62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0474 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A0534  O-antigen polymerase  63.53 
 
 
607 aa  754    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.462274  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0474  O-antigen polymerase  100 
 
 
595 aa  1189    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0678  hypothetical protein  31.21 
 
 
594 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.206131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0466  O-antigen polymerase  30.6 
 
 
589 aa  195  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.285163  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0464  O-antigen polymerase  30.74 
 
 
590 aa  195  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.325512  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3288  O-antigen polymerase  30.89 
 
 
594 aa  192  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.709506  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0448  O-antigen polymerase  30 
 
 
596 aa  183  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.134695  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2674  O-antigen polymerase  30.58 
 
 
592 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2645  O-antigen polymerase  30.58 
 
 
592 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2034  O-antigen polymerase  30.58 
 
 
592 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0279  O-antigen polymerase family protein  29.52 
 
 
595 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.297863  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0010  O-antigen polymerase family protein  29.52 
 
 
595 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0821  O-antigen polymerase family protein  29.52 
 
 
595 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0817  O-antigen polymerase family protein  29.52 
 
 
595 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2397  O-antigen polymerase family protein  29.52 
 
 
595 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233574  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2679  O-antigen polymerase family protein  29.52 
 
 
595 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0657  O-antigen polymerase  30.45 
 
 
593 aa  172  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0650  O-antigen polymerase family protein  29.35 
 
 
595 aa  172  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0980  O-antigen polymerase family protein  29.77 
 
 
661 aa  169  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0559  hypothetical protein  30.35 
 
 
569 aa  168  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.261302  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5972  O-antigen polymerase  30.45 
 
 
592 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0743128 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2692  O-antigen polymerase  29.27 
 
 
592 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341855  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2566  O-antigen polymerase  28.94 
 
 
592 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.968292  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0479  O-antigen polymerase  30.43 
 
 
578 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.575245  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5178  O-antigen polymerase  29.48 
 
 
565 aa  114  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4672  O-antigen polymerase  29.7 
 
 
503 aa  91.7  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4678  O-antigen polymerase  23.73 
 
 
556 aa  86.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  30.06 
 
 
531 aa  85.1  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3942  O-antigen polymerase  28.27 
 
 
506 aa  85.1  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00471657 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4673  O-antigen polymerase  26.02 
 
 
560 aa  77  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0489  O-antigen polymerase  28.46 
 
 
605 aa  67.4  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2813  O-antigen polymerase  22.26 
 
 
773 aa  65.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192356  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4780  O-antigen polymerase  27.76 
 
 
594 aa  64.7  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793749  normal  0.179192 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2194  O-antigen polymerase  27.88 
 
 
582 aa  60.8  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4036  O-antigen polymerase  28.03 
 
 
516 aa  59.3  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2960  O-antigen polymerase  25.96 
 
 
517 aa  56.2  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00194737  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0844  O-antigen polymerase  28.29 
 
 
556 aa  54.3  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.153781 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3650  O-antigen polymerase  26.62 
 
 
517 aa  53.5  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.320613  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0242  hypothetical protein  23.47 
 
 
586 aa  52.8  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0427625  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1940  O-antigen polymerase  34.82 
 
 
453 aa  51.2  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1264  O-antigen polymerase  26.33 
 
 
555 aa  50.1  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.339425  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0368  O-antigen polymerase  21.92 
 
 
579 aa  50.1  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1511  O-antigen polymerase  33.33 
 
 
436 aa  49.3  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.995807  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18850  O-antigen polymerase  33.33 
 
 
393 aa  48.5  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0609  O-antigen polymerase  29.01 
 
 
419 aa  48.5  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2018  O-antigen polymerase  31.75 
 
 
490 aa  48.5  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0494164  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002359  lipid A core-O-antigen ligase  23.36 
 
 
561 aa  47  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0142  O-antigen polymerase  27.15 
 
 
496 aa  45.8  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0300218 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0963  O-antigen polymerase  28.68 
 
 
460 aa  46.2  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.18005  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2284  O-antigen polymerase  24.56 
 
 
452 aa  45.1  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02624  membrane protein  29.57 
 
 
431 aa  45.4  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03709  hypothetical protein  23.14 
 
 
594 aa  45.4  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2516  O-antigen polymerase  34.57 
 
 
686 aa  45.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.549504  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2896  O-antigen polymerase family protein  34.57 
 
 
686 aa  45.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2346  O-antigen polymerase  25.73 
 
 
481 aa  45.1  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3347  O-antigen polymerase  33.08 
 
 
443 aa  44.7  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0410  O-antigen polymerase  29.11 
 
 
552 aa  44.7  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  31.62 
 
 
754 aa  44.3  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1087  O-antigen polymerase  20.89 
 
 
612 aa  44.3  0.006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0665  O-antigen polymerase  27.69 
 
 
436 aa  44.3  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.658587 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0515  O-antigen polymerase  20.7 
 
 
1090 aa  43.9  0.009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0340666  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0657  O-antigen polymerase  29.79 
 
 
588 aa  43.9  0.009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0056678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>