 516 aa  85.1  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2674  O-antigen polymerase  28.84 
 
 		 592 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2034  O-antigen polymerase  28.84 
 
 		 592 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2645  O-antigen polymerase  28.84 
 
 		 592 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4678  O-antigen polymerase  27.88 
 
 		 556 aa  79  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0474  O-antigen polymerase  28.21 
 
 		 595 aa  77  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0650  O-antigen polymerase family protein  29.23 
 
 		 595 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0980  O-antigen polymerase family protein  28.06 
 
 		 661 aa  75.5  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0010  O-antigen polymerase family protein  28.57 
 
 		 595 aa  74.7  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0817  O-antigen polymerase family protein  28.57 
 
 		 595 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2397  O-antigen polymerase family protein  28.57 
 
 		 595 aa  74.7  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233574  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0279  O-antigen polymerase family protein  28.57 
 
 		 595 aa  74.7  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.297863  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2679  O-antigen polymerase family protein  28.57 
 
 		 595 aa  74.7  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0821  O-antigen polymerase family protein  28.57 
 
 		 595 aa  73.9  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0657  O-antigen polymerase  29.3 
 
 		 593 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5972  O-antigen polymerase  27.73 
 
 		 592 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0743128 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0456  hypothetical protein  26.92 
 
 		 438 aa  66.6  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0678  hypothetical protein  26.47 
 
 		 594 aa  64.3  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.206131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0464  O-antigen polymerase  26.87 
 
 		 590 aa  63.5  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0479  O-antigen polymerase  26.8 
 
 		 578 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.575245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3288  O-antigen polymerase  27.85 
 
 		 594 aa  62  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.709506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1077  O-antigen polymerase  23.53 
 
 		 433 aa  62  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.9264  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1264  O-antigen polymerase  28.18 
 
 		 555 aa  62  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339425  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2566  O-antigen polymerase  27.29 
 
 		 592 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2692  O-antigen polymerase  28.57 
 
 		 592 aa  60.5  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341855  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  27.78 
 
 		 754 aa  60.5  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1388  O-antigen polymerase  28.36 
 
 		 452 aa  59.7  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0448  O-antigen polymerase  25.4 
 
 		 596 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.134695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24401  bicarbonate transporter, ICT family protein  27.88 
 
 		 436 aa  52.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3781  O-antigen polymerase  26.2 
 
 		 477 aa  51.6  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03709  hypothetical protein  27.82 
 
 		 594 aa  50.8  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1029  putative O-antigen polymerase, putative membrane protein  29.07 
 
 		 455 aa  50.4  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.384191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18371  hypothetical protein  37.18 
 
 		 443 aa  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6500  O-antigen polymerase  34.33 
 
 		 794 aa  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1297  hypothetical protein  27.78 
 
 		 444 aa  47.8  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.289978  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  26.56 
 
 		 413 aa  47.4  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2455  O-antigen polymerase  29.21 
 
 		 435 aa  47.4  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0818595  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4110  O-antigen polymerase  25.9 
 
 		 930 aa  47  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0083  membrane protein  30.28 
 
 		 443 aa  46.6  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.735968  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4808  O-antigen polymerase  32.74 
 
 		 391 aa  47  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4936  O-antigen polymerase  32.74 
 
 		 391 aa  47  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02624  membrane protein  27.95 
 
 		 431 aa  46.2  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1908  O-antigen polymerase  31.13 
 
 		 472 aa  46.2  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0069  O-antigen polymerase  30.28 
 
 		 443 aa  45.4  0.003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2813  O-antigen polymerase  18.24 
 
 		 773 aa  45.4  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192356  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4985  O-antigen polymerase  29.84 
 
 		 391 aa  45.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0024  O-antigen polymerase  27.98 
 
 		 456 aa  45.1  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2436  O-antigen polymerase  37.84 
 
 		 894 aa  45.1  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2811  hypothetical protein  27.3 
 
 		 597 aa  44.3  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30011  hypothetical protein  31.37 
 
 		 437 aa  44.7  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.562127 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0234  O-antigen polymerase  35.53 
 
 		 402 aa  44.7  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002359  lipid A core-O-antigen ligase  26.39 
 
 		 561 aa  43.9  0.008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1764  O-antigen polymerase  31.05 
 
 		 560 aa  43.9  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2694  O-antigen polymerase  30.77 
 
 		 535 aa  43.9  0.009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.247958  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4116  O-antigen polymerase  29.17 
 
 		 540 aa  43.9  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0014553  hitchhiker  0.00000561153 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>