37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1908 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1908  O-antigen polymerase  100 
 
 		 472 aa  916    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1492  hypothetical protein  37.99 
 
 		 468 aa  171  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3233  endo-1,4-beta-xylanase protein (exopolysaccharide export)  33.56 
 
 		 474 aa  143  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2985  endo-1,4-beta-xylanase protein (exopolysaccharide export)  31.7 
 
 		 474 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1029  putative O-antigen polymerase, putative membrane protein  29.7 
 
 		 455 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.384191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1077  O-antigen polymerase  26.24 
 
 		 433 aa  103  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.9264  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1388  O-antigen polymerase  26 
 
 		 452 aa  95.9  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02473  O-antigen polymerase  25.85 
 
 		 470 aa  90.5  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2403  O-antigen polymerase  22.67 
 
 		 509 aa  89.4  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.166063  normal  0.151725 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  25.71 
 
 		 754 aa  87.4  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1503  binding-protein-dependent transport system protein  29.9 
 
 		 501 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.200132  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  31.19 
 
 		 512 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3781  O-antigen polymerase  24.47 
 
 		 477 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0456  hypothetical protein  27.93 
 
 		 438 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4110  O-antigen polymerase  25.27 
 
 		 930 aa  76.6  0.0000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3039  putative binding-protein-dependent transport system protein  28.28 
 
 		 341 aa  68.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.148382  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1173  hypothetical protein  28.61 
 
 		 457 aa  68.6  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00922176  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1838  O-antigen polymerase  25.42 
 
 		 785 aa  66.6  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3326  O-antigen polymerase  27.79 
 
 		 502 aa  63.9  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2194  O-antigen polymerase  34.87 
 
 		 582 aa  59.3  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1186  Tetratricopeptide domain protein  31.5 
 
 		 829 aa  54.7  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0301041  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3650  O-antigen polymerase  32.73 
 
 		 517 aa  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.320613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2960  O-antigen polymerase  32.73 
 
 		 517 aa  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00194737  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0357  inorganic carbon transporter  25.51 
 
 		 467 aa  49.7  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.152421  normal  0.510876 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2516  O-antigen polymerase  29.28 
 
 		 686 aa  49.3  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.549504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2896  O-antigen polymerase family protein  29.28 
 
 		 686 aa  49.3  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  30.43 
 
 		 531 aa  49.3  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3942  O-antigen polymerase  31.97 
 
 		 506 aa  48.5  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00471657 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6500  O-antigen polymerase  28.43 
 
 		 794 aa  46.6  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0234  O-antigen polymerase  27.52 
 
 		 402 aa  46.6  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3247  O-antigen polymerase  27.3 
 
 		 452 aa  46.2  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0844  O-antigen polymerase  26.41 
 
 		 556 aa  45.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153781 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0489  O-antigen polymerase  29.08 
 
 		 605 aa  44.7  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4815  hypothetical protein  24.4 
 
 		 521 aa  44.7  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3440  O-antigen polymerase  28.89 
 
 		 508 aa  43.9  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4237  O-antigen polymerase  23.81 
 
 		 429 aa  43.9  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.201172  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2813  O-antigen polymerase  17.21 
 
 		 773 aa  43.5  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192356  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>