18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4985 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4936  O-antigen polymerase  91.05 
 
 		 391 aa  643    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4808  O-antigen polymerase  90.54 
 
 		 391 aa  651    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4985  O-antigen polymerase  100 
 
 		 391 aa  765    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66100  hypothetical protein  29.48 
 
 		 399 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5734  hypothetical protein  29.87 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1418  O-antigen polymerase  30.22 
 
 		 397 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0959818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0480  O-antigen polymerase  25.57 
 
 		 620 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.450132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  25.47 
 
 		 413 aa  47.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1051  hypothetical protein  25.63 
 
 		 471 aa  47  0.0006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0129873 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0168  O-antigen polymerase  26.55 
 
 		 400 aa  47  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5004  O-antigen polymerase family protein  27.59 
 
 		 436 aa  46.6  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1077  O-antigen polymerase  25 
 
 		 433 aa  45.8  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.9264  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  30.16 
 
 		 512 aa  44.7  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  39.39 
 
 		 531 aa  44.7  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0489  O-antigen polymerase  34.15 
 
 		 605 aa  44.3  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.091013 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3942  O-antigen polymerase  27.94 
 
 		 506 aa  43.5  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00471657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2194  O-antigen polymerase  35.62 
 
 		 582 aa  42.7  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.782503 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3951  O-antigen polymerase  23.44 
 
 		 402 aa  42.7  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>