48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1077 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1077  O-antigen polymerase  100 
 
 		 433 aa  876    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.9264  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02473  O-antigen polymerase  47.54 
 
 		 470 aa  376  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0456  hypothetical protein  46.99 
 
 		 438 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1388  O-antigen polymerase  38.61 
 
 		 452 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1173  hypothetical protein  36.9 
 
 		 457 aa  211  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00922176  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2403  O-antigen polymerase  31.82 
 
 		 509 aa  175  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.166063  normal  0.151725 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  27.51 
 
 		 754 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1838  O-antigen polymerase  26.73 
 
 		 785 aa  104  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  28.75 
 
 		 512 aa  104  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1908  O-antigen polymerase  26.03 
 
 		 472 aa  99  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2985  endo-1,4-beta-xylanase protein (exopolysaccharide export)  28.72 
 
 		 474 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3233  endo-1,4-beta-xylanase protein (exopolysaccharide export)  28.46 
 
 		 474 aa  80.1  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4110  O-antigen polymerase  26.61 
 
 		 930 aa  78.2  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1503  binding-protein-dependent transport system protein  24.85 
 
 		 501 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.200132  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3781  O-antigen polymerase  25.42 
 
 		 477 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3326  O-antigen polymerase  24.73 
 
 		 502 aa  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3039  putative binding-protein-dependent transport system protein  27.53 
 
 		 341 aa  63.9  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.148382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3440  O-antigen polymerase  23.88 
 
 		 508 aa  63.2  0.000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1492  hypothetical protein  29.71 
 
 		 468 aa  59.3  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1029  putative O-antigen polymerase, putative membrane protein  26.86 
 
 		 455 aa  58.9  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.384191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4434  O-antigen polymerase  24.04 
 
 		 474 aa  57  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  27.63 
 
 		 531 aa  56.6  0.0000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3580  O-antigen polymerase  29.03 
 
 		 504 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4268  O-antigen polymerase  26.92 
 
 		 503 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.209068 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2501  O-antigen polymerase  26.09 
 
 		 784 aa  55.5  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2813  O-antigen polymerase  22.99 
 
 		 773 aa  53.5  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192356  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3650  O-antigen polymerase  26.02 
 
 		 517 aa  53.5  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.320613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4815  O-antigen polymerase  26.38 
 
 		 466 aa  52.4  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.629862  normal  0.577158 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3247  O-antigen polymerase  26.79 
 
 		 452 aa  51.6  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2750  O-antigen polymerase  25.52 
 
 		 489 aa  50.8  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205692 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1664  O-antigen polymerase  26.35 
 
 		 806 aa  50.8  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0234  O-antigen polymerase  25.74 
 
 		 402 aa  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2638  O-antigen polymerase  23.81 
 
 		 428 aa  47.4  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4985  O-antigen polymerase  25 
 
 		 391 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0127  hypothetical protein  23.46 
 
 		 845 aa  46.2  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2346  O-antigen polymerase  27.68 
 
 		 1009 aa  45.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0470801  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13891  hypothetical protein  28.95 
 
 		 416 aa  45.4  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4213  O-antigen polymerase  26.96 
 
 		 430 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.144935  normal  0.568033 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2516  O-antigen polymerase  34.85 
 
 		 686 aa  45.1  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.549504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2896  O-antigen polymerase family protein  34.85 
 
 		 686 aa  45.1  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2960  O-antigen polymerase  26.02 
 
 		 517 aa  44.7  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00194737  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3495  hypothetical protein  30.49 
 
 		 617 aa  44.3  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000341769  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0489  O-antigen polymerase  23.28 
 
 		 605 aa  44.3  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3244  O-antigen polymerase  29.66 
 
 		 501 aa  44.3  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.555329  normal  0.922939 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0845  hypothetical protein  29.52 
 
 		 537 aa  43.5  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.149779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4936  O-antigen polymerase  24.65 
 
 		 391 aa  43.5  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2018  O-antigen polymerase  31.62 
 
 		 456 aa  43.1  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1186  Tetratricopeptide domain protein  25.68 
 
 		 829 aa  43.1  0.01  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0301041  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>