38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1388 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1388  O-antigen polymerase  100 
 
 		 452 aa  917    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0456  hypothetical protein  39.1 
 
 		 438 aa  278  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1077  O-antigen polymerase  37.63 
 
 		 433 aa  268  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.9264  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02473  O-antigen polymerase  34.54 
 
 		 470 aa  258  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1173  hypothetical protein  34.81 
 
 		 457 aa  194  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00922176  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2403  O-antigen polymerase  29.57 
 
 		 509 aa  152  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.166063  normal  0.151725 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  28.61 
 
 		 512 aa  97.8  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1908  O-antigen polymerase  25.71 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  26.01 
 
 		 754 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3039  putative binding-protein-dependent transport system protein  30.8 
 
 		 341 aa  73.6  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.148382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3326  O-antigen polymerase  24.71 
 
 		 502 aa  70.9  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1503  binding-protein-dependent transport system protein  23.54 
 
 		 501 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.200132  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1838  O-antigen polymerase  26.49 
 
 		 785 aa  67.4  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2985  endo-1,4-beta-xylanase protein (exopolysaccharide export)  31.62 
 
 		 474 aa  63.2  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.161318  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0234  O-antigen polymerase  25 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2750  O-antigen polymerase  23.05 
 
 		 489 aa  58.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205692 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1664  O-antigen polymerase  30.43 
 
 		 806 aa  54.3  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03709  hypothetical protein  25.73 
 
 		 594 aa  52.8  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3233  endo-1,4-beta-xylanase protein (exopolysaccharide export)  31.63 
 
 		 474 aa  51.2  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0127  hypothetical protein  26.11 
 
 		 845 aa  50.8  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  26.87 
 
 		 531 aa  48.9  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002359  lipid A core-O-antigen ligase  26.63 
 
 		 561 aa  48.9  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1804  hypothetical protein  26.54 
 
 		 410 aa  48.9  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0307014 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3597  O-antigen polymerase  23.86 
 
 		 438 aa  48.5  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.312058 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3440  O-antigen polymerase  23.66 
 
 		 508 aa  48.5  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2638  O-antigen polymerase  25 
 
 		 428 aa  47.4  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3247  O-antigen polymerase  25.29 
 
 		 452 aa  47  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4110  O-antigen polymerase  21.89 
 
 		 930 aa  47.4  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0489  O-antigen polymerase  28.35 
 
 		 605 aa  47  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0142  O-antigen polymerase  24.71 
 
 		 496 aa  45.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0300218 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4116  O-antigen polymerase  25 
 
 		 540 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0014553  hitchhiker  0.00000561153 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2811  hypothetical protein  23.1 
 
 		 597 aa  45.8  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5178  O-antigen polymerase  24.92 
 
 		 565 aa  45.1  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1088  O-antigen polymerase  25.75 
 
 		 737 aa  45.1  0.003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4567  O-antigen polymerase  26 
 
 		 717 aa  44.3  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.79744  normal  0.181696 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2251  O-antigen polymerase  29.41 
 
 		 561 aa  43.9  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.220671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1253  O-antigen polymerase  30.47 
 
 		 832 aa  43.5  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0517425 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18850  O-antigen polymerase  22.95 
 
 		 393 aa  43.5  0.008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>